转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 98 / 139 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001438 Chr06 NC_080392.1:15183154-15183167promoter 内 915-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15177707-15180081(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGTGACGGTGGAGC
SmilChr01G004695 Chr01 NC_080387.1:65018409-65018422promoter 内 901-914 bp - 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65009907-65015322(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGCAT
SmilChr02G000599 Chr02 NC_080388.1:8639283-8639296promoter 内 831-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8642453-8644900(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAA
SmilChr02G000803 Chr02 NC_080388.1:13406084-13406097promoter 内 794-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 13402053-13402890(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAA
SmilChr01G004653 Chr01 NC_080387.1:64648887-64648900promoter 内 781-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64640369-64645680(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCATCACCGTCACC
SmilChr02G003844 Chr02 NC_080388.1:60186897-60186910promoter 内 681-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60179763-60183590(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGGCCGA
SmilChr05G001628 Chr05 NC_080391.1:15208409-15208422promoter 内 487-500 bp - 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15211923-15213264(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCACCGTCACG
SmilChr05G001629 Chr05 NC_080391.1:15208409-15208422promoter 内 485-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15211925-15213264(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCACCGTCACG
SmilChr04G001192 Chr04 NC_080390.1:18235702-18235715promoter 内 445-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18239258-18241385(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGCCACCGTCGTC
SmilChr03G002796 Chr03 NC_080389.1:44460666-44460679promoter 内 437-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44443998-44457115(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAA
SmilChr06G000803 Chr06 NC_080392.1:7499267-7499280promoter 内 383-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7491617-7495662(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGCGCCGTCCAA
SmilChr04G003449 Chr04 NC_080390.1:50989997-50990010promoter 内 362-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50993636-50994322(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTACCTCCGTCCAC
SmilChr04G003200 Chr04 NC_080390.1:48849056-48849069promoter 内 350-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48843856-48845418(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAA
SmilChr01G006010 Chr01 NC_080387.1:75654412-75654425promoter 内 343-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75658070-75662073(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTGACGGTGGTGG
SmilChr01G002821 Chr01 NC_080387.1:46773099-46773112promoter 内 298-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46765440-46769409(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G003637 Chr01 NC_080387.1:54864205-54864218promoter 内 290-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54867916-54871913(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGCTGAGA
SmilChr02G004883 Chr02 NC_080388.1:70917984-70917997promoter 内 233-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70921752-70925604(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGGCACCGTCCCA
SmilChr04G001509 Chr04 NC_080390.1:24856602-24856615promoter 内 183-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24848321-24852797(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCAGCCGTCCAT
SmilChr06G000604 Chr06 NC_080392.1:5222716-5222729promoter 内 131-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5217827-5218859(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGGAG
SmilChr03G000108 Chr03 NC_080389.1:1193075-1193088promoter 内 88-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1196988-1201006(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATCGACGGTGGTGA
SmilChr02G002174 Chr02 NC_080388.1:38967734-38967747promoter 内 63-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38962848-38963809(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAA
SmilChr03G002604 Chr03 NC_080389.1:41425690-41425703promoter 内 54-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41429637-41432804(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTCGACGGTGGGAG
SmilChr05G004065 Chr05 NC_080391.1:54575856-54575869promoter 内 19-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54579838-54582627(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAA
SmilChr07G001327 Chr07 NC_080393.1:10208566-10208579promoter 内 3656-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10206510-10208234(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCATT
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72880565-72880578promoter 内 2982-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 72881584-72885734(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTTCACCGTCTAT
SmilChr03G001452 Chr03 NC_080389.1:17332024-17332037promoter 内 2557-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 17324997-17330593(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGCCACCGTCAAT
SmilChr01G004697 Chr01 NC_080387.1:65073971-65073984promoter 内 2491-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 65070636-65072474(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGGCACC
SmilChr03G000968 Chr03 NC_080389.1:10967524-10967537promoter 内 2466-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10969059-10972258(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTAGCGC
SmilChr05G001687 Chr05 NC_080391.1:16014536-16014549promoter 内 2067-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 16016470-16019361(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGCCGGTGGAGC
SmilChr01G002303 Chr01 NC_080387.1:39902844-39902857promoter 内 2029-2042 bp - 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 39892365-39900885(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGTTA
SmilChr05G001686 Chr05 NC_080391.1:16014536-16014549promoter 内 1739-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 16010204-16012287(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGGCACC
SmilChr07G001233 Chr07 NC_080393.1:9445256-9445269promoter 内 1730-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 9447527-9452451(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGTGCATA
SmilChr02G004534 Chr02 NC_080388.1:67906363-67906376promoter 内 3860-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 67904465-67906235(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAC
SmilChr02G004049 Chr02 NC_080388.1:62822987-62823000promoter 内 3827-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62818193-62822826(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGACGCCGTCCAG
SmilChr05G002687 Chr05 NC_080391.1:30511024-30511037promoter 内 3749-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30509403-30510785(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTCTCACCGTCCAA
SmilChr07G001232 Chr07 NC_080393.1:9445256-9445269promoter 内 3652-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9443706-9444920(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TATGCACCGTCCAA
SmilChr02G003662 Chr02 NC_080388.1:58009553-58009566promoter 内 3508-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58010046-58016971(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGACGGTGCTGG
SmilChr01G001503 Chr01 NC_080387.1:28864781-28864794promoter 内 3489-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 28865293-28865856(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTGACGGTGAGGA
SmilChr02G002770 Chr02 NC_080388.1:47752755-47752768promoter 内 3466-3479 bp - 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47753290-47755958(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATACGCCGTCCAA
SmilChr02G002769 Chr02 NC_080388.1:47752755-47752768promoter 内 3382-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47750368-47752149(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGCGTATG
SmilChr06G001491 Chr06 NC_080392.1:15937451-15937464promoter 内 3370-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15938082-15938747(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGACGGTGGATT
SmilChr01G002604 Chr01 NC_080387.1:44238592-44238605promoter 内 3332-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44234632-44237936(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCTGCCGTCCAC
SmilChr06G003072 Chr06 NC_080392.1:43611792-43611805promoter 内 3250-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43608328-43611054(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TAACCTCCGTCCAC
SmilChr04G000590 Chr04 NC_080390.1:6589501-6589514promoter 内 3195-3208 bp + 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6590307-6591658(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGCGGC
SmilChr05G003035 Chr05 NC_080391.1:38046553-38046566promoter 内 3040-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38042036-38045605(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGACGCC
SmilChr01G004830 Chr01 NC_080387.1:66435200-66435213promoter 内 2996-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 66436205-66438902(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGTCGGTGGAGT
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SmilChr06G001481 Chr06 NC_080392.1:15785841-15785854promoter 内 2956-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15786886-15789414(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGTCGGTGGAGT
SmilChr06G002118 Chr06 NC_080392.1:28330995-28331008promoter 内 2488-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 28328337-28329495(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGGCCT
SmilChr04G001237 Chr04 NC_080390.1:19391930-19391943promoter 内 2420-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19385278-19390362(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TATCCACCGGCCGC