转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 83 / 119 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000219 Chr01 NC_080387.1:3858890-3858900promoter 内 3979-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3854243-3858878(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr02G003305 Chr02 NC_080388.1:54312709-54312719promoter 内 3956-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54311953-54312674(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr01G000698 Chr01 NC_080387.1:15673800-15673810promoter 内 3860-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15673941-15675703(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr02G003062 Chr02 NC_080388.1:51457546-51457556promoter 内 3843-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51457704-51459502(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G003254 Chr01 NC_080387.1:51247048-51247058promoter 内 3820-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51244187-51246877(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCTAGTCAACA
SmilChr01G005055 Chr01 NC_080387.1:68480387-68480397promoter 内 3796-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 68480592-68486417(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G003203 Chr01 NC_080387.1:50802006-50802016promoter 内 3765-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50802242-50806113(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACG
SmilChr02G001413 Chr02 NC_080388.1:26761686-26761696promoter 内 3696-3706 bp - 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26761991-26762626(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTAGC
SmilChr01G004206 Chr01 NC_080387.1:60502844-60502854promoter 内 3672-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60503173-60504883(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr02G001344 Chr02 NC_080388.1:25046429-25046439promoter 内 3665-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25039731-25046103(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr02G003124 Chr02 NC_080388.1:52243141-52243151promoter 内 3542-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52241325-52242692(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G004828 Chr01 NC_080387.1:66433972-66433982promoter 内 3497-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 66432362-66433478(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr02G002300 Chr02 NC_080388.1:40597115-40597125promoter 内 3484-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40589959-40596608(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAAGTCAACA
SmilChr01G004033 Chr01 NC_080387.1:58762493-58762503promoter 内 3409-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58763085-58767136(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72568570-72568580promoter 内 3363-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 72569208-72572399(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACT
SmilChr02G003576 Chr02 NC_080388.1:56936082-56936092promoter 内 3357-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56936726-56938115(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr02G003526 Chr02 NC_080388.1:56414813-56414823promoter 内 3286-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56415528-56416856(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47813729-47813739promoter 内 3222-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47814508-47817471(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTAGTCAACT
SmilChr02G000895 Chr02 NC_080388.1:15393342-15393352promoter 内 3098-3108 bp + 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15394245-15399848(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTAGTCAACT
SmilChr01G001695 Chr01 NC_080387.1:31203714-31203724promoter 内 3012-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31201668-31202735(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G002964 Chr01 NC_080387.1:48521038-48521048promoter 内 2801-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48522238-48524845(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr01G005541 Chr01 NC_080387.1:72233391-72233401promoter 内 2786-2796 bp - 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 72230622-72232186(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTAGTCAACT
SmilChr01G002962 Chr01 NC_080387.1:48521038-48521048promoter 内 2579-2589 bp - 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48514321-48519626(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr02G000177 Chr02 NC_080388.1:2265280-2265290promoter 内 2518-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2266763-2270938(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACG
SmilChr01G004205 Chr01 NC_080387.1:60502844-60502854promoter 内 2429-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60497417-60501282(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G004603 Chr01 NC_080387.1:64020370-64020380promoter 内 2338-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64016144-64018717(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAAGTCAACA
SmilChr02G001349 Chr02 NC_080388.1:25220162-25220172promoter 内 2252-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25214983-25218423(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr01G001315 Chr01 NC_080387.1:26140185-26140195promoter 内 2249-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26137011-26138443(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTAGC
SmilChr01G005522 Chr01 NC_080387.1:72032229-72032239promoter 内 2038-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 72028792-72030276(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTAGTCAACT
SmilChr01G005294 Chr01 NC_080387.1:70265009-70265019promoter 内 2015-2025 bp - 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 70266995-70270703(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACG
SmilChr02G003570 Chr02 NC_080388.1:56864662-56864672promoter 内 1948-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56866715-56870048(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACG
SmilChr01G006136 Chr01 NC_080387.1:76879670-76879680promoter 内 1931-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 76873730-76877610(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACG
SmilChr01G000012 Chr01 NC_080387.1:276709-276719promoter 内 1881-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 271082-274599(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACG
SmilChr02G000883 Chr02 NC_080388.1:15227416-15227426promoter 内 1769-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15222287-15225194(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAAGTCAACA
SmilChr01G004830 Chr01 NC_080387.1:66433972-66433982promoter 内 1768-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 66436205-66438902(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTTGACTTTC
SmilChr01G002737 Chr01 NC_080387.1:45694853-45694863promoter 内 1765-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45697089-45697208(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTACT
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