转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 98 / 164 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001378 Chr05 NC_080391.1:12296404-12296418promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12296459-12299346(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr05G003366 Chr05 NC_080391.1:44492582-44492596promoter 内 3940-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44491102-44492535(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38108938-38108952promoter 内 3932-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTATTAT
SmilChr03G002491 Chr03 NC_080389.1:39673971-39673985promoter 内 3927-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39670770-39673911(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAAAGTAGGTGAA
SmilChr01G000972 Chr01 NC_080387.1:20576423-20576437promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20576506-20579262(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr02G002175 Chr02 NC_080388.1:38974916-38974930promoter 内 3911-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38975006-38978265(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAAAGTAGGTGAA
SmilChr05G000155 Chr05 NC_080391.1:1252751-1252765promoter 内 3897-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1250082-1252661(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr02G000138 Chr02 NC_080388.1:1865814-1865828promoter 内 3802-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1864280-1865629(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAGGGGTAGGTCGG
SmilChr03G000118 Chr03 NC_080389.1:1294100-1294114promoter 内 3801-3815 bp - 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1294300-1298309(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCCCACC
SmilChr07G002656 Chr07 NC_080393.1:25747654-25747668promoter 内 3797-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25745830-25747464(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATAAGTAGGTGGC
SmilChr02G005282 Chr02 NC_080388.1:73862161-73862175promoter 内 3778-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73859527-73861952(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTACTTT
SmilChr03G004529 Chr03 NC_080389.1:63337407-63337421promoter 内 3734-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63337674-63340873(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTATTT
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69888391-69888405promoter 内 3728-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69880677-69888132(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTCATT
SmilChr02G002364 Chr02 NC_080388.1:41419649-41419663promoter 内 3597-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41417183-41419259(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAACTGGTAGGTTGG
SmilChr05G002643 Chr05 NC_080391.1:29823195-29823209promoter 内 3562-3576 bp + 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29823634-29826274(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGTAGGTAGGTTCG
SmilChr04G001569 Chr04 NC_080390.1:26009999-26010013promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26007552-26009533(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCACTAA
SmilChr02G001510 Chr02 NC_080388.1:28113176-28113190promoter 内 3520-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28113657-28117648(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr02G001511 Chr02 NC_080388.1:28117679-28117693promoter 内 3520-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28118160-28120912(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr01G000644 Chr01 NC_080387.1:14439753-14439767promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14438069-14439192(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCAAATA
SmilChr02G004383 Chr02 NC_080388.1:66180518-66180532promoter 内 3374-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66181145-66184559(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCAGATT
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36449532-36449546promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36450216-36450997(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTAAGTAGGTGGT
SmilChr06G002912 Chr06 NC_080392.1:41962136-41962150promoter 内 3316-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41962821-41965249(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACAATGC
SmilChr04G002951 Chr04 NC_080390.1:45842333-45842347promoter 内 3274-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45840095-45841620(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGTTGGTAGGTCAG
SmilChr07G001923 Chr07 NC_080393.1:16660746-16660760promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16658242-16660013(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr05G000154 Chr05 NC_080391.1:1247027-1247041promoter 内 3236-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1247792-1249561(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGGCGGTAGGTGGT
SmilChr08G002107 Chr08 NC_080394.1:18930110-18930124promoter 内 3181-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18926376-18929304(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr01G005688 Chr01 NC_080387.1:73171557-73171571promoter 内 3111-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73168441-73170681(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACTTTTA
SmilChr02G003914 Chr02 NC_080388.1:61236193-61236207promoter 内 3056-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61234002-61235262(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTAAAGTAGGTGAA
SmilChr01G002567 Chr01 NC_080387.1:43771581-43771595promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43767301-43770557(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAAAAGTAGGTGAG
SmilChr07G002629 Chr07 NC_080393.1:25358800-25358814promoter 内 2918-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25352961-25357731(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr05G000015 Chr05 NC_080391.1:68939-68953promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64443-67862(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACAATGC
SmilChr01G003726 Chr01 NC_080387.1:55577819-55577833promoter 内 2893-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55575070-55576725(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGTTGTG
SmilChr06G003010 Chr06 NC_080392.1:42981550-42981564promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42982678-42983722(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAAAGGTAGGTAAA
SmilChr05G002641 Chr05 NC_080391.1:29823195-29823209promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29819624-29822074(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGAACCTACCTACGT
SmilChr06G002653 Chr06 NC_080392.1:38344257-38344271promoter 内 2864-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38345394-38360511(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCGAAAG
SmilChr02G001215 Chr02 NC_080388.1:22362806-22362820promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22360668-22361640(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTTATTT
SmilChr06G000056 Chr06 NC_080392.1:445945-445959promoter 内 2775-2789 bp - 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 447171-452585(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCTGTT
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71148168-71148182promoter 内 2733-2747 bp + 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71149436-71150275(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAAAGGTAGGTAAA
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SmilChr01G002817 Chr01 NC_080387.1:46729314-46729328promoter 内 2557-2571 bp - 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46730758-46731375(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTTTCA
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SmilChr02G003091 Chr02 NC_080388.1:51777909-51777923promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51773436-51776350(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATGAAGTAGGTGGC
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56260015-56260029promoter 内 2404-2418 bp + 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTGCGGTAGGTAGA
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SmilChr01G000685 Chr01 NC_080387.1:15313119-15313133promoter 内 2309-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15310308-15311441(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAC
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SmilChr01G003166 Chr01 NC_080387.1:50466007-50466021promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50460565-50464244(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAATAT