靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 9 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr05G001540 |
Chr05 | NC_080391.1:14106629-14106636promoter 内 3847-3854 bp |
- | 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14099757-14106482(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G002730 |
Chr01 | NC_080387.1:45657967-45657974promoter 内 3842-3849 bp |
+ | 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 45658126-45662265(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G006061 |
Chr01 | NC_080387.1:76052899-76052906promoter 内 3828-3835 bp |
- | 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76048442-76052733(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G001045 |
Chr01 | NC_080387.1:21712207-21712214promoter 内 3814-3821 bp |
- | 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21698391-21712027(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G004495 |
Chr02 | NC_080388.1:67449230-67449237promoter 内 3812-3819 bp |
+ | 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 67449419-67455324(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G003299 |
Chr03 | NC_080389.1:51099387-51099394promoter 内 3792-3799 bp |
+ | 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51099596-51100814(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G003628 |
Chr03 | NC_080389.1:54964486-54964493promoter 内 3792-3799 bp |
+ | 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54964695-54965913(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G003811 |
Chr03 | NC_080389.1:57159554-57159561promoter 内 3777-3784 bp |
+ | 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 57156463-57159337(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr02G005543 |
Chr02 | NC_080388.1:75440865-75440872promoter 内 3771-3778 bp |
- | 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 75436440-75440642(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G001070 |
Chr01 | NC_080387.1:22099223-22099230promoter 内 3770-3777 bp |
+ | 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22099454-22100565(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G002477 |
Chr03 | NC_080389.1:39288904-39288911promoter 内 3760-3767 bp |
+ | 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 39289145-39290449(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G002651 |
Chr03 | NC_080389.1:42173828-42173835promoter 内 3760-3767 bp |
- | 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42171587-42173594(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G003283 |
Chr02 | NC_080388.1:54136665-54136672promoter 内 3749-3756 bp |
- | 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54136917-54140515(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr04G003287 |
Chr04 | NC_080390.1:49551000-49551007promoter 内 3744-3751 bp |
- | 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49551257-49551328(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr01G000744 |
Chr01 | NC_080387.1:16463790-16463797promoter 内 3731-3738 bp |
- | 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 16464060-16468973(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr02G004218 |
Chr02 | NC_080388.1:64402992-64402999promoter 内 3726-3733 bp |
- | 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 64401012-64402724(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G003193 |
Chr03 | NC_080389.1:49395968-49395975promoter 内 3715-3722 bp |
- | 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49396254-49396766(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr01G000807 |
Chr01 | NC_080387.1:17451324-17451331promoter 内 3711-3718 bp |
+ | 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 17446147-17451041(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr01G004211 |
Chr01 | NC_080387.1:60545926-60545933promoter 内 3710-3717 bp |
- | 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60544261-60545642(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G003047 |
Chr01 | NC_080387.1:49450823-49450830promoter 内 3672-3679 bp |
+ | 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49448957-49450501(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr04G002468 |
Chr04 | NC_080390.1:39502822-39502829promoter 内 3671-3678 bp |
+ | 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 39503152-39505282(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G002675 |
Chr01 | NC_080387.1:44961805-44961812promoter 内 3663-3670 bp |
+ | 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 44960668-44961474(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr03G004141 |
Chr03 | NC_080389.1:60245845-60245852promoter 内 3648-3655 bp |
- | 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60243987-60245499(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G001238 |
Chr01 | NC_080387.1:24792085-24792092promoter 内 3643-3650 bp |
+ | 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24792443-24794315(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G005780 |
Chr01 | NC_080387.1:73910601-73910608promoter 内 3620-3627 bp |
- | 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 73906457-73910227(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G000560 |
Chr02 | NC_080388.1:7884473-7884480promoter 内 3617-3624 bp |
+ | 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7881121-7884096(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr01G002638 |
Chr01 | NC_080387.1:44671462-44671469promoter 内 3611-3618 bp |
- | 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 44671852-44672502(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr02G003246 |
Chr02 | NC_080388.1:53724706-53724713promoter 内 3585-3592 bp |
+ | 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53714224-53724297(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr01G006062 |
Chr01 | NC_080387.1:76052899-76052906promoter 内 3582-3589 bp |
- | 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76053318-76053403(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr05G000432 |
Chr05 | NC_080391.1:3254127-3254134promoter 内 3580-3587 bp |
- | 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3252292-3253713(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G002371 |
Chr01 | NC_080387.1:40903103-40903110promoter 内 3553-3560 bp |
- | 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40893647-40902662(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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Chr03 | NC_080389.1:12665929-12665936promoter 内 3547-3554 bp |
+ | 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 12664727-12665482(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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Chr04 | NC_080390.1:41728343-41728350promoter 内 3546-3553 bp |
- | 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 41728798-41730700(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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Chr01 | NC_080387.1:55415452-55415459promoter 内 3544-3551 bp |
+ | 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 55410798-55415002(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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Chr01 | NC_080387.1:49797240-49797247promoter 内 3528-3535 bp |
- | 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49797713-49799255(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr01 | NC_080387.1:30694695-30694702promoter 内 3515-3522 bp |
- | 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 30688649-30694216(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54634667-54641421(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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- | 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52703178-52706396(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 72893237-72895904(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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+ | 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40431150-40432035(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 69112292-69112935(-) |
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- | 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52954056-52957741(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21054991-21057197(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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CGGTCAAC |
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+ | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 71530944-71536352(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8466945-8467817(-) |
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+ | 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56031789-56033751(-) |
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- | 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53596876-53600458(-) |
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+ | 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29905163-29913885(-) |
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