转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 9 / 149 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001540 Chr05 NC_080391.1:14106629-14106636promoter 内 3847-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14099757-14106482(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G002730 Chr01 NC_080387.1:45657967-45657974promoter 内 3842-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45658126-45662265(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76052899-76052906promoter 内 3828-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76048442-76052733(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G001045 Chr01 NC_080387.1:21712207-21712214promoter 内 3814-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21698391-21712027(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G004495 Chr02 NC_080388.1:67449230-67449237promoter 内 3812-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 67449419-67455324(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G003299 Chr03 NC_080389.1:51099387-51099394promoter 内 3792-3799 bp + 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51099596-51100814(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G003628 Chr03 NC_080389.1:54964486-54964493promoter 内 3792-3799 bp + 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54964695-54965913(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G003811 Chr03 NC_080389.1:57159554-57159561promoter 内 3777-3784 bp + 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57156463-57159337(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr02G005543 Chr02 NC_080388.1:75440865-75440872promoter 内 3771-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75436440-75440642(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G001070 Chr01 NC_080387.1:22099223-22099230promoter 内 3770-3777 bp + 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22099454-22100565(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G002477 Chr03 NC_080389.1:39288904-39288911promoter 内 3760-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39289145-39290449(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G002651 Chr03 NC_080389.1:42173828-42173835promoter 内 3760-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42171587-42173594(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G003283 Chr02 NC_080388.1:54136665-54136672promoter 内 3749-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54136917-54140515(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr04G003287 Chr04 NC_080390.1:49551000-49551007promoter 内 3744-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49551257-49551328(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G000744 Chr01 NC_080387.1:16463790-16463797promoter 内 3731-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16464060-16468973(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr02G004218 Chr02 NC_080388.1:64402992-64402999promoter 内 3726-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64401012-64402724(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G003193 Chr03 NC_080389.1:49395968-49395975promoter 内 3715-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49396254-49396766(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G000807 Chr01 NC_080387.1:17451324-17451331promoter 内 3711-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17446147-17451041(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G004211 Chr01 NC_080387.1:60545926-60545933promoter 内 3710-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60544261-60545642(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G003047 Chr01 NC_080387.1:49450823-49450830promoter 内 3672-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49448957-49450501(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr04G002468 Chr04 NC_080390.1:39502822-39502829promoter 内 3671-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39503152-39505282(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G002675 Chr01 NC_080387.1:44961805-44961812promoter 内 3663-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44960668-44961474(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60245845-60245852promoter 内 3648-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60243987-60245499(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24792085-24792092promoter 内 3643-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G005780 Chr01 NC_080387.1:73910601-73910608promoter 内 3620-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73906457-73910227(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G000560 Chr02 NC_080388.1:7884473-7884480promoter 内 3617-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7881121-7884096(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G002638 Chr01 NC_080387.1:44671462-44671469promoter 内 3611-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44671852-44672502(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr02G003246 Chr02 NC_080388.1:53724706-53724713promoter 内 3585-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53714224-53724297(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76052899-76052906promoter 内 3582-3589 bp - 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr05G000432 Chr05 NC_080391.1:3254127-3254134promoter 内 3580-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3252292-3253713(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G002371 Chr01 NC_080387.1:40903103-40903110promoter 内 3553-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40893647-40902662(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G001099 Chr03 NC_080389.1:12665929-12665936promoter 内 3547-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12664727-12665482(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr04G002632 Chr04 NC_080390.1:41728343-41728350promoter 内 3546-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41728798-41730700(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G003704 Chr01 NC_080387.1:55415452-55415459promoter 内 3544-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55410798-55415002(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G003099 Chr01 NC_080387.1:49797240-49797247promoter 内 3528-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49797713-49799255(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G001661 Chr01 NC_080387.1:30694695-30694702promoter 内 3515-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30688649-30694216(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
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