转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 99 / 121 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002638 Chr03 NC_080389.1:41967839-41967853promoter 内 960-974 bp - 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41963633-41964812(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGCCCAAATCTGAA
SmilChr04G001030 Chr04 NC_080390.1:14569084-14569098promoter 内 936-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14572149-14573445(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCATGGC
SmilChr05G001107 Chr05 NC_080391.1:9182904-9182918promoter 内 904-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9186001-9187425(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTACTGGT
SmilChr03G001603 Chr03 NC_080389.1:20360164-20360178promoter 内 865-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20356209-20357042(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGACTT
SmilChr05G000126 Chr05 NC_080391.1:1012243-1012257promoter 内 848-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1015396-1017731(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAACCAA
SmilChr04G000800 Chr04 NC_080390.1:9881473-9881487promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9884634-9888506(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAGATCTAGAACG
SmilChr02G002073 Chr02 NC_080388.1:37322794-37322808promoter 内 839-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37325956-37330395(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGGATCTAGCTTC
SmilChr01G005013 Chr01 NC_080387.1:68147952-68147966promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68141937-68144775(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAACAGT
SmilChr02G002679 Chr02 NC_080388.1:46378123-46378137promoter 内 761-775 bp + 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46381363-46381773(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATATAGATCTAAC
SmilChr03G001622 Chr03 NC_080389.1:20796908-20796922promoter 内 732-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20789933-20793653(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTATAATT
SmilChr02G005076 Chr02 NC_080388.1:72394805-72394819promoter 内 726-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72398080-72401174(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTATCTCC
SmilChr03G002452 Chr03 NC_080389.1:38891512-38891526promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38888180-38888251(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAAGATCTAGCTAC
SmilChr02G001207 Chr02 NC_080388.1:22235691-22235705promoter 内 723-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22238969-22242348(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGATTAGATCTGGA
SmilChr03G003710 Chr03 NC_080389.1:56051037-56051051promoter 内 689-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56054349-56056859(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCCACTC
SmilChr01G005476 Chr01 NC_080387.1:71752899-71752913promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71741721-71749596(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGCACAG
SmilChr04G002019 Chr04 NC_080390.1:32768017-32768031promoter 内 651-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32761675-32764681(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTAGATCTAGTCGC
SmilChr02G000696 Chr02 NC_080388.1:11096076-11096090promoter 内 593-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11091561-11092682(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTATTTTT
SmilChr03G004101 Chr03 NC_080389.1:59901712-59901726promoter 内 559-573 bp - 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59905154-59908956(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTAGTGGA
SmilChr01G004526 Chr01 NC_080387.1:63448472-63448486promoter 内 536-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63451937-63461276(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACATCGGATCTGAC
SmilChr02G002925 Chr02 NC_080388.1:49659321-49659335promoter 内 502-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49662820-49665482(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTACTATC
SmilChr03G004107 Chr03 NC_080389.1:59965006-59965020promoter 内 489-503 bp - 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59968518-59972315(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTAGTGGA
SmilChr03G003433 Chr03 NC_080389.1:52697991-52698005promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52693821-52694487(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTCGCG
SmilChr03G002025 Chr03 NC_080389.1:30369837-30369851promoter 内 447-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30360554-30366297(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGACTT
SmilChr02G003427 Chr02 NC_080388.1:55496505-55496519promoter 内 407-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55491482-55492925(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAAAGAT
SmilChr03G002451 Chr03 NC_080389.1:38891512-38891526promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38885932-38887803(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAAGATCTAGCTAC
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26816921-26816935promoter 内 260-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26811190-26813194(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCATGGC
SmilChr03G003752 Chr03 NC_080389.1:56601713-56601727promoter 内 251-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56595578-56597977(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATTTAGATCTTTG
SmilChr03G004095 Chr03 NC_080389.1:59820857-59820871promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59824630-59825569(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAATTTT
SmilChr05G001290 Chr05 NC_080391.1:11041031-11041045promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11044831-11050923(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGTTGT
SmilChr04G000103 Chr04 NC_080390.1:917759-917773promoter 内 182-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 921578-924923(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATAGGA
SmilChr03G001316 Chr03 NC_080389.1:15447960-15447974promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15442504-15444144(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCTAGATCCGTC
SmilChr02G002658 Chr02 NC_080388.1:46009658-46009672promoter 内 133-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46013526-46016442(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATAGAGATCTGAA
SmilChr03G001313 Chr03 NC_080389.1:15409179-15409193promoter 内 112-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15402993-15405304(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAAGCTT
SmilChr04G003458 Chr04 NC_080390.1:51066556-51066570promoter 内 94-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51059169-51062663(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAGCCA
SmilChr01G005331 Chr01 NC_080387.1:70503183-70503197promoter 内 82-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70507102-70509812(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTTTAGATCTCAT
SmilChr02G002381 Chr02 NC_080388.1:41714402-41714416promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41718345-41719333(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAGATCTAGATTT
SmilChr05G000565 Chr05 NC_080391.1:4255847-4255861promoter 内 35-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4250011-4251895(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATTTAGATCTTAT
SmilChr04G000497 Chr04 NC_080390.1:5432874-5432888promoter 内 2985-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 4 5422966-5431872(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACACTAGATCTAGC
SmilChr02G001862 Chr02 NC_080388.1:33859352-33859366promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 33859853-33861067(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATATAGATCTTAT
SmilChr02G004839 Chr02 NC_080388.1:70502187-70502201promoter 内 2965-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 70499630-70501165(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGAACAGATCTGGC
SmilChr04G000530 Chr04 NC_080390.1:5837185-5837199promoter 内 2651-2665 bp + 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 5828579-5835849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTCGATCTAGACCC
SmilChr02G001940 Chr02 NC_080388.1:34949447-34949461promoter 内 2592-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 34945845-34948052(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGTGTTC
SmilChr03G000172 Chr03 NC_080389.1:1888578-1888592promoter 内 2383-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 1883212-1886974(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTACTCAG
SmilChr04G002864 Chr04 NC_080390.1:44750885-44750899promoter 内 2181-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 44752705-44755034(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGTAGATCTGAG
SmilChr02G003130 Chr02 NC_080388.1:52331482-52331496promoter 内 2112-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 52333371-52337001(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATT
SmilChr05G000409 Chr05 NC_080391.1:3102374-3102388promoter 内 2074-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 3084108-3100461(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATGAAT
SmilChr01G000646 Chr01 NC_080387.1:14444594-14444608promoter 内 2045-2059 bp + 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 14446550-14447300(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAACCAAATCTGAA
SmilChr03G000173 Chr03 NC_080389.1:1897835-1897849promoter 内 1880-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 1899956-1900505(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGTAGATCTGAG
SmilChr01G003147 Chr01 NC_080387.1:50289198-50289212promoter 内 1867-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 50283121-50287078(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAATGTT
SmilChr01G003148 Chr01 NC_080387.1:50289198-50289212promoter 内 1586-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 50291613-50292790(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACATTAGATCTAAA