转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 82 / 152 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002386 Chr02 NC_080388.1:41791671-41791689promoter 内 1426-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41794246-41799827(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AACTTGCCATTTTAGGGTG
SmilChr01G001839 Chr01 NC_080387.1:33320882-33320900promoter 内 1411-1429 bp + 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33323472-33324897(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTCCTATTTTTGGGGA
SmilChr01G005246 Chr01 NC_080387.1:69973422-69973440promoter 内 1376-1394 bp - 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 69976047-69976967(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTCCAGAAAAAGAAAAAA
SmilChr01G006146 Chr01 NC_080387.1:76951192-76951210promoter 内 1319-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 76947294-76948528(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTTTTCCTTTTTAAGGAA
SmilChr02G001281 Chr02 NC_080388.1:23638428-23638446promoter 内 1291-1309 bp + 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23641138-23643741(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCTTCCATTTTAAGCAA
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32890168-32890186promoter 内 1206-1224 bp - 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32887286-32887391(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCAATGCCCTTTTTGGAAA
SmilChr05G001354 Chr05 NC_080391.1:12057520-12057538promoter 内 1185-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12060336-12060986(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGAAAATGA
SmilChr01G006147 Chr01 NC_080387.1:76944920-76944938promoter 内 1109-1127 bp - 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 76947812-76948804(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCCTTAAAAAGGAAAAAT
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31146962-31146980promoter 内 1001-1019 bp - 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCTTTTTTTGTAAA
SmilChr04G003517 Chr04 NC_080390.1:51564044-51564062promoter 内 979-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51567066-51568918(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCATTTTCTTTTTTGGCAA
SmilChr01G003034 Chr01 NC_080387.1:49363615-49363633promoter 内 831-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49366785-49371200(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACCCAAAAAAAGAAAAGA
SmilChr05G004155 Chr05 NC_080391.1:55475915-55475933promoter 内 681-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55479235-55483738(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCCTCCCATTTTCGGTCA
SmilChr05G004338 Chr05 NC_080391.1:57036785-57036803promoter 内 676-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57040110-57045175(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATTTTCCATTTTTAGGAG
SmilChr03G002609 Chr03 NC_080389.1:41503532-41503550promoter 内 645-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41500089-41500194(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGAAAATGA
SmilChr01G001064 Chr01 NC_080387.1:21994254-21994272promoter 内 579-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21997676-21998775(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTTTTCTTGTTTTGGTTA
SmilChr03G000697 Chr03 NC_080389.1:7780048-7780066promoter 内 350-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7772687-7776415(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGAAAATGA
SmilChr04G001845 Chr04 NC_080390.1:30071294-30071312promoter 内 335-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30057955-30067646(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACTTTCCATTTTAAGACA
SmilChr03G003174 Chr03 NC_080389.1:49204908-49204926promoter 内 100-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49198344-49201025(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGTTTTCTTTTTTTGGACT
SmilChr05G000081 Chr05 NC_080391.1:444499-444517promoter 内 60-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 439459-440576(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATACCAAAAATAGAGAGAT
SmilChr03G001404 Chr03 NC_080389.1:16627613-16627631promoter 内 5-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16621352-16623635(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTACCAAAATGGAAAGCA
SmilChr01G004966 Chr01 NC_080387.1:67769068-67769086promoter 内 3644-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 67769425-67778147(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAAGAAA
SmilChr05G003687 Chr05 NC_080391.1:50000853-50000871promoter 内 1086-1104 bp + 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 49987982-49997956(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CCACCTAAAGTGGAAAAAC
SmilChr04G002732 Chr04 NC_080390.1:42973860-42973878promoter 内 3643-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 42974218-42975671(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CCTATTCCTTTTTTGGTTT
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53486353-53486371promoter 内 3629-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 53480965-53485999(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAAGAAA
SmilChr01G003531 Chr01 NC_080387.1:53934175-53934193promoter 内 3516-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 53931251-53933708(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTACTCAAAATGGAAATCG
SmilChr01G001162 Chr01 NC_080387.1:23614159-23614177promoter 内 3385-3403 bp + 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 23614775-23616980(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACATGCTATTTTTGGAAA
SmilChr02G001750 Chr02 NC_080388.1:32130067-32130085promoter 内 3139-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32127430-32129223(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCCTAACTATTTTTGGAAA
SmilChr05G004393 Chr05 NC_080391.1:57367505-57367523promoter 内 3081-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 57368425-57372651(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCTTAAAATGGAAATAT
SmilChr01G004248 Chr01 NC_080387.1:60785099-60785117promoter 内 2937-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 60783001-60784053(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTGACTAAAATGGAAAGAT
SmilChr05G002305 Chr05 NC_080391.1:24906864-24906882promoter 内 2530-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 24908335-24909760(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTATTCCATTTTTGGTGT
SmilChr06G002501 Chr06 NC_080392.1:35895014-35895032promoter 内 2442-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 35891276-35893473(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATATTCCATTTTAGGAAA
SmilChr01G003032 Chr01 NC_080387.1:49355889-49355907promoter 内 1978-1996 bp - 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49357912-49361275(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGGCAAATATGGAAAAAT
SmilChr05G004278 Chr05 NC_080391.1:56570805-56570823promoter 内 1972-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 56572834-56575389(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGCTTCCCATTTTTGCCAA
SmilChr02G005559 Chr02 NC_080388.1:75535210-75535228promoter 内 1641-1659 bp - 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 75537570-75540144(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTACCAAATGAAGCAACAA
SmilChr02G005091 Chr02 NC_080388.1:72498385-72498403promoter 内 1283-1301 bp + 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 72501103-72503096(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTACCATTTTGAGCTA
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