转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 99 / 138 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004114 Chr02 NC_080388.1:63437939-63437952promoter 内 1595-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 63440345-63441890(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCTACCTAAATTC
SmilChr02G004255 Chr02 NC_080388.1:64750633-64750646promoter 内 839-852 bp + 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 64753795-64759325(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACATTAGGTATAG
SmilChr02G004388 Chr02 NC_080388.1:66241338-66241351promoter 内 612-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 66244727-66248655(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATATTAGGTAATA
SmilChr02G002589 Chr02 NC_080388.1:45012546-45012559promoter 内 526-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 45004944-45009084(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACATTAGGTATGC
SmilChr01G002871 Chr01 NC_080387.1:47318530-47318543promoter 内 367-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 47313474-47314909(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGGATTAGGTACCC
SmilChr02G002286 Chr02 NC_080388.1:40385105-40385118promoter 内 266-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40388840-40390754(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGAACCTAACTGG
SmilChr01G000032 Chr01 NC_080387.1:554734-554747promoter 内 194-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 549504-550940(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGATACCTACTTTG
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40674773-40674786promoter 内 35-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40668849-40670820(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr02G000261 Chr02 NC_080388.1:3365959-3365972promoter 内 3903-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3366057-3369031(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTAGGCAATT
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68726550-68726563promoter 内 3882-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 68724846-68726444(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGATTTAGGTAAAA
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15392907-15392920promoter 内 3774-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15393134-15396782(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr02G002045 Chr02 NC_080388.1:36830871-36830884promoter 内 3739-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36829845-36830622(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr03G000057 Chr03 NC_080389.1:536940-536953promoter 内 3713-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 537228-672388(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCTACCTAAATTC
SmilChr02G003532 Chr02 NC_080388.1:56466531-56466544promoter 内 3697-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56466835-56472727(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr02G004018 Chr02 NC_080388.1:62476166-62476179promoter 内 3669-3682 bp + 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62476498-62479981(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr01G002190 Chr01 NC_080387.1:38050578-38050591promoter 内 3652-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38050927-38053911(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACAACCTAACAAA
SmilChr01G001886 Chr01 NC_080387.1:33963603-33963616promoter 内 3645-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33959204-33963260(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTTACCTAATAGA
SmilChr02G004813 Chr02 NC_080388.1:70287246-70287259promoter 内 3532-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 70287715-70289288(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGCCTCG
SmilChr01G001579 Chr01 NC_080387.1:29813083-29813096promoter 内 3528-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29813556-29813750(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATACCTACTTAA
SmilChr02G005472 Chr02 NC_080388.1:74981227-74981240promoter 内 3485-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74981743-74983403(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCTACCTAAATTC
SmilChr01G004351 Chr01 NC_080387.1:61711596-61711609promoter 内 3460-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61712137-61716762(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr02G002579 Chr02 NC_080388.1:44835549-44835562promoter 内 3444-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44836106-44838426(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTAATCTG
SmilChr02G001682 Chr02 NC_080388.1:31059664-31059677promoter 内 3443-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31060222-31061972(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAAACCTAACACA
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55215830-55215843promoter 内 3441-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55212150-55215283(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACATTAGGTATGC
SmilChr02G002622 Chr02 NC_080388.1:45524248-45524261promoter 内 3421-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45524828-45527116(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTAATCTG
SmilChr02G003897 Chr02 NC_080388.1:61055500-61055513promoter 内 3309-3322 bp + 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61056192-61058680(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr01G001462 Chr01 NC_080387.1:28427971-28427984promoter 内 3307-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28428665-28432876(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCGACTTTC
SmilChr03G000757 Chr03 NC_080389.1:8643894-8643907promoter 内 3229-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8644666-8646235(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTGTACCTAAAATT
SmilChr02G003531 Chr02 NC_080388.1:56466531-56466544promoter 内 3193-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56460525-56465736(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCTACCTAAATTC
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67541301-67541314promoter 内 3132-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 67528523-67540445(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATTTAGGTAGGG
SmilChr02G004546 Chr02 NC_080388.1:68014456-68014469promoter 内 3089-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 68015368-68019629(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30523123-30523136promoter 内 3036-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30524088-30530209(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAACACCTAACAAA
SmilChr01G005174 Chr01 NC_080387.1:69487122-69487135promoter 内 2893-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 69482550-69486027(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATTTAGGTAGGT
SmilChr02G002557 Chr02 NC_080388.1:44472739-44472752promoter 内 2867-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44473873-44500678(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATATTAGGTAATA
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58073284-58073297promoter 内 2816-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58067179-58072112(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCTACCTAAATTC
SmilChr01G003299 Chr01 NC_080387.1:51678585-51678598promoter 内 2699-2712 bp + 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51675459-51677296(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATACCTACTATT
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