靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022510-RA_Salv |
SmilChr01G002743 |
MYB_related | XP_057765725.1 |
MP00565 |
AACCTTATCCATAAA |
9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 87 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G002621 |
Chr03 | NC_080389.1:41611406-41611420promoter 内 642-656 bp |
- | 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 41602122-41608061(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AGTTTTATCCACATA |
SmilChr01G001285 |
Chr01 | NC_080387.1:25623433-25623447promoter 内 615-629 bp |
+ | 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 25626819-25627463(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
CACCTTATCTATTGC |
SmilChr02G005112 |
Chr02 | NC_080388.1:72647263-72647277promoter 内 556-570 bp |
+ | 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 72633139-72643832(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GCAATAGATAAGGTG |
SmilChr02G001972 |
Chr02 | NC_080388.1:35691368-35691382promoter 内 551-565 bp |
+ | 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 35694818-35697027(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
CACCTTATCTATTGC |
SmilChr02G002161 |
Chr02 | NC_080388.1:38829624-38829638promoter 内 544-558 bp |
+ | 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 38826087-38826181(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ATAAAGGATAAGCAT |
SmilChr03G003632 |
Chr03 | NC_080389.1:54991346-54991360promoter 内 525-539 bp |
- | 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 54994822-54999049(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GCAATAGATAAGGTG |
SmilChr01G002008 |
Chr01 | NC_080387.1:35636421-35636435promoter 内 522-536 bp |
+ | 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 35628980-35632956(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ATAATGGATAATTTT |
SmilChr01G002011 |
Chr01 | NC_080387.1:35668081-35668095promoter 内 519-533 bp |
+ | 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 35660641-35664613(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ATAATGGATAATTTT |
SmilChr01G000395 |
Chr01 | NC_080387.1:8114474-8114488promoter 内 513-527 bp |
- | 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 8117962-8120106(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GATTTGGATAAACTA |
SmilChr02G003818 |
Chr02 | NC_080388.1:59807953-59807967promoter 内 472-486 bp |
+ | 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 59811482-59814508(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ATCCTTATCTATAGT |
SmilChr01G002921 |
Chr01 | NC_080387.1:47996660-47996674promoter 内 468-482 bp |
- | 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 48000193-48000921(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
TTTATGGATGAGATC |
SmilChr02G004909 |
Chr02 | NC_080388.1:71108409-71108423promoter 内 437-451 bp |
- | 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 71099978-71104859(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ACTCTTATCCTTATT |
SmilChr04G000806 |
Chr04 | NC_080390.1:9970987-9971001promoter 内 405-419 bp |
+ | 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 9964424-9967405(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AATTTGGATAAAATC |
SmilChr02G001575 |
Chr02 | NC_080388.1:29256870-29256884promoter 内 378-392 bp |
+ | 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 29251984-29253261(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
CAAAAGGATAAGACC |
SmilChr01G002621 |
Chr01 | NC_080387.1:44480109-44480123promoter 内 364-378 bp |
+ | 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 44483746-44489744(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AAAATTATCCAATTA |
SmilChr01G003124 |
Chr01 | NC_080387.1:50072488-50072502promoter 内 321-335 bp |
- | 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 50067561-50068822(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AGCATTATCCACAGT |
SmilChr02G003259 |
Chr02 | NC_080388.1:53894906-53894920promoter 内 278-292 bp |
- | 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 53887621-53891197(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AAAATTATCCATTTT |
SmilChr01G000844 |
Chr01 | NC_080387.1:18276574-18276588promoter 内 268-282 bp |
+ | 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 18280307-18281844(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AAAATTATCCATTTT |
SmilChr03G001018 |
Chr03 | NC_080389.1:11707258-11707272promoter 内 221-235 bp |
+ | 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 11711038-11712571(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ATTTTTATCCAAATT |
SmilChr01G005993 |
Chr01 | NC_080387.1:75538967-75538981promoter 内 150-164 bp |
+ | 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 75533859-75535130(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GCAATAGATAAGGTG |
SmilChr02G004836 |
Chr02 | NC_080388.1:70473055-70473069promoter 内 135-149 bp |
- | 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 70476921-70489757(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
CTTCTGGATAAAGAT |
SmilChr01G004359 |
Chr01 | NC_080387.1:61775606-61775620promoter 内 110-124 bp |
- | 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 61779497-61785042(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
TAATTGGATAATTTT |
SmilChr03G003086 |
Chr03 | NC_080389.1:47917964-47917978promoter 内 97-111 bp |
- | 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 47912099-47914074(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GACCTTATCTTTTTT |
SmilChr01G003533 |
Chr01 | NC_080387.1:53947161-53947175promoter 内 80-94 bp |
+ | 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 53951082-53956762(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
ATTATTATCCACTTT |
SmilChr01G004577 |
Chr01 | NC_080387.1:63815615-63815629promoter 内 70-84 bp |
- | 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 63806068-63811698(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
AAAATTATCCATTTT |
SmilChr02G004551 |
Chr02 | NC_080388.1:68048539-68048553promoter 内 51-65 bp |
+ | 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 68042315-68044603(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GTTATGGATAAAAAA |
SmilChr01G002812 |
Chr01 | NC_080387.1:46669213-46669227promoter 内 5-19 bp |
+ | 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.7/ 100 | 1 | 46663315-46665231(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
GCAATAGATAAGGTG |
SmilChr03G000874 |
Chr03 | NC_080389.1:9936433-9936447promoter 内 1019-1033 bp |
+ | 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 5 | 9932378-9933465(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
TAAATGGATAATCTA |
SmilChr01G002296 |
Chr01 | NC_080387.1:39785513-39785527promoter 内 3488-3502 bp |
- | 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 4 | 39786026-39787044(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
TAAATGGATAATCTA |
SmilChr01G002609 |
Chr01 | NC_080387.1:44297153-44297167promoter 内 2488-2502 bp |
+ | 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 4 | 44298666-44300591(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
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SmilChr04G002246 |
Chr04 | NC_080390.1:36266492-36266506promoter 内 2210-2224 bp |
- | 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 4 | 36268283-36317039(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
TAAATGGATAATCTA |
SmilChr03G000228 |
Chr03 | NC_080389.1:2721470-2721484promoter 内 3745-3759 bp |
- | 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 2719788-2721228(-) |
SMil_00022510-RA_Salv |
MP00565 |
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SmilChr03G000346 |
Chr03 | NC_080389.1:3901301-3901315promoter 内 3706-3720 bp |
+ | 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 3901596-3902226(+) |
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MP00565 |
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Chr01 | NC_080387.1:68297043-68297057promoter 内 3428-3442 bp |
- | 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 68294367-68296484(-) |
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Chr04 | NC_080390.1:5856806-5856820promoter 内 3364-3378 bp |
- | 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 5852134-5856183(-) |
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- | 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 18714535-18721749(+) |
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Chr04 | NC_080390.1:30291635-30291649promoter 内 3233-3247 bp |
- | 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 30286934-30290881(-) |
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+ | 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 34160780-34161922(-) |
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- | 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 30502752-30505420(+) |
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Chr01 | NC_080387.1:6382869-6382883promoter 内 2801-2815 bp |
- | 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 6384069-6392414(+) |
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- | 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 30496658-30500558(-) |
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MP00565 |
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+ | 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 41743863-41744711(-) |
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+ | 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 3869211-3870828(+) |
SMil_00022510-RA_Salv |
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- | 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 44869156-44872028(-) |
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+ | 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 3 | 52244355-52247715(-) |
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