转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 86 / 137 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000528 Chr07 NC_080393.1:3684507-3684515promoter 内 938-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3679464-3681452(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr03G001402 Chr03 NC_080389.1:16619438-16619446promoter 内 927-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16614216-16616372(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr05G004282 Chr05 NC_080391.1:56607085-56607093promoter 内 905-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56610181-56613051(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr04G002717 Chr04 NC_080390.1:42809123-42809131promoter 内 894-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42812230-42812805(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr05G002919 Chr05 NC_080391.1:35145498-35145506promoter 内 890-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35148609-35152114(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr01G005851 Chr01 NC_080387.1:74448524-74448532promoter 内 859-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74442519-74445390(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr04G000517 Chr04 NC_080390.1:5696362-5696370promoter 内 831-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5699532-5700239(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr04G000596 Chr04 NC_080390.1:6667670-6667678promoter 内 822-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6670849-6671805(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr08G003533 Chr08 NC_080394.1:37943483-37943491promoter 内 817-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 37946667-37948333(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G003821 Chr03 NC_080389.1:57257714-57257722promoter 内 812-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57260903-57261198(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr07G004695 Chr07 NC_080393.1:59872455-59872463promoter 内 793-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59865259-59869255(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr06G001786 Chr06 NC_080392.1:20891609-20891617promoter 内 778-786 bp - 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20894832-20899787(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr02G001851 Chr02 NC_080388.1:33734702-33734710promoter 内 773-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33737930-33738989(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G003954 Chr03 NC_080389.1:58598548-58598556promoter 内 755-763 bp + 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58592270-58595310(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr07G000831 Chr07 NC_080393.1:5901846-5901854promoter 内 742-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5896102-5898595(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16829313-16829321promoter 内 724-732 bp + 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16832590-16834140(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5656554-5656562promoter 内 722-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr08G004688 Chr08 NC_080394.1:56327942-56327950promoter 内 721-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56331222-56332979(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr07G000531 Chr07 NC_080393.1:3684507-3684515promoter 内 698-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3687810-3689693(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70476946-70476954promoter 内 681-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70480266-70483251(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr08G004094 Chr08 NC_080394.1:49627295-49627303promoter 内 677-685 bp - 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 49620746-49623979(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G003999 Chr05 NC_080391.1:53876158-53876166promoter 内 674-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53870814-53872839(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G004609 Chr03 NC_080389.1:63823342-63823350promoter 内 660-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63826683-63836556(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr04G004183 Chr04 NC_080390.1:56392829-56392837promoter 内 658-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56396172-56399234(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G005938 Chr01 NC_080387.1:75114833-75114841promoter 内 645-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75118189-75119802(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr08G003299 Chr08 NC_080394.1:34103692-34103700promoter 内 636-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 34098113-34100335(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G001565 Chr01 NC_080387.1:29679235-29679243promoter 内 625-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 29672780-29675867(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G000127 Chr05 NC_080391.1:1017824-1017832promoter 内 615-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1021210-1024350(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G003769 Chr03 NC_080389.1:56832052-56832060promoter 内 578-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56828167-56828637(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr03G001772 Chr03 NC_080389.1:24172894-24172902promoter 内 540-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24176355-24177375(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr05G002839 Chr05 NC_080391.1:33718859-33718867promoter 内 521-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33722339-33727669(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr04G000445 Chr04 NC_080390.1:4758300-4758308promoter 内 502-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4752453-4754809(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr01G004665 Chr01 NC_080387.1:64757733-64757741promoter 内 498-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64750876-64754238(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr06G002831 Chr06 NC_080392.1:41106076-41106084promoter 内 489-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41109588-41114037(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
SmilChr07G001538 Chr07 NC_080393.1:12506467-12506475promoter 内 489-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12509979-12517865(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr04G001642 Chr04 NC_080390.1:27351602-27351610promoter 内 480-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27341801-27348089(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGA
SmilChr04G003626 Chr04 NC_080390.1:52740963-52740971promoter 内 455-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52744509-52747697(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAA
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