转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 93 / 147 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000746 Chr01 NC_080387.1:16508353-16508367promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 16510043-16513220(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACACCCTC
SmilChr01G003769 Chr01 NC_080387.1:56055038-56055052promoter 内 1317-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 56050375-56052368(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACCATATA
SmilChr02G002104 Chr02 NC_080388.1:37721590-37721604promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 37724969-37727465(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACATCGTT
SmilChr03G001332 Chr03 NC_080389.1:15563010-15563024promoter 内 350-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 15559292-15559373(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTATAATTTAGGTAG
SmilChr04G000540 Chr04 NC_080390.1:6006032-6006046promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6001304-6002233(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTAGATGTTAGGTCC
SmilChr03G001414 Chr03 NC_080389.1:16792636-16792650promoter 内 69-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 16796568-16796649(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTATAATTTAGGTAG
SmilChr03G001532 Chr03 NC_080389.1:19125287-19125301promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19123567-19125237(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATATGGTTAGGTTC
SmilChr03G002768 Chr03 NC_080389.1:44037034-44037048promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44035273-44036982(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACAAATAA
SmilChr04G000724 Chr04 NC_080390.1:8502993-8503007promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8503069-8506110(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACGTTTGA
SmilChr03G003601 Chr03 NC_080389.1:54646987-54647001promoter 内 3903-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54645464-54646903(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACACATTG
SmilChr04G000841 Chr04 NC_080390.1:10614822-10614836promoter 内 3900-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10614923-10617887(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CACAACGTTAGGTAA
SmilChr02G000764 Chr02 NC_080388.1:12446488-12446502promoter 内 3668-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12444913-12446169(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGATTTGTTAGGTTA
SmilChr04G001569 Chr04 NC_080390.1:26009924-26009938promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 26007552-26009533(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACCAAAAC
SmilChr01G001785 Chr01 NC_080387.1:32731570-32731584promoter 内 3585-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 32731986-32737720(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCGTGTTAGGTAA
SmilChr02G004058 Chr02 NC_080388.1:62881763-62881777promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62882184-62884923(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCACCTAACAGTCTC
SmilChr03G003512 Chr03 NC_080389.1:53727946-53727960promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53721573-53727519(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGTCCAGTTAGGTTG
SmilChr04G000715 Chr04 NC_080390.1:8362919-8362933promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8363453-8366516(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTGTTGTTAGGTTG
SmilChr03G001333 Chr03 NC_080389.1:15563010-15563024promoter 内 3453-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15559588-15562476(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTATAATTTAGGTAG
SmilChr03G002946 Chr03 NC_080389.1:46202100-46202114promoter 内 3420-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46198180-46201533(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACCATATA
SmilChr04G000629 Chr04 NC_080390.1:7153043-7153057promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7148506-7152432(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATCCAACTTAGGTAA
SmilChr01G005474 Chr01 NC_080387.1:71731554-71731568promoter 内 3374-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 71722317-71730941(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AACGAGATTAGGTAA
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3678302-3678316promoter 内 3370-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAAAATTTAGGTAT
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4517195-4517209promoter 内 3368-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4517828-4518880(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAAAATTTAGGTAT
SmilChr01G005307 Chr01 NC_080387.1:70326681-70326695promoter 内 3362-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70327320-70334092(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATATGGTTAGGTTC
SmilChr02G004112 Chr02 NC_080388.1:63413323-63413337promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63413991-63416190(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTAAGCGTTAGGTTG
SmilChr01G004292 Chr01 NC_080387.1:61135856-61135870promoter 内 3305-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 61132968-61135174(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACCAGGTT
SmilChr04G000932 Chr04 NC_080390.1:12161396-12161410promoter 内 3211-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12158815-12160620(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTCTATA
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958064-31958078promoter 内 3017-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACAACTGA
SmilChr04G000032 Chr04 NC_080390.1:322146-322160promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 317204-321104(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACACCACT
SmilChr01G005410 Chr01 NC_080387.1:71346157-71346171promoter 内 2912-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 71345009-71345082(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATTTGTTAGGTTG
SmilChr01G004885 Chr01 NC_080387.1:66914741-66914755promoter 内 2910-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 66915832-66919325(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATCATAGT
SmilChr01G005409 Chr01 NC_080387.1:71346157-71346171promoter 内 2873-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 71341732-71345043(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATTTGTTAGGTTG
SmilChr02G000501 Chr02 NC_080388.1:6886322-6886336promoter 内 2872-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6883782-6885207(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGAGTGTTAGGTGA
SmilChr02G002557 Chr02 NC_080388.1:44472736-44472750promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44473873-44500678(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATATATTAGGTAA
SmilChr01G000700 Chr01 NC_080387.1:15693320-15693334promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15690510-15692170(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGTAGATTAGGTAG
SmilChr02G000952 Chr02 NC_080388.1:16561435-16561449promoter 内 2705-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16562731-16563586(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACAACTGA
SmilChr02G002819 Chr02 NC_080388.1:48287183-48287197promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48288685-48289447(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACCATATA
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SmilChr01G002557 Chr01 NC_080387.1:43701864-43701878promoter 内 2037-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43698739-43699914(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATAATTTT