转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 97 / 133 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000696 Chr03 NC_080389.1:7771107-7771116promoter 内 2191-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7763238-7769306(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr08G002596 Chr08 NC_080394.1:25294413-25294422promoter 内 2182-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25296232-25296627(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr01G003764 Chr01 NC_080387.1:56025597-56025606promoter 内 2173-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56027425-56028951(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr06G000766 Chr06 NC_080392.1:7143650-7143659promoter 内 2172-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7135218-7141830(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr01G004131 Chr01 NC_080387.1:59824791-59824800promoter 内 2166-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59822460-59822965(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr06G001945 Chr06 NC_080392.1:23937683-23937692promoter 内 2164-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23939520-23944110(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr02G005567 Chr02 NC_080388.1:75578711-75578720promoter 内 2159-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75580553-75583002(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr02G002259 Chr02 NC_080388.1:40027145-40027154promoter 内 2141-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40022937-40025294(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr08G002757 Chr08 NC_080394.1:27231103-27231112promoter 内 2139-2148 bp + 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27226334-27229250(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr03G000157 Chr03 NC_080389.1:1722057-1722066promoter 内 2135-2144 bp - 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1713154-1720200(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr01G001062 Chr01 NC_080387.1:21928110-21928119promoter 内 2134-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21929977-21931446(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr07G000203 Chr07 NC_080393.1:1289930-1289939promoter 内 2124-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1284978-1288062(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70959660-70959669promoter 内 2121-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70961540-70963494(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr01G004972 Chr01 NC_080387.1:67820325-67820334promoter 内 2094-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67816486-67818427(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G001135 Chr03 NC_080389.1:13082253-13082262promoter 内 2072-2081 bp + 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13084182-13087539(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr05G000401 Chr05 NC_080391.1:3019091-3019100promoter 内 2054-2063 bp + 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3021038-3034413(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr08G002818 Chr08 NC_080394.1:27999480-27999489promoter 内 2020-2029 bp + 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28001461-28004516(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr01G005700 Chr01 NC_080387.1:73258422-73258431promoter 内 1984-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73256342-73256414(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr06G000011 Chr06 NC_080392.1:196908-196917promoter 内 1941-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 198968-211177(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G003862 Chr03 NC_080389.1:57705677-57705686promoter 内 1932-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57699908-57703617(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr06G001674 Chr06 NC_080392.1:18995713-18995722promoter 内 1924-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18997790-18998995(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr02G004809 Chr02 NC_080388.1:70260329-70260338promoter 内 1921-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70262409-70265309(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr02G004369 Chr02 NC_080388.1:66014299-66014308promoter 内 1915-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 66010727-66012222(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr01G001124 Chr01 NC_080387.1:22848254-22848263promoter 内 1910-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22850345-22851537(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr02G004373 Chr02 NC_080388.1:66081017-66081026promoter 内 1909-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 66077448-66078934(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr08G000718 Chr08 NC_080394.1:5321459-5321468promoter 内 1909-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5323551-5330299(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr04G004095 Chr04 NC_080390.1:55942946-55942955promoter 内 1870-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55938388-55940824(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr08G000734 Chr08 NC_080394.1:5436192-5436201promoter 内 1864-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5438329-5445012(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr06G002083 Chr06 NC_080392.1:27479019-27479028promoter 内 1860-1869 bp - 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27475703-27476887(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr01G004974 Chr01 NC_080387.1:67820325-67820334promoter 内 1828-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67822498-67823169(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr07G002841 Chr07 NC_080393.1:28511832-28511841promoter 内 1810-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28514023-28516329(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr01G000940 Chr01 NC_080387.1:19898773-19898782promoter 内 1807-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 19900967-19902477(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TAGTACGGAG
SmilChr05G004297 Chr05 NC_080391.1:56695508-56695517promoter 内 1771-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56691114-56693287(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G004343 Chr03 NC_080389.1:61729716-61729725promoter 内 1746-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61724727-61727470(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr05G002259 Chr05 NC_080391.1:24324278-24324287promoter 内 1746-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24326533-24327573(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr05G003424 Chr05 NC_080391.1:45478834-45478843promoter 内 1746-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45481089-45481161(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
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