转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 86 / 142 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003360 Chr05 NC_080391.1:44394648-44394662promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44392465-44393994(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G000756 Chr05 NC_080391.1:5845246-5845260promoter 内 3322-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5845925-5857231(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G002215 Chr05 NC_080391.1:23624815-23624829promoter 内 3316-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23625500-23629796(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G005224 Chr02 NC_080388.1:73453341-73453355promoter 内 3312-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73454030-73459418(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G001530 Chr01 NC_080387.1:29293066-29293080promoter 内 3294-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29290857-29292373(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3134417-3134431promoter 内 3292-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3135126-3138047(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G004003 Chr05 NC_080391.1:53944542-53944556promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53941056-53943813(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr04G001433 Chr04 NC_080390.1:23368720-23368734promoter 内 3253-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23369468-23374294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr04G001519 Chr04 NC_080390.1:25089697-25089711promoter 内 3249-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25090449-25092971(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTGCTAG
SmilChr06G000130 Chr06 NC_080392.1:921496-921510promoter 内 3249-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 922248-929003(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr07G004025 Chr07 NC_080393.1:51357601-51357615promoter 内 3236-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51352851-51356850(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr08G003677 Chr08 NC_080394.1:41004355-41004369promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41001806-41003600(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G005467 Chr01 NC_080387.1:71662093-71662107promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71658518-71661318(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67114443-67114457promoter 内 3183-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67115261-67119955(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr03G001923 Chr03 NC_080389.1:26997068-26997082promoter 内 3179-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26997890-27000023(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTGCTAG
SmilChr01G000566 Chr01 NC_080387.1:11708951-11708965promoter 内 3167-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11706217-11708131(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr03G004446 Chr03 NC_080389.1:62599144-62599158promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62594368-62598313(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G001666 Chr01 NC_080387.1:30751740-30751754promoter 内 3152-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30748494-30750905(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr06G002362 Chr06 NC_080392.1:34400731-34400745promoter 内 3152-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34401580-34407847(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G002270 Chr05 NC_080391.1:24402269-24402283promoter 内 3150-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24403120-24412129(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G004982 Chr02 NC_080388.1:71704936-71704950promoter 内 3132-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71701068-71704081(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAAAAGTAGGTGGG
SmilChr04G000183 Chr04 NC_080390.1:1631339-1631353promoter 内 3116-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1629005-1630468(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTAACTACCACTAA
SmilChr02G000720 Chr02 NC_080388.1:11591237-11591251promoter 内 3101-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11592137-11595069(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59155751-59155765promoter 内 3099-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59156653-59157317(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr07G002014 Chr07 NC_080393.1:17968264-17968278promoter 内 3092-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17965898-17967369(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G002023 Chr07 NC_080393.1:18183010-18183024promoter 内 3092-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18179962-18182115(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G002696 Chr08 NC_080394.1:26554850-26554864promoter 内 3058-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26551670-26553921(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGTGGGTAGGTAAT
SmilChr07G000070 Chr07 NC_080393.1:331582-331596promoter 内 3051-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 327790-330646(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACACT
SmilChr02G003694 Chr02 NC_080388.1:58397071-58397085promoter 内 3047-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58398025-58399976(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41174657-41174671promoter 内 3038-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58935860-58935874promoter 内 3025-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58929601-58934898(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGGGGTAGGTATG
SmilChr03G000101 Chr03 NC_080389.1:1126056-1126070promoter 内 3017-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1122336-1125086(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr03G000423 Chr03 NC_080389.1:4603848-4603862promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4600185-4602866(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G001384 Chr02 NC_080388.1:26345714-26345728promoter 内 2965-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26346750-26349169(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr05G003384 Chr05 NC_080391.1:44841192-44841206promoter 内 2951-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44842242-44845334(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G000723 Chr05 NC_080391.1:5523414-5523428promoter 内 2942-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5519418-5522369(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
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