靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 86 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G000528 |
Chr07 | NC_080393.1:3684507-3684515promoter 内 938-946 bp |
+ | 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3679464-3681452(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr03G001402 |
Chr03 | NC_080389.1:16619438-16619446promoter 内 927-935 bp |
+ | 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 16614216-16616372(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr05G004282 |
Chr05 | NC_080391.1:56607085-56607093promoter 内 905-913 bp |
- | 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56610181-56613051(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr04G002717 |
Chr04 | NC_080390.1:42809123-42809131promoter 内 894-902 bp |
- | 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 42812230-42812805(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr05G002919 |
Chr05 | NC_080391.1:35145498-35145506promoter 内 890-898 bp |
+ | 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 35148609-35152114(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr01G005851 |
Chr01 | NC_080387.1:74448524-74448532promoter 内 859-867 bp |
+ | 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 74442519-74445390(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr04G000517 |
Chr04 | NC_080390.1:5696362-5696370promoter 内 831-839 bp |
+ | 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 5699532-5700239(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr04G000596 |
Chr04 | NC_080390.1:6667670-6667678promoter 内 822-830 bp |
- | 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 6670849-6671805(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr08G003533 |
Chr08 | NC_080394.1:37943483-37943491promoter 内 817-825 bp |
+ | 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 37946667-37948333(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G003821 |
Chr03 | NC_080389.1:57257714-57257722promoter 内 812-820 bp |
+ | 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 57260903-57261198(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr07G004695 |
Chr07 | NC_080393.1:59872455-59872463promoter 内 793-801 bp |
+ | 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 59865259-59869255(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr06G001786 |
Chr06 | NC_080392.1:20891609-20891617promoter 内 778-786 bp |
- | 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 20894832-20899787(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr02G001851 |
Chr02 | NC_080388.1:33734702-33734710promoter 内 773-781 bp |
+ | 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 33737930-33738989(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G003954 |
Chr03 | NC_080389.1:58598548-58598556promoter 内 755-763 bp |
+ | 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 58592270-58595310(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr07G000831 |
Chr07 | NC_080393.1:5901846-5901854promoter 内 742-750 bp |
+ | 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 5896102-5898595(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr03G001421 |
Chr03 | NC_080389.1:16829313-16829321promoter 内 724-732 bp |
+ | 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 16832590-16834140(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G000528 |
Chr03 | NC_080389.1:5656554-5656562promoter 内 722-730 bp |
- | 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 5651875-5653283(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr08G004688 |
Chr08 | NC_080394.1:56327942-56327950promoter 内 721-729 bp |
+ | 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56331222-56332979(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr07G000531 |
Chr07 | NC_080393.1:3684507-3684515promoter 内 698-706 bp |
+ | 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 3687810-3689693(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr01G005327 |
Chr01 | NC_080387.1:70476946-70476954promoter 内 681-689 bp |
- | 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 70480266-70483251(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr08G004094 |
Chr08 | NC_080394.1:49627295-49627303promoter 内 677-685 bp |
- | 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 49620746-49623979(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G003999 |
Chr05 | NC_080391.1:53876158-53876166promoter 内 674-682 bp |
- | 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 53870814-53872839(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G004609 |
Chr03 | NC_080389.1:63823342-63823350promoter 内 660-668 bp |
- | 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 63826683-63836556(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr04G004183 |
Chr04 | NC_080390.1:56392829-56392837promoter 内 658-666 bp |
- | 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56396172-56399234(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G005938 |
Chr01 | NC_080387.1:75114833-75114841promoter 内 645-653 bp |
- | 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 75118189-75119802(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr08G003299 |
Chr08 | NC_080394.1:34103692-34103700promoter 内 636-644 bp |
+ | 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 34098113-34100335(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G001565 |
Chr01 | NC_080387.1:29679235-29679243promoter 内 625-633 bp |
- | 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 29672780-29675867(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G000127 |
Chr05 | NC_080391.1:1017824-1017832promoter 内 615-623 bp |
+ | 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 1021210-1024350(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G003769 |
Chr03 | NC_080389.1:56832052-56832060promoter 内 578-586 bp |
- | 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56828167-56828637(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr03G001772 |
Chr03 | NC_080389.1:24172894-24172902promoter 内 540-548 bp |
+ | 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 24176355-24177375(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr05G002839 |
Chr05 | NC_080391.1:33718859-33718867promoter 内 521-529 bp |
- | 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 33722339-33727669(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr04G000445 |
Chr04 | NC_080390.1:4758300-4758308promoter 内 502-510 bp |
+ | 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 4752453-4754809(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G004665 |
Chr01 | NC_080387.1:64757733-64757741promoter 内 498-506 bp |
- | 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 64750876-64754238(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr06G002831 |
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- | 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 41109588-41114037(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr07G001538 |
Chr07 | NC_080393.1:12506467-12506475promoter 内 489-497 bp |
+ | 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 12509979-12517865(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr04G001642 |
Chr04 | NC_080390.1:27351602-27351610promoter 内 480-488 bp |
- | 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27341801-27348089(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr04G003626 |
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- | 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 52744509-52747697(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G001574 |
Chr01 | NC_080387.1:29783481-29783489promoter 内 453-461 bp |
+ | 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 29787029-29788408(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr04G003898 |
Chr04 | NC_080390.1:54764063-54764071promoter 内 441-449 bp |
- | 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 54767623-54768268(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr01G002929 |
Chr01 | NC_080387.1:48067721-48067729promoter 内 414-422 bp |
- | 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 48061372-48064142(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr07G000423 |
Chr07 | NC_080393.1:2954915-2954923promoter 内 414-422 bp |
- | 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 2949953-2951336(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr06G003016 |
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+ | 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 43012906-43017018(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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+ | 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 9778243-9780096(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
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+ | 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 20735874-20738817(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
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+ | 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 16645796-16648686(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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+ | 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 15355615-15358122(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGA |
SmilChr04G001678 |
Chr04 | NC_080390.1:27782079-27782087promoter 内 347-355 bp |
- | 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 27785733-27787876(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |
SmilChr06G001696 |
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SmilChr02G002768 |
Chr02 | NC_080388.1:47740644-47740652promoter 内 314-322 bp |
- | 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 47744331-47750293(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAA |