转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 90 / 161 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5053362-5053375promoter 内 744-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5046979-5050118(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACCTCTC
SmilChr06G002511 Chr06 NC_080392.1:36006249-36006262promoter 内 726-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35998837-36002987(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAATTTGACTTTTT
SmilChr02G001677 Chr02 NC_080388.1:31008492-31008505promoter 内 680-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31003685-31005184(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCTGTTGACTTCCT
SmilChr03G003515 Chr03 NC_080389.1:53745420-53745433promoter 内 656-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53748765-53751784(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CATAAGTCAACAAC
SmilChr06G001280 Chr06 NC_080392.1:13397488-13397501promoter 内 611-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13377401-13394111(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCATTGACTTTTA
SmilChr05G003557 Chr05 NC_080391.1:47500124-47500137promoter 内 584-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47503541-47505664(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCAAGTCAACTCC
SmilChr07G001770 Chr07 NC_080393.1:14997281-14997294promoter 内 560-573 bp - 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14990663-14993853(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACGTTGACTTAAA
SmilChr03G002285 Chr03 NC_080389.1:36034225-36034238promoter 内 521-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36027752-36030758(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATTG
SmilChr07G002248 Chr07 NC_080393.1:20667844-20667857promoter 内 510-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20659104-20664366(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATAGTCAACGAG
SmilChr07G002242 Chr07 NC_080393.1:20596743-20596756promoter 内 509-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20587964-20593264(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATAGTCAACGAG
SmilChr05G003098 Chr05 NC_080391.1:39386749-39386762promoter 内 443-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39390307-39394146(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAATGAT
SmilChr05G002494 Chr05 NC_080391.1:27615873-27615886promoter 内 418-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27610174-27612303(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAATCC
SmilChr03G001072 Chr03 NC_080389.1:12423730-12423743promoter 内 407-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12427324-12430901(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCAAGTCAACCCC
SmilChr06G002913 Chr06 NC_080392.1:41976229-41976242promoter 内 395-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 41979835-41996589(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTGCT
SmilChr05G002233 Chr05 NC_080391.1:23901222-23901235promoter 内 391-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23904832-23905404(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAGTTGACTTCGC
SmilChr06G002209 Chr06 NC_080392.1:30765637-30765650promoter 内 387-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30769251-30781213(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACTCTAT
SmilChr02G005596 Chr02 NC_080388.1:75710162-75710175promoter 内 288-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75704910-75706462(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAGTTGACTTCCT
SmilChr03G001144 Chr03 NC_080389.1:13194799-13194812promoter 内 269-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13198531-13199340(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAAAGCA
SmilChr07G004739 Chr07 NC_080393.1:60241348-60241361promoter 内 242-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60245107-60248788(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CATAAGTCAACCTA
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50309932-50309945promoter 内 232-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50313701-50316532(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAACATA
SmilChr03G000611 Chr03 NC_080389.1:6790177-6790190promoter 内 230-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6785116-6786419(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAAAGAG
SmilChr06G001046 Chr06 NC_080392.1:10336791-10336804promoter 内 193-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10325654-10332996(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCAAGTCAACCCC
SmilChr07G004178 Chr07 NC_080393.1:53739312-53739325promoter 内 92-105 bp + 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53733947-53735416(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCAAGTCAACCCC
SmilChr04G002778 Chr04 NC_080390.1:43590703-43590716promoter 内 48-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 43585741-43586763(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCTTTGACTTCTC
SmilChr01G002126 Chr01 NC_080387.1:37260557-37260570promoter 内 46-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37252822-37256615(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAGC
SmilChr03G001849 Chr03 NC_080389.1:25411817-25411830promoter 内 20-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25415798-25416769(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACTGA
SmilChr06G002861 Chr06 NC_080392.1:41454528-41454541promoter 内 3092-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 41452298-41453632(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAATAT
SmilChr06G002862 Chr06 NC_080392.1:41454587-41454600promoter 内 789-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 41457799-41515810(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTA
SmilChr03G000425 Chr03 NC_080389.1:4626733-4626746promoter 内 717-730 bp + 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 4630017-4632066(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTACTC
SmilChr03G004155 Chr03 NC_080389.1:60337008-60337021promoter 内 3840-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 60337169-60341245(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAAGTA
SmilChr01G000792 Chr01 NC_080387.1:17213382-17213395promoter 内 3632-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 17210660-17213026(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTTA
SmilChr07G003119 Chr07 NC_080393.1:33085647-33085660promoter 内 3602-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 33086046-33087588(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGGTTGACTTAAT
SmilChr01G005460 Chr01 NC_080387.1:71617854-71617867promoter 内 3361-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 71615057-71617227(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTTA
SmilChr06G000177 Chr06 NC_080392.1:1239388-1239401promoter 内 2290-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 1241099-1243151(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTAAT
SmilChr05G001803 Chr05 NC_080391.1:17812866-17812879promoter 内 2252-2265 bp - 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 17814615-17816936(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTATAGTCAACGCG
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64382540-64382553promoter 内 2046-2059 bp + 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 64377780-64380598(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACATA
SmilChr03G002682 Chr03 NC_080389.1:42597478-42597491promoter 内 2044-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 42599435-42600295(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTA
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SmilChr03G002681 Chr03 NC_080389.1:42589453-42589466promoter 内 222-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 42593232-42596144(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTA
SmilChr01G005459 Chr01 NC_080387.1:71617854-71617867promoter 内 171-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 71609114-71614037(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTTA
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SmilChr02G004415 Chr02 NC_080388.1:66495206-66495219promoter 内 3960-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66495247-66496458(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCATTGACTTTTT