转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 93 / 135 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000459 Chr01 NC_080387.1:9398969-9398983promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 9401707-9405133(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAATATTATCCTT
SmilChr02G001029 Chr02 NC_080388.1:18214835-18214849promoter 内 863-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 18211138-18211711(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATGTTATCCTC
SmilChr02G004766 Chr02 NC_080388.1:69834607-69834621promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 69838041-69843112(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGCTATG
SmilChr01G001941 Chr01 NC_080387.1:34584481-34584495promoter 内 405-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 34588077-34591403(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACGAGGCA
SmilChr02G004829 Chr02 NC_080388.1:70394775-70394789promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 70386120-70391121(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAAGCA
SmilChr01G006001 Chr01 NC_080387.1:75586222-75586236promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 75590073-75592161(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGAATAGC
SmilChr03G002941 Chr03 NC_080389.1:46125851-46125865promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46125918-46129920(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAACCCTTATCATC
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32976951-32976965promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGGCTTC
SmilChr01G004516 Chr01 NC_080387.1:63287882-63287896promoter 内 3879-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63281065-63287774(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGAATTC
SmilChr03G001612 Chr03 NC_080389.1:20524704-20524718promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20523231-20524538(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTGGAT
SmilChr02G002181 Chr02 NC_080388.1:39022008-39022022promoter 内 3808-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39017312-39021829(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAGTCCTTATCTGT
SmilChr01G005871 Chr01 NC_080387.1:74650359-74650373promoter 内 3705-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 74645371-74650077(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTATA
SmilChr01G001169 Chr01 NC_080387.1:23730921-23730935promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 23731229-23732890(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAATGAA
SmilChr02G004123 Chr02 NC_080388.1:63493457-63493471promoter 内 3609-3623 bp - 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63493849-63496261(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGGGAAGA
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46174640-46174654promoter 内 3408-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGAGAGAT
SmilChr01G003443 Chr01 NC_080387.1:53000339-53000353promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53001030-53003259(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGAAGCA
SmilChr03G002875 Chr03 NC_080389.1:45425522-45425536promoter 内 3305-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45426218-45438535(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTGATAAGGACAAG
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38108209-38108223promoter 内 3203-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAGTTT
SmilChr02G002148 Chr02 NC_080388.1:38625771-38625785promoter 内 3128-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38623208-38624912(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAGCCTTATCAAT
SmilChr02G001132 Chr02 NC_080388.1:20461308-20461322promoter 内 3108-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20462201-20463244(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGCTCCTTATCTGT
SmilChr03G001316 Chr03 NC_080389.1:15445027-15445041promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15442504-15444144(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATGTTG
SmilChr03G001428 Chr03 NC_080389.1:16910781-16910795promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16911681-16913320(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATGTTG
SmilChr03G000907 Chr03 NC_080389.1:10402983-10402997promoter 内 3092-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10399492-10402088(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGACCTTG
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8075228-8075242promoter 内 3040-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8068297-8074281(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGACTTCC
SmilChr02G002182 Chr02 NC_080388.1:39022008-39022022promoter 内 2999-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39023010-39026640(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGACTAA
SmilChr02G004903 Chr02 NC_080388.1:71022919-71022933promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71024095-71025732(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGATAAGGATATC
SmilChr02G004124 Chr02 NC_080388.1:63499924-63499938promoter 内 2710-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63501215-63502134(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGGGAAGA
SmilChr02G000197 Chr02 NC_080388.1:2493137-2493151promoter 内 2618-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2490229-2491768(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTATTCATTATCCTA
SmilChr02G004231 Chr02 NC_080388.1:64503958-64503972promoter 内 2481-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64501118-64502452(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTCCCTTATCCCT
SmilChr03G002076 Chr03 NC_080389.1:31747786-31747800promoter 内 2459-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31733993-31746258(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTATATATTATCCTA
SmilChr03G002940 Chr03 NC_080389.1:46125851-46125865promoter 内 2418-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46123485-46124282(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGGTTTA
SmilChr01G002056 Chr01 NC_080387.1:36356408-36356422promoter 内 2321-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36358088-36359104(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAATCCTTATCCGG
SmilChr01G001918 Chr01 NC_080387.1:34325196-34325210promoter 内 2250-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 34317381-34323459(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAGTGA
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30522292-30522306promoter 内 2205-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30524088-30530209(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGACGAGA
SmilChr01G000829 Chr01 NC_080387.1:17838221-17838235promoter 内 2184-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17840038-17840523(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTTGCCTTATCTTT
SmilChr01G001874 Chr01 NC_080387.1:33768426-33768440promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33760644-33766560(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAGTGA
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SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38108209-38108223promoter 内 1518-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAACTTCTTATCCCT
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SmilChr03G000625 Chr03 NC_080389.1:6938071-6938085promoter 内 1419-1433 bp - 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6934832-6935503(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACCTCATTATCCTA
SmilChr01G000452 Chr01 NC_080387.1:9192366-9192380promoter 内 1270-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9195097-9197295(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAGATGTT