转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 83 / 128 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14759666-14759680promoter 内 637-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14755255-14756316(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCATGGG
SmilChr05G002297 Chr05 NC_080391.1:24795686-24795700promoter 内 596-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24791292-24792295(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGATGG
SmilChr02G001589 Chr02 NC_080388.1:29626735-29626749promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29620102-29623338(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGTGGGG
SmilChr01G001609 Chr01 NC_080387.1:30256558-30256572promoter 内 549-563 bp - 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30250820-30253120(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCGCCACCGCTC
SmilChr08G001449 Chr08 NC_080394.1:11684897-11684911promoter 内 548-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11678887-11681458(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGACACCGCCA
SmilChr03G004499 Chr03 NC_080389.1:63114660-63114674promoter 内 543-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 63110408-63111216(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCACCCACCGCCA
SmilChr01G002318 Chr01 NC_080387.1:40206345-40206359promoter 内 485-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40209861-40213027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGAGA
SmilChr01G002307 Chr01 NC_080387.1:40000412-40000426promoter 内 481-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40003932-40007099(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGAGA
SmilChr07G003635 Chr07 NC_080393.1:43052824-43052838promoter 内 409-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43043182-43049246(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAGCGT
SmilChr07G003300 Chr07 NC_080393.1:34872659-34872673promoter 内 408-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34865948-34869080(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTAGGGC
SmilChr01G002265 Chr01 NC_080387.1:39440662-39440676promoter 内 375-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39444288-39446912(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCCGGCGT
SmilChr07G002457 Chr07 NC_080393.1:23085856-23085870promoter 内 317-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23089540-23091704(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCGCCACCGCTC
SmilChr02G004463 Chr02 NC_080388.1:67057219-67057233promoter 内 261-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 67049021-67053493(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGTGC
SmilChr02G002620 Chr02 NC_080388.1:45508670-45508684promoter 内 175-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45503857-45504858(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGCCG
SmilChr03G003666 Chr03 NC_080389.1:55511858-55511872promoter 内 148-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55502685-55508019(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGCTGC
SmilChr01G005651 Chr01 NC_080387.1:72894169-72894183promoter 内 133-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72889589-72890315(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCTCCG
SmilChr07G002905 Chr07 NC_080393.1:29463197-29463211promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29467073-29472989(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCGCCACCGCTG
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39216681-39216695promoter 内 121-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39211130-39212815(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AACCCTCCACCGCCG
SmilChr02G000146 Chr02 NC_080388.1:1941507-1941521promoter 内 69-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1945439-1950272(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGACACCGCCG
SmilChr03G003623 Chr03 NC_080389.1:54907876-54907890promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54903235-54903941(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCAACCACCGCCG
SmilChr05G002433 Chr05 NC_080391.1:26826248-26826262promoter 内 3725-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 26822825-26825986(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGCGG
SmilChr08G003773 Chr08 NC_080394.1:43223765-43223779promoter 内 3700-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 43219104-43223478(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGGCAGG
SmilChr01G000855 Chr01 NC_080387.1:18426439-18426453promoter 内 2561-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 18427879-18429114(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCACCC
SmilChr04G003495 Chr04 NC_080390.1:51377923-51377937promoter 内 2378-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 51379546-51383178(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGAGCACCACCGCCA
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47059785-47059799promoter 内 2110-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 47056261-47057908(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACGGCACCGCCG
SmilChr08G000436 Chr08 NC_080394.1:3122760-3122774promoter 内 1246-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 3125515-3128204(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTGTCACCGCCT
SmilChr04G004136 Chr04 NC_080390.1:56169537-56169551promoter 内 609-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 56161622-56166159(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGAGCACCACCGCCA
SmilChr08G000434 Chr08 NC_080394.1:3122760-3122774promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 3113979-3118998(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGACAGCGG
SmilChr04G004006 Chr04 NC_080390.1:55404694-55404708promoter 内 3660-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 55405035-55406062(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCAGCCGG
SmilChr01G005437 Chr01 NC_080387.1:71503493-71503507promoter 内 3175-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 71504319-71509382(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCGTCCACCGCCA
SmilChr03G001478 Chr03 NC_080389.1:17776665-17776679promoter 内 3073-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 17777593-17778415(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGGGC
SmilChr03G001477 Chr03 NC_080389.1:17772482-17772496promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 17773426-17774232(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGGGC
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47697445-47697459promoter 内 2972-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 47695414-47696430(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGGGC
SmilChr07G002820 Chr07 NC_080393.1:28240921-28240935promoter 内 2940-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 28241982-28245220(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGCCGC
SmilChr04G002585 Chr04 NC_080390.1:41263512-41263526promoter 内 2840-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 41264673-41276482(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGACGGTG
SmilChr07G002946 Chr07 NC_080393.1:29833860-29833874promoter 内 2789-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 29835072-29836095(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGGGC
SmilChr08G003172 Chr08 NC_080394.1:32384995-32385009promoter 内 2354-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 32382754-32383362(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTGGTGGAGGCGG
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SmilChr01G004118 Chr01 NC_080387.1:59707785-59707799promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 59711147-59712513(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACCC
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SmilChr05G001437 Chr05 NC_080391.1:13114382-13114396promoter 内 3752-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13111503-13114147(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGACCG
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