转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 87 / 149 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41611406-41611420promoter 内 642-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 41602122-41608061(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTTTTATCCACATA
SmilChr01G001285 Chr01 NC_080387.1:25623433-25623447promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25626819-25627463(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCTATTGC
SmilChr02G005112 Chr02 NC_080388.1:72647263-72647277promoter 内 556-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72633139-72643832(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCAATAGATAAGGTG
SmilChr02G001972 Chr02 NC_080388.1:35691368-35691382promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35694818-35697027(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCTATTGC
SmilChr02G002161 Chr02 NC_080388.1:38829624-38829638promoter 内 544-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 38826087-38826181(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAAAGGATAAGCAT
SmilChr03G003632 Chr03 NC_080389.1:54991346-54991360promoter 内 525-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54994822-54999049(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCAATAGATAAGGTG
SmilChr01G002008 Chr01 NC_080387.1:35636421-35636435promoter 内 522-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35628980-35632956(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAATTTT
SmilChr01G002011 Chr01 NC_080387.1:35668081-35668095promoter 内 519-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35660641-35664613(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAATTTT
SmilChr01G000395 Chr01 NC_080387.1:8114474-8114488promoter 内 513-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8117962-8120106(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAAACTA
SmilChr02G003818 Chr02 NC_080388.1:59807953-59807967promoter 内 472-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59811482-59814508(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCTATAGT
SmilChr01G002921 Chr01 NC_080387.1:47996660-47996674promoter 内 468-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48000193-48000921(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATGAGATC
SmilChr02G004909 Chr02 NC_080388.1:71108409-71108423promoter 内 437-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71099978-71104859(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTCTTATCCTTATT
SmilChr04G000806 Chr04 NC_080390.1:9970987-9971001promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9964424-9967405(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAAAATC
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29256870-29256884promoter 内 378-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAAAGGATAAGACC
SmilChr01G002621 Chr01 NC_080387.1:44480109-44480123promoter 内 364-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44483746-44489744(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCAATTA
SmilChr01G003124 Chr01 NC_080387.1:50072488-50072502promoter 内 321-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50067561-50068822(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCATTATCCACAGT
SmilChr02G003259 Chr02 NC_080388.1:53894906-53894920promoter 内 278-292 bp - 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53887621-53891197(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTTT
SmilChr01G000844 Chr01 NC_080387.1:18276574-18276588promoter 内 268-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18280307-18281844(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTTT
SmilChr03G001018 Chr03 NC_080389.1:11707258-11707272promoter 内 221-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11711038-11712571(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAATT
SmilChr01G005993 Chr01 NC_080387.1:75538967-75538981promoter 内 150-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75533859-75535130(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCAATAGATAAGGTG
SmilChr02G004836 Chr02 NC_080388.1:70473055-70473069promoter 内 135-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70476921-70489757(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTGGATAAAGAT
SmilChr01G004359 Chr01 NC_080387.1:61775606-61775620promoter 内 110-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61779497-61785042(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAATTTT
SmilChr03G003086 Chr03 NC_080389.1:47917964-47917978promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47912099-47914074(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCTTTTTT
SmilChr01G003533 Chr01 NC_080387.1:53947161-53947175promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53951082-53956762(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATTATCCACTTT
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63815615-63815629promoter 内 70-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 63806068-63811698(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTTT
SmilChr02G004551 Chr02 NC_080388.1:68048539-68048553promoter 内 51-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68042315-68044603(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATGGATAAAAAA
SmilChr01G002812 Chr01 NC_080387.1:46669213-46669227promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 46663315-46665231(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCAATAGATAAGGTG
SmilChr03G000874 Chr03 NC_080389.1:9936433-9936447promoter 内 1019-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 5 9932378-9933465(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr01G002296 Chr01 NC_080387.1:39785513-39785527promoter 内 3488-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 39786026-39787044(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr01G002609 Chr01 NC_080387.1:44297153-44297167promoter 内 2488-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 44298666-44300591(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr04G002246 Chr04 NC_080390.1:36266492-36266506promoter 内 2210-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 36268283-36317039(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
SmilChr03G000228 Chr03 NC_080389.1:2721470-2721484promoter 内 3745-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 2719788-2721228(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3901301-3901315promoter 内 3706-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 3901596-3902226(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr01G005035 Chr01 NC_080387.1:68297043-68297057promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 68294367-68296484(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
SmilChr04G000531 Chr04 NC_080390.1:5856806-5856820promoter 内 3364-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 5852134-5856183(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTTATCCACAAA
SmilChr04G001208 Chr04 NC_080390.1:18713884-18713898promoter 内 3350-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 18714535-18721749(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATCTA
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SmilChr02G003735 Chr02 NC_080388.1:58986423-58986437promoter 内 1846-1860 bp - 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 58981685-58984282(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGATTATCCATTTA
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