转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 10 / 145 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002860 Chr02 NC_080388.1:48785551-48785561promoter 内 2479-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 48782144-48784039(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr03G002470 Chr03 NC_080389.1:39173256-39173266promoter 内 2296-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 39174961-39175034(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50166728-50166738promoter 内 3852-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 50165129-50166589(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr02G003740 Chr02 NC_080388.1:59063488-59063498promoter 内 3713-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 59059038-59063210(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr02G000876 Chr02 NC_080388.1:15082158-15082168promoter 内 3211-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 15080626-15081378(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr01G002384 Chr01 NC_080387.1:41066641-41066651promoter 内 3088-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 41067554-41070519(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G003741 Chr02 NC_080388.1:59063488-59063498promoter 内 3048-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 59064441-59066787(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr03G002653 Chr03 NC_080389.1:42181404-42181414promoter 内 2790-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 42182615-42186970(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G002385 Chr01 NC_080387.1:41084447-41084457promoter 内 2739-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 41085709-41094762(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66206998-66207008promoter 内 2499-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 66208500-66209420(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGG
SmilChr03G002471 Chr03 NC_080389.1:39173256-39173266promoter 内 2191-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 39175066-39178152(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr03G001212 Chr03 NC_080389.1:13939103-13939113promoter 内 1554-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 13941550-13942248(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr01G002600 Chr01 NC_080387.1:44177956-44177966promoter 内 864-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 44170440-44174829(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr03G001146 Chr03 NC_080389.1:13215289-13215299promoter 内 146-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 13208625-13211444(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr04G001942 Chr04 NC_080390.1:31534844-31534854promoter 内 3888-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 31531382-31534741(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr03G001259 Chr03 NC_080389.1:14531498-14531508promoter 内 3369-3379 bp - 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 14532130-14536847(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39446369-39446379promoter 内 3225-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 39443057-39445603(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr03G001145 Chr03 NC_080389.1:13202446-13202456promoter 内 2919-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 13203528-13208130(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G002038 Chr02 NC_080388.1:36683402-36683412promoter 内 2789-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 36679066-36682200(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr04G002098 Chr04 NC_080390.1:33819388-33819398promoter 内 1929-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 33814811-33817326(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33442920-33442930promoter 内 1923-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 33438179-33440852(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G004788 Chr01 NC_080387.1:66105252-66105262promoter 内 1846-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 66107407-66110445(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr04G003531 Chr04 NC_080390.1:51662676-51662686promoter 内 1469-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 51665208-51667618(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
SmilChr01G001389 Chr01 NC_080387.1:27299640-27299650promoter 内 1386-1396 bp + 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 27294933-27297035(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G000690 Chr02 NC_080388.1:10995044-10995054promoter 内 1331-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 10997714-10999835(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr04G003634 Chr04 NC_080390.1:52849232-52849242promoter 内 1317-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 52851916-52854425(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G001709 Chr02 NC_080388.1:31485065-31485075promoter 内 562-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 31488504-31493193(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856579-50856589promoter 内 3747-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGG
SmilChr01G001976 Chr01 NC_080387.1:35167949-35167959promoter 内 3511-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 35163307-35167469(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTTA
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56393474-56393484promoter 内 1896-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G004793 Chr01 NC_080387.1:66164503-66164513promoter 内 1846-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 66166658-66169694(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G005231 Chr02 NC_080388.1:73510642-73510652promoter 内 1624-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 73504800-73508275(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G001292 Chr02 NC_080388.1:23748113-23748123promoter 内 1609-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23739913-23745731(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr02G000085 Chr02 NC_080388.1:1120127-1120137promoter 内 1567-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1122561-1123919(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr04G001849 Chr04 NC_080390.1:30149836-30149846promoter 内 1376-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30152461-30154423(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTC
SmilChr01G001112 Chr01 NC_080387.1:22737904-22737914promoter 内 1327-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 22734524-22735240(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGA
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