转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 9 / 131 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001091 Chr03 NC_080389.1:12609552-12609561promoter 内 754-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 12612799-12615022(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G001148 Chr02 NC_080388.1:20884577-20884586promoter 内 574-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 20878858-20881159(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr03G000118 Chr03 NC_080389.1:1290770-1290779promoter 内 471-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 1294300-1298309(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G000416 Chr01 NC_080387.1:8417507-8417516promoter 内 459-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 8421049-8423907(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G004821 Chr02 NC_080388.1:70319982-70319991promoter 内 325-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 70323658-70328578(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G001855 Chr02 NC_080388.1:33769808-33769817promoter 内 287-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 33765968-33766103(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G002387 Chr01 NC_080387.1:41115429-41115438promoter 内 260-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 41111140-41111697(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G003323 Chr02 NC_080388.1:54489223-54489232promoter 内 258-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 54484798-54485489(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G005049 Chr01 NC_080387.1:68419652-68419661promoter 内 250-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 68423403-68425871(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33664897-33664906promoter 内 98-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 33657329-33661003(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37756033-37756042promoter 内 51-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 37759983-37770656(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr03G001120 Chr03 NC_080389.1:12907362-12907371promoter 内 3910-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 12905877-12907280(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G003294 Chr01 NC_080387.1:51635413-51635422promoter 内 3838-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 51635576-51642970(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G004601 Chr01 NC_080387.1:63995243-63995252promoter 内 3817-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 63995427-64002877(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002852 Chr02 NC_080388.1:48686825-48686834promoter 内 3794-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 48687032-48691166(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G002365 Chr02 NC_080388.1:41451194-41451203promoter 内 3787-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 41451408-41452333(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G005262 Chr01 NC_080387.1:70093132-70093141promoter 内 3752-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 70093381-70095030(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G004905 Chr02 NC_080388.1:71036807-71036816promoter 内 3634-3643 bp + 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 71033826-71036449(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3615787-3615796promoter 内 3628-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr03G000530 Chr03 NC_080389.1:5662570-5662579promoter 内 3612-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 5654198-5662190(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62243410-62243419promoter 内 3604-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 62243807-62244992(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G004255 Chr01 NC_080387.1:60830825-60830834promoter 内 3595-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 60831231-60832355(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr01G003960 Chr01 NC_080387.1:57985315-57985324promoter 内 3569-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 57983882-57984892(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G004272 Chr02 NC_080388.1:64923345-64923354promoter 内 3565-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 64921711-64922918(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G001332 Chr01 NC_080387.1:26504974-26504983promoter 内 3494-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 26505481-26508040(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002369 Chr02 NC_080388.1:41472428-41472437promoter 内 3448-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 41471010-41471884(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314608-18314617promoter 内 3202-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002291 Chr02 NC_080388.1:40434508-40434517promoter 内 3133-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 40435376-40439292(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002568 Chr02 NC_080388.1:44681062-44681071promoter 内 3127-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 44676486-44680197(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43559024-43559033promoter 内 3106-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G003903 Chr02 NC_080388.1:61113508-61113517promoter 内 3067-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 61114442-61115851(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43538258-43538267promoter 内 3064-3073 bp + 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G003244 Chr01 NC_080387.1:51173124-51173133promoter 内 3049-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 51174076-51176713(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002916 Chr02 NC_080388.1:49464669-49464678promoter 内 3046-3055 bp + 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49465624-49468255(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G003034 Chr01 NC_080387.1:49365723-49365732promoter 内 2939-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49366785-49371200(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G001796 Chr02 NC_080388.1:32764222-32764231promoter 内 2927-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 32760123-32763157(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27141022-27141031promoter 内 2913-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 27137826-27139943(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G001526 Chr02 NC_080388.1:28397422-28397431promoter 内 2567-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 28398856-28400880(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G001873 Chr02 NC_080388.1:34014830-34014839promoter 内 2520-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 34016311-34021212(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
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SmilChr01G004545 Chr01 NC_080387.1:63592065-63592074promoter 内 2480-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 63593586-63593657(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002282 Chr02 NC_080388.1:40303885-40303894promoter 内 2433-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 40299572-40302326(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G004346 Chr02 NC_080388.1:65736204-65736213promoter 内 2330-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 65737875-65740476(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G003716 Chr02 NC_080388.1:58760791-58760800promoter 内 2205-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 58762587-58767017(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
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SmilChr02G002791 Chr02 NC_080388.1:47968939-47968948promoter 内 1982-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 47962680-47966929(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr02G002994 Chr02 NC_080388.1:50623779-50623788promoter 内 1835-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 50620515-50621622(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG
SmilChr02G002145 Chr02 NC_080388.1:38586267-38586276promoter 内 1818-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 38588450-38590400(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAC
SmilChr01G000636 Chr01 NC_080387.1:14295728-14295737promoter 内 1772-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 14292807-14293508(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTTATGATTG