转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 85 / 137 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000270 Chr03 NC_080389.1:3108957-3108967promoter 内 3499-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3109459-3112277(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGGA
SmilChr01G004466 Chr01 NC_080387.1:62753934-62753944promoter 内 3496-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62754439-62755737(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAG
SmilChr02G005566 Chr02 NC_080388.1:75575642-75575652promoter 内 3491-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75576152-75579955(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTT
SmilChr02G000491 Chr02 NC_080388.1:6741036-6741046promoter 内 3473-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6738437-6740518(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGTT
SmilChr03G001785 Chr03 NC_080389.1:24420859-24420869promoter 内 3347-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 24417664-24420215(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTT
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74724929-74724939promoter 内 3310-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGGA
SmilChr02G001638 Chr02 NC_080388.1:30382082-30382092promoter 内 3305-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 30379580-30381396(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGGA
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7683709-7683719promoter 内 3298-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAAGTTGAG
SmilChr02G005536 Chr02 NC_080388.1:75399848-75399858promoter 内 3184-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75400665-75404228(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGGA
SmilChr01G005892 Chr01 NC_080387.1:74854724-74854734promoter 内 3175-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74855550-74858226(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTT
SmilChr02G003977 Chr02 NC_080388.1:62026859-62026869promoter 内 3173-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62027687-62032649(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGAT
SmilChr02G004885 Chr02 NC_080388.1:70933030-70933040promoter 内 3141-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 70929384-70932180(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTT
SmilChr02G003351 Chr02 NC_080388.1:54697833-54697843promoter 内 3030-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54692523-54696872(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGAT
SmilChr01G000989 Chr01 NC_080387.1:20890469-20890479promoter 内 3018-3028 bp - 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 20891452-20894050(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTC
SmilChr02G000860 Chr02 NC_080388.1:14777576-14777586promoter 内 2991-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14764178-14776576(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGGA
SmilChr02G000855 Chr02 NC_080388.1:14571176-14571186promoter 内 2975-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14556984-14570160(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGGA
SmilChr02G000708 Chr02 NC_080388.1:11397085-11397095promoter 内 2944-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11393227-11396038(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGGA
SmilChr02G005535 Chr02 NC_080388.1:75399848-75399858promoter 内 2920-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75395535-75398777(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTT
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59090457-59090467promoter 内 2904-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59091554-59091625(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGGA
SmilChr02G000704 Chr02 NC_080388.1:11321227-11321237promoter 内 2892-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11317401-11320128(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGGA
SmilChr03G003660 Chr03 NC_080389.1:55425196-55425206promoter 内 2841-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55426356-55427793(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGAT
SmilChr01G005860 Chr01 NC_080387.1:74527438-74527448promoter 内 2836-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74524119-74526283(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTC
SmilChr02G001140 Chr02 NC_080388.1:20583176-20583186promoter 内 2828-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 20584349-20594367(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTT
SmilChr01G003633 Chr01 NC_080387.1:54853875-54853885promoter 内 2813-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54855063-54856789(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGGA
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75107101-75107111promoter 内 2813-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75104660-75105923(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTT
SmilChr03G003594 Chr03 NC_080389.1:54579438-54579448promoter 内 2712-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54577139-54578159(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTC
SmilChr03G001500 Chr03 NC_080389.1:18331089-18331099promoter 内 2694-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18332396-18336861(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGAT
SmilChr02G003416 Chr02 NC_080388.1:55404321-55404331promoter 内 2668-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55401097-55402998(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGAT
SmilChr02G005420 Chr02 NC_080388.1:74650829-74650839promoter 内 2668-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74652162-74654206(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGTT
SmilChr02G000313 Chr02 NC_080388.1:3945516-3945526promoter 内 2618-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3942894-3944143(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTC
SmilChr02G005446 Chr02 NC_080388.1:74825785-74825795promoter 内 2592-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74827194-74828545(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGAT
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7728781-7728791promoter 内 2574-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAG
SmilChr01G003505 Chr01 NC_080387.1:53629556-53629566promoter 内 2555-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53631002-53633454(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTC
SmilChr02G005251 Chr02 NC_080388.1:73654663-73654673promoter 内 2541-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 73651175-73653213(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGAT
SmilChr01G002644 Chr01 NC_080387.1:44705649-44705659promoter 内 2518-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44703531-44704176(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTA
SmilChr03G002491 Chr03 NC_080389.1:39675418-39675428promoter 内 2484-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39670770-39673911(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAG
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