转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 93 / 162 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G001715 Chr03 NC_080389.1:22976995-22977013promoter 内 390-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 22980606-22980712(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr04G000853 Chr04 NC_080390.1:10793791-10793809promoter 内 379-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10797413-10801269(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCACCGCCCGAAG
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10228171-10228189promoter 内 376-394 bp + 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr01G001642 Chr01 NC_080387.1:30454187-30454205promoter 内 374-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30457814-30464973(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAAATGGAAGAG
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76056366-76056384promoter 内 350-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 76048442-76052733(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TACCACTGATCAGTCAACG
SmilChr02G001187 Chr02 NC_080388.1:21785920-21785938promoter 内 328-346 bp + 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21789593-21793173(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTGAGGTCTTTA
SmilChr03G004180 Chr03 NC_080389.1:60526552-60526570promoter 内 314-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60530239-60533198(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGAATCATCAAA
SmilChr04G001257 Chr04 NC_080390.1:19828200-19828218promoter 内 276-294 bp - 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19831925-19836797(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TAAAGACCTCAAGTCAACG
SmilChr06G002125 Chr06 NC_080392.1:28529212-28529230promoter 内 270-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 28532943-28540019(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAGAAGATCCG
SmilChr05G003425 Chr05 NC_080391.1:45477752-45477770promoter 内 251-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45481502-45482358(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAGGTTTATTCG
SmilChr01G000161 Chr01 NC_080387.1:2705202-2705220promoter 内 250-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2701038-2701469(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTCTGATTTCCA
SmilChr04G000604 Chr04 NC_080390.1:6839708-6839726promoter 内 226-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6829232-6835951(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATTCCCAGAAAAGTCAACT
SmilChr01G004246 Chr01 NC_080387.1:60771698-60771716promoter 内 152-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60765462-60767867(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGCCTCACTCTAGTCAACA
SmilChr07G003744 Chr07 NC_080393.1:45641000-45641018promoter 内 149-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45644852-45644958(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr07G003703 Chr07 NC_080393.1:44696542-44696560promoter 内 132-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44692585-44692691(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGTATTTAAAAGTCAACT
SmilChr07G003705 Chr07 NC_080393.1:44712562-44712580promoter 内 128-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44708601-44708707(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGTATTTAAAAGTCAACT
SmilChr07G003539 Chr07 NC_080393.1:40902817-40902835promoter 内 121-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40906697-40906803(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr07G003540 Chr07 NC_080393.1:40908668-40908686promoter 内 119-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40912550-40912657(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr05G001652 Chr05 NC_080391.1:15572975-15572993promoter 内 51-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 15576925-15581874(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTGTACACTGAAGTCAACA
SmilChr04G003199 Chr04 NC_080390.1:48833669-48833687promoter 内 19-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48837651-48843468(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGGATTAGACGC
SmilChr06G002404 Chr06 NC_080392.1:34806312-34806330promoter 内 12-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34810301-34810407(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr06G000616 Chr06 NC_080392.1:5339691-5339709promoter 内 5-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5335607-5335713(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12521975-12521993promoter 内 3797-3815 bp - 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 12517283-12521789(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGTGATTGCAT
SmilChr08G000234 Chr08 NC_080394.1:1595858-1595876promoter 内 3070-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 1594398-1594945(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTATTTGACAAAGTCAAAG
SmilChr08G000233 Chr08 NC_080394.1:1595858-1595876promoter 内 2492-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 1590925-1594367(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTATTTGACAAAGTCAAAG
SmilChr08G000151 Chr08 NC_080394.1:969714-969732promoter 内 2246-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 971469-991885(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTCTTCTGATGG
SmilChr05G002466 Chr05 NC_080391.1:27179105-27179123promoter 内 1205-1223 bp + 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 27174343-27176327(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGATACTTTTAGTCAACG
SmilChr03G003928 Chr03 NC_080389.1:58366393-58366411promoter 内 3884-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 58365116-58366294(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCAGCTTATTAC
SmilChr03G003931 Chr03 NC_080389.1:58378951-58378969promoter 内 3796-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 58377911-58378764(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCAGCTTATTAC
SmilChr08G003366 Chr08 NC_080394.1:35240212-35240230promoter 内 3761-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 35237471-35239990(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGCGGGCCGGT
SmilChr07G003386 Chr07 NC_080393.1:36693078-36693096promoter 内 3659-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 36693420-36693950(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACGATAAAAGTCAAAG
SmilChr07G003385 Chr07 NC_080393.1:36665058-36665076promoter 内 3658-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 36665401-36665931(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGACGATAAAAGTCAAAG
SmilChr07G004372 Chr07 NC_080393.1:56249274-56249292promoter 内 3542-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56249733-56255450(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr03G000601 Chr03 NC_080389.1:6676362-6676380promoter 内 3533-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6676830-6678523(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr03G000386 Chr03 NC_080389.1:4290953-4290971promoter 内 3489-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 4291465-4292439(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr07G004350 Chr07 NC_080393.1:56033092-56033110promoter 内 3458-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56026380-56032567(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTATTTGCAAGTCAACG
SmilChr04G000166 Chr04 NC_080390.1:1498464-1498482promoter 内 3276-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 1491872-1497757(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACTTACACTAAGTCAACC
SmilChr04G000484 Chr04 NC_080390.1:5228279-5228297promoter 内 3241-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 5229039-5240075(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CCGGCCCTAGCAGTCAACG
SmilChr05G000913 Chr05 NC_080391.1:7241311-7241329promoter 内 3184-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 7236666-7240512(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGCGGGCCGGT
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SmilChr03G000956 Chr03 NC_080389.1:10808033-10808051promoter 内 2847-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 10809187-10810392(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
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SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4290953-4290971promoter 内 2628-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 4292326-4293199(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr05G003560 Chr05 NC_080391.1:47530101-47530119promoter 内 2492-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 47531610-47534303(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TATTTCTCCAAAGTCAACA
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SmilChr07G003551 Chr07 NC_080393.1:41250481-41250499promoter 内 2423-2441 bp - 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 41245945-41248921(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGCTTCGGCCCA
SmilChr01G000800 Chr01 NC_080387.1:17279681-17279699promoter 内 2307-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 17281375-17287044(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCCATCAGACACA