转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 92 / 144 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002597 Chr04 NC_080390.1:41390934-41390946promoter 内 2986-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 41391949-41395926(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAATGTC
SmilChr04G000167 Chr04 NC_080390.1:1503847-1503859promoter 内 2409-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 1501725-1502267(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATCGTTGACCCAT
SmilChr01G001595 Chr01 NC_080387.1:30067153-30067165promoter 内 2191-2203 bp + 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 30056181-30065355(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTGTTGACTGTC
SmilChr03G000848 Chr03 NC_080389.1:9758405-9758417promoter 内 1982-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 9663105-9756398(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCTGTTGACTTCA
SmilChr02G005465 Chr02 NC_080388.1:74950390-74950402promoter 内 1917-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 74945122-74948318(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACAGTCAACAGA
SmilChr03G000979 Chr03 NC_080389.1:11070282-11070294promoter 内 1618-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 11072665-11074347(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCATTGACTTTC
SmilChr03G003372 Chr03 NC_080389.1:52077916-52077928promoter 内 1245-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 52067651-52075172(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACATG
SmilChr02G001558 Chr02 NC_080388.1:28869889-28869901promoter 内 1191-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 28865728-28867091(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CATGTTGACTATT
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65801579-65801591promoter 内 1180-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 65797080-65798770(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCTGTTGACTGTT
SmilChr01G000433 Chr01 NC_080387.1:8664691-8664703promoter 内 946-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 8658607-8661648(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTAGTCAACCAT
SmilChr04G001885 Chr04 NC_080390.1:30792056-30792068promoter 内 797-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 30795260-30796475(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATAGTCAACACA
SmilChr02G004081 Chr02 NC_080388.1:63088924-63088936promoter 内 553-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 63092372-63096688(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAGTTGACTATC
SmilChr03G002309 Chr03 NC_080389.1:36328993-36329005promoter 内 3950-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36329044-36331922(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACATA
SmilChr03G003735 Chr03 NC_080389.1:56382117-56382129promoter 内 3926-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56380865-56382054(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTCA
SmilChr02G002454 Chr02 NC_080388.1:42822174-42822186promoter 内 3905-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42822270-42822856(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAATGGA
SmilChr03G000025 Chr03 NC_080389.1:369035-369047promoter 内 3883-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 368414-368929(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAATGGA
SmilChr03G002159 Chr03 NC_080389.1:33620976-33620988promoter 内 3853-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33621124-33622008(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CATGTTGACTATT
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1573569-1573581promoter 内 3792-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1569688-1573372(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGCTTTGACTTGG
SmilChr01G004602 Chr01 NC_080387.1:64005738-64005750promoter 内 3776-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64005963-64007353(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACAGTCAACCAC
SmilChr04G002654 Chr04 NC_080390.1:41946655-41946667promoter 内 3774-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41946882-41950074(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACAAA
SmilChr04G002613 Chr04 NC_080390.1:41547208-41547220promoter 内 3710-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41547499-41550623(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACAAA
SmilChr01G005343 Chr01 NC_080387.1:70654545-70654557promoter 内 3670-3682 bp + 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70643676-70654226(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTAAT
SmilChr01G005342 Chr01 NC_080387.1:70641656-70641668promoter 内 3613-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70630561-70641280(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTAAT
SmilChr04G000650 Chr04 NC_080390.1:7349187-7349199promoter 内 3595-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7348215-7348793(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAATGGA
SmilChr03G004235 Chr03 NC_080389.1:60866936-60866948promoter 内 3564-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60864735-60866511(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGGTCAACGAG
SmilChr03G001035 Chr03 NC_080389.1:12054445-12054457promoter 内 3509-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12050264-12053965(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTGGTTGACTGTA
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65687019-65687031promoter 内 3396-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65684443-65686426(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCTGTTGACTGTT
SmilChr03G002746 Chr03 NC_080389.1:43642865-43642877promoter 内 3330-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43643536-43646067(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACACT
SmilChr02G004645 Chr02 NC_080388.1:68886662-68886674promoter 内 3297-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68887366-68896299(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACAAA
SmilChr01G004451 Chr01 NC_080387.1:62634488-62634500promoter 内 3237-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62629453-62633736(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGATTTGACTTTG
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47435287-47435299promoter 内 3214-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47431042-47434512(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCTTTGACTTAC
SmilChr01G002606 Chr01 NC_080387.1:44252124-44252136promoter 内 3146-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44252979-44255412(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACAGTCAACAGA
SmilChr04G001669 Chr04 NC_080390.1:27652757-27652769promoter 内 3101-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27653657-27654279(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CATGTTGACTATT
SmilChr03G000026 Chr03 NC_080389.1:369035-369047promoter 内 2797-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 370239-372416(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCATTGACTTTC
SmilChr02G001893 Chr02 NC_080388.1:34234492-34234504promoter 内 2698-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34235795-34239338(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATAGTCAACTTG
SmilChr03G003599 Chr03 NC_080389.1:54620252-54620264promoter 内 2677-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54621576-54624266(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTAGTCAACTAC
SmilChr04G002458 Chr04 NC_080390.1:39393208-39393220promoter 内 2654-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39390029-39391873(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATAGTCAACTTT
SmilChr04G000260 Chr04 NC_080390.1:2384938-2384950promoter 内 2588-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2382292-2383537(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAGAGTCAACCTA
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SmilChr02G005223 Chr02 NC_080388.1:73442905-73442917promoter 内 2415-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73444491-73453091(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCGAGTCAACGAT
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SmilChr03G004093 Chr03 NC_080389.1:59802276-59802288promoter 内 1993-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59804284-59874437(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGGTCAACGTG
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