转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 97 / 133 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005209 Chr02 NC_080388.1:73319205-73319214promoter 内 695-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 73322511-73325373(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52994699-52994708promoter 内 692-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52988922-52991399(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr03G000369 Chr03 NC_080389.1:4124822-4124831promoter 内 683-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4120538-4121513(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr02G001080 Chr02 NC_080388.1:19350200-19350209promoter 内 681-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19344225-19346889(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1861573-1861582promoter 内 675-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1864899-1867457(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr01G001001 Chr01 NC_080387.1:21071860-21071869promoter 内 659-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21066877-21068527(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr02G004614 Chr02 NC_080388.1:68663497-68663506promoter 内 656-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68658631-68660161(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTA
SmilChr02G003707 Chr02 NC_080388.1:58596834-58596843promoter 内 617-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 58600218-58608107(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr01G000552 Chr01 NC_080387.1:11496268-11496277promoter 内 602-611 bp + 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11499667-11501535(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTG
SmilChr03G000499 Chr03 NC_080389.1:5353137-5353146promoter 内 544-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5356594-5361218(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGCG
SmilChr02G005529 Chr02 NC_080388.1:75359653-75359662promoter 内 530-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75354839-75356191(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGTTATCTG
SmilChr01G003695 Chr01 NC_080387.1:55313826-55313835promoter 内 527-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55305291-55310361(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15846025-15846034promoter 内 496-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr02G001239 Chr02 NC_080388.1:22775521-22775530promoter 内 486-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 22779036-22780009(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr01G005867 Chr01 NC_080387.1:74610252-74610261promoter 内 485-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74613768-74614675(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr01G000825 Chr01 NC_080387.1:17795616-17795625promoter 内 428-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 17789722-17792052(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGG
SmilChr01G003121 Chr01 NC_080387.1:50037224-50037233promoter 内 414-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50031791-50033646(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr01G005527 Chr01 NC_080387.1:72145270-72145279promoter 内 412-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72138861-72141690(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr02G004740 Chr02 NC_080388.1:69623553-69623562promoter 内 408-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69619134-69619969(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr02G004965 Chr02 NC_080388.1:71566993-71567002promoter 内 394-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71562197-71563395(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr03G000088 Chr03 NC_080389.1:1016691-1016700promoter 内 359-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1008412-1013058(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr02G001111 Chr02 NC_080388.1:19974913-19974922promoter 内 314-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19978600-19980344(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGTTATCTG
SmilChr01G004510 Chr01 NC_080387.1:63193096-63193105promoter 内 308-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63184665-63189412(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTG
SmilChr02G004920 Chr02 NC_080388.1:71231713-71231722promoter 内 302-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71235412-71237777(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr01G002916 Chr01 NC_080387.1:47877112-47877121promoter 内 273-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47880840-47883424(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr01G004426 Chr01 NC_080387.1:62360731-62360740promoter 内 111-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 62364621-62371979(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr01G001932 Chr01 NC_080387.1:34478599-34478608promoter 内 110-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34482490-34484538(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr02G005000 Chr02 NC_080388.1:71810234-71810243promoter 内 33-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71814202-71816017(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr01G004931 Chr01 NC_080387.1:67362676-67362685promoter 内 25-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 67366652-67368209(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr03G000716 Chr03 NC_080389.1:7954857-7954866promoter 内 3751-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 7953867-7954616(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G003147 Chr02 NC_080388.1:52486633-52486642promoter 内 2938-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 52483738-52485579(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr02G000578 Chr02 NC_080388.1:8320710-8320719promoter 内 3984-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 8318475-8320702(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr01G004744 Chr01 NC_080387.1:65617785-65617794promoter 内 3767-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 65618019-65618738(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr03G000714 Chr03 NC_080389.1:7930694-7930703promoter 内 3501-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 7931194-7931808(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr02G004194 Chr02 NC_080388.1:64279354-64279363promoter 内 3239-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 64280116-64286842(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr02G003038 Chr02 NC_080388.1:51095769-51095778promoter 内 2957-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 51096813-51098669(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr01G005426 Chr01 NC_080387.1:71447188-71447197promoter 内 2919-2928 bp + 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 71443087-71446115(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G000381 Chr02 NC_080388.1:4775056-4775065promoter 内 2790-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4772304-4773854(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G002311 Chr02 NC_080388.1:40735562-40735571promoter 内 2372-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 40731374-40733942(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G005459 Chr02 NC_080388.1:74900906-74900915promoter 内 1577-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74903330-74910479(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr02G000152 Chr02 NC_080388.1:2002863-2002872promoter 内 1345-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 1996854-2000216(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G001486 Chr02 NC_080388.1:27834411-27834420promoter 内 1343-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 27837069-27839080(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr01G005507 Chr01 NC_080387.1:71925766-71925775promoter 内 1302-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 71928465-71932381(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr02G000380 Chr02 NC_080388.1:4775056-4775065promoter 内 1211-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4770260-4772275(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr01G003868 Chr01 NC_080387.1:56914846-56914855promoter 内 1009-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 56917838-56919766(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr02G004633 Chr02 NC_080388.1:68798563-68798572promoter 内 3931-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68798633-68798706(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G004726 Chr02 NC_080388.1:69505559-69505568promoter 内 3653-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69505907-69508790(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCT
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27188476-27188485promoter 内 3576-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27187377-27188060(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr01G005357 Chr01 NC_080387.1:70797410-70797419promoter 内 3490-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70797921-70800211(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC
SmilChr02G002972 Chr02 NC_080388.1:50264713-50264722promoter 内 3408-3417 bp - 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50265306-50267624(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTC