转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 9 / 137 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002252 Chr05 NC_080391.1:24199648-24199662promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 24201512-24211106(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCTCC
SmilChr04G003343 Chr04 NC_080390.1:50092950-50092964promoter 内 2026-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 50090916-50090989(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGATGACGTGGCG
SmilChr04G001531 Chr04 NC_080390.1:25233170-25233184promoter 内 1453-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 25235718-25237673(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGGCG
SmilChr08G003424 Chr08 NC_080394.1:36497959-36497973promoter 内 1062-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 36493039-36495034(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACACC
SmilChr04G003068 Chr04 NC_080390.1:47211608-47211622promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47215188-47223158(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCACCAAG
SmilChr04G003494 Chr04 NC_080390.1:51373194-51373208promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51365035-51369403(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCTCC
SmilChr02G000258 Chr02 NC_080388.1:3302842-3302856promoter 内 3744-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 3303099-3307437(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCGCT
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64422985-64422999promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 64424381-64430938(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGCTTACGTGGCA
SmilChr03G000967 Chr03 NC_080389.1:10938187-10938201promoter 内 1687-1701 bp - 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 10940501-10942103(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGGAGACGTGGCA
SmilChr01G002431 Chr01 NC_080387.1:41850513-41850527promoter 内 792-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 41845480-41847318(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGCAGACGTGGCA
SmilChr01G002261 Chr01 NC_080387.1:39423199-39423213promoter 内 2449-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 39417632-39421661(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTAA
SmilChr07G002738 Chr07 NC_080393.1:26887937-26887951promoter 内 1940-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 26889998-26893429(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAGATGACGTGGCA
SmilChr06G002338 Chr06 NC_080392.1:33971635-33971649promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 33975486-33976604(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGGAGACGTGGCA
SmilChr08G003157 Chr08 NC_080394.1:32126191-32126205promoter 内 3845-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 32126347-32129025(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGATTT
SmilChr02G000154 Chr02 NC_080388.1:2020964-2020978promoter 内 3658-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2018728-2020635(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCTCT
SmilChr01G000352 Chr01 NC_080387.1:7327018-7327032promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 7325434-7326459(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGATTT
SmilChr06G002301 Chr06 NC_080392.1:33245400-33245414promoter 内 2753-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 33241591-33244166(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTCCATT
SmilChr06G000563 Chr06 NC_080392.1:4799733-4799747promoter 内 2735-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4800999-4802517(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGAGCTGC
SmilChr06G000564 Chr06 NC_080392.1:4799733-4799747promoter 内 2723-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4801011-4801113(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGAGCTGC
SmilChr04G001755 Chr04 NC_080390.1:28882559-28882573promoter 内 2696-2710 bp - 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28876530-28881268(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGAAAT
SmilChr08G001839 Chr08 NC_080394.1:15777891-15777905promoter 内 2372-2386 bp + 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15779520-15782000(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGCCTAG
SmilChr04G003982 Chr04 NC_080390.1:55258905-55258919promoter 内 2350-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55260556-55264399(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATGGCCGACGTGGCG
SmilChr01G000692 Chr01 NC_080387.1:15534497-15534511promoter 内 1424-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15537074-15537938(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGGAGACGTGGCA
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65565223-65565237promoter 内 1188-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65568036-65572115(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGCCCACGTGGCG
SmilChr04G003122 Chr04 NC_080390.1:47825286-47825300promoter 内 1098-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47828189-47831864(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACATC
SmilChr02G002948 Chr02 NC_080388.1:50010851-50010865promoter 内 940-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 50013912-50014415(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGCCTAG
SmilChr04G000009 Chr04 NC_080390.1:146255-146269promoter 内 819-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 149437-150968(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGACTC
SmilChr05G002788 Chr05 NC_080391.1:32585170-32585184promoter 内 1634-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 32587537-32597710(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGTCACGTGGCG
SmilChr06G002816 Chr06 NC_080392.1:40865941-40865955promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 40867208-40869335(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTATGTGACGTGGCA
SmilChr02G004050 Chr02 NC_080388.1:62835298-62835312promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 62833526-62835253(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCGGGTGACGTGGCA
SmilChr08G004436 Chr08 NC_080394.1:54057639-54057653promoter 内 3877-3891 bp + 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 54057763-54058441(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCAGT
SmilChr02G004925 Chr02 NC_080388.1:71267266-71267280promoter 内 3696-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 71267571-71269699(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCTGCCCACGTGGCA
SmilChr02G000911 Chr02 NC_080388.1:15758081-15758095promoter 内 2471-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 15751612-15756565(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGGCCTC
SmilChr02G000889 Chr02 NC_080388.1:15325666-15325680promoter 内 2416-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 15327251-15329273(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGGCCTC
SmilChr07G004447 Chr07 NC_080393.1:57096788-57096802promoter 内 2098-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57094348-57094899(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGCCAA
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SmilChr03G002546 Chr03 NC_080389.1:40630111-40630125promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 40626762-40629344(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACCACC
SmilChr07G001507 Chr07 NC_080393.1:12022095-12022109promoter 内 2435-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 12015231-12020543(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGGTGACGTGGCT