转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 84 / 120 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003197 Chr03 NC_080389.1:49491022-49491040promoter 内 3184-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49480888-49490223(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr05G003636 Chr05 NC_080391.1:48742736-48742754promoter 内 3179-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 48738359-48741932(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTAGCATTA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57224347-57224365promoter 内 3168-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr01G003782 Chr01 NC_080387.1:56202401-56202419promoter 内 3123-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56198461-56201541(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TAATGCTAAAAAAGGAAAG
SmilChr08G002300 Chr08 NC_080394.1:21553697-21553715promoter 内 3101-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 21554597-21557810(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCAAATAAAGTAAG
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16814097-16814115promoter 内 3095-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16810959-16813209(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTATTTGGAAGTG
SmilChr06G001489 Chr06 NC_080392.1:15888037-15888055promoter 内 3009-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15889029-15890447(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr07G004337 Chr07 NC_080393.1:55920791-55920809promoter 内 2817-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55921975-55927760(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTATTCCAAAAAAAGAAAA
SmilChr04G000827 Chr04 NC_080390.1:10408776-10408794promoter 内 2797-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10406469-10407590(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr06G000904 Chr06 NC_080392.1:8517530-8517548promoter 内 2618-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8515124-8516165(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCCTTTTTGGAGATG
SmilChr08G003700 Chr08 NC_080394.1:41451942-41451960promoter 内 2606-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41453337-41454443(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr01G004947 Chr01 NC_080387.1:67567504-67567522promoter 内 2542-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67561799-67566063(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GCCGTCCCAAAAAGGAAAT
SmilChr01G005626 Chr01 NC_080387.1:72725428-72725446promoter 内 2486-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72726943-72733229(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTAGCATTA
SmilChr03G003228 Chr03 NC_080389.1:50002200-50002218promoter 内 2442-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49999920-50000659(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTTACCAAAAATGGAACT
SmilChr03G003229 Chr03 NC_080389.1:50011714-50011732promoter 内 2428-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50008831-50010159(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTTACCAAAAATGGAACT
SmilChr03G001418 Chr03 NC_080389.1:16814097-16814115promoter 内 2395-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16815703-16820610(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CACTTCCAAATAAGGAAAA
SmilChr04G003484 Chr04 NC_080390.1:51295912-51295930promoter 内 2385-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51293370-51294314(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATTTCCAAAAATGGTATT
SmilChr03G003230 Chr03 NC_080389.1:50021205-50021223promoter 内 2366-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50022840-50025478(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTCCATTTTTGGTAACA
SmilChr02G005550 Chr02 NC_080388.1:75475129-75475147promoter 内 2292-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75476838-75489011(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr07G001210 Chr07 NC_080393.1:9253050-9253068promoter 内 2230-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9249249-9251297(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr04G000857 Chr04 NC_080390.1:10884740-10884758promoter 内 2179-2197 bp - 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10880055-10882936(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr05G003225 Chr05 NC_080391.1:41399029-41399047promoter 内 2175-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41395430-41397221(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTCTTTTTGGCTAGA
SmilChr01G000572 Chr01 NC_080387.1:11866768-11866786promoter 内 2169-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11861723-11864954(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr04G000151 Chr04 NC_080390.1:1324434-1324452promoter 内 2155-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1318684-1322606(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr08G003495 Chr08 NC_080394.1:37548153-37548171promoter 内 2135-2153 bp + 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37544676-37546305(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr07G001211 Chr07 NC_080393.1:9253050-9253068promoter 内 2041-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9255010-9256751(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr01G001273 Chr01 NC_080387.1:25426732-25426750promoter 内 2030-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25418890-25424779(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGAGTTATC
SmilChr01G004948 Chr01 NC_080387.1:67567504-67567522promoter 内 2020-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67569485-67572285(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTGGGACGGC
SmilChr03G004710 Chr03 NC_080389.1:64364516-64364534promoter 内 1996-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64361087-64362529(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGAAACCAAATGAGGAAAG
SmilChr03G003683 Chr03 NC_080389.1:55677579-55677597promoter 内 1945-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55679635-55681221(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr06G002865 Chr06 NC_080392.1:41477999-41478017promoter 内 1922-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41474897-41475938(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATG
SmilChr05G003367 Chr05 NC_080391.1:44498840-44498858promoter 内 1828-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44493274-44496685(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr01G001757 Chr01 NC_080387.1:32290907-32290925promoter 内 1813-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32285853-32288737(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATACTATTTTAGGAAAGT
SmilChr08G000321 Chr08 NC_080394.1:2243147-2243165promoter 内 1633-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2238664-2240797(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTGTCTCAAAAAGGAAAT
SmilChr05G000995 Chr05 NC_080391.1:8080154-8080172promoter 内 1601-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8066534-8077772(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACACTCCAAATAAGGAAAG
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