转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 82 / 142 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001406 Chr08 NC_080394.1:11271085-11271099promoter 内 559-573 bp - 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11261823-11267657(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G000707 Chr03 NC_080389.1:7872542-7872556promoter 内 545-559 bp + 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7864881-7869100(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTTGGTTAGGTGGG
SmilChr03G004027 Chr03 NC_080389.1:59276852-59276866promoter 内 527-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59268266-59273392(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr01G004465 Chr01 NC_080387.1:62753888-62753902promoter 内 472-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62745873-62750373(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCGGAC
SmilChr07G000087 Chr07 NC_080393.1:463966-463980promoter 内 463-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 453118-460442(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCAGAAT
SmilChr01G005366 Chr01 NC_080387.1:70878748-70878762promoter 内 422-436 bp - 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70882327-70885245(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr01G003603 Chr01 NC_080387.1:54575947-54575961promoter 内 392-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54579556-54580784(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59201107-59201121promoter 内 374-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCCCATT
SmilChr06G002328 Chr06 NC_080392.1:33658719-33658733promoter 内 367-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33662353-33669495(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGAAGTAGGTGTG
SmilChr08G002979 Chr08 NC_080394.1:29881284-29881298promoter 内 283-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29873971-29877580(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTTAGGTAGGTAGA
SmilChr06G001702 Chr06 NC_080392.1:19565023-19565037promoter 内 272-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 19568752-19576409(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGAAGTAGGTGTG
SmilChr03G000080 Chr03 NC_080389.1:965082-965096promoter 内 262-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 960402-961357(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCTGACT
SmilChr08G003931 Chr08 NC_080394.1:46946926-46946940promoter 内 245-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46950682-46953776(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr05G000261 Chr05 NC_080391.1:2003996-2004010promoter 内 224-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1998283-2000233(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr01G000893 Chr01 NC_080387.1:18975479-18975493promoter 内 214-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18979266-18980289(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACAAAGC
SmilChr06G001186 Chr06 NC_080392.1:12070376-12070390promoter 内 151-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12074226-12079903(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr07G004418 Chr07 NC_080393.1:56781790-56781804promoter 内 148-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56773981-56777951(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTTAGGTAGGTAGA
SmilChr08G000292 Chr08 NC_080394.1:2005957-2005971promoter 内 114-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1998945-2002084(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCAAACG
SmilChr04G002516 Chr04 NC_080390.1:40176600-40176614promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40180501-40183327(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCAGCCACCAC
SmilChr03G001652 Chr03 NC_080389.1:21458244-21458258promoter 内 96-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21462149-21463123(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCTACCACCAC
SmilChr08G001435 Chr08 NC_080394.1:11501693-11501707promoter 内 40-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11496642-11497746(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53797742-53797756promoter 内 31-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53801712-53804937(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr02G000432 Chr02 NC_080388.1:5624520-5624534promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5617091-5620552(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCTAACA
SmilChr01G004202 Chr01 NC_080387.1:60488408-60488422promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60483973-60484434(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr03G002775 Chr03 NC_080389.1:44146401-44146415promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 44144140-44145867(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGGGGGG
SmilChr08G001862 Chr08 NC_080394.1:15987219-15987233promoter 内 1173-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 15982735-15984405(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACGTG
SmilChr02G003105 Chr02 NC_080388.1:51980249-51980263promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 51981000-51983045(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGTGGTAGGGGGA
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62696262-62696276promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 62697089-62699251(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGAGGTAGGTGTT
SmilChr08G004521 Chr08 NC_080394.1:54793913-54793927promoter 内 3141-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54794773-54795410(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTGTTGC
SmilChr04G000677 Chr04 NC_080390.1:7740228-7740242promoter 内 3127-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 7741102-7747480(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGTGGTAGTTAGT
SmilChr02G004732 Chr02 NC_080388.1:69563159-69563173promoter 内 2554-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 69555676-69561726(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTCATT
SmilChr06G000105 Chr06 NC_080392.1:754016-754030promoter 内 2490-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 748739-752519(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCAGCCACCAC
SmilChr04G003091 Chr04 NC_080390.1:47545168-47545182promoter 内 2077-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 47547092-47548584(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTAAA
SmilChr06G001339 Chr06 NC_080392.1:13930830-13930844promoter 内 1853-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 13932978-13936487(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACCCCAA
SmilChr08G004522 Chr08 NC_080394.1:54793913-54793927promoter 内 1795-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54796119-54797830(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTGTTGC
SmilChr06G001065 Chr06 NC_080392.1:10514863-10514877promoter 内 1212-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 10517652-10518255(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAGTC
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