转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 10 / 153 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002980 Chr03 NC_080389.1:46631179-46631189promoter 内 2626-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 46626245-46629814(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTC
SmilChr02G005602 Chr02 NC_080388.1:75737312-75737322promoter 内 2123-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 75732133-75735444(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACAGA
SmilChr04G000872 Chr04 NC_080390.1:11027090-11027100promoter 内 2037-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 11029054-11030131(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACAAA
SmilChr02G004369 Chr02 NC_080388.1:66014299-66014309promoter 内 1914-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 66010727-66012222(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr02G004373 Chr02 NC_080388.1:66081017-66081027promoter 内 1908-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 66077448-66078934(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr03G003494 Chr03 NC_080389.1:53515590-53515600promoter 内 1908-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 53508101-53513507(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCTGTACGGAT
SmilChr03G004635 Chr03 NC_080389.1:63975060-63975070promoter 内 1679-1689 bp - 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 63971211-63972748(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr04G000076 Chr04 NC_080390.1:699185-699195promoter 内 1277-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 701909-703342(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTCCGTACGAA
SmilChr04G000871 Chr04 NC_080390.1:11027090-11027100promoter 内 834-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 11022968-11023933(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr05G000458 Chr05 NC_080391.1:3461466-3461476promoter 内 730-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 3464737-3470105(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCGTACGGAC
SmilChr01G002032 Chr01 NC_080387.1:35934136-35934146promoter 内 357-367 bp - 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 35927524-35930502(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36174224-36174234promoter 内 342-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 36177883-36180840(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr02G005291 Chr02 NC_080388.1:73911399-73911409promoter 内 269-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 73906407-73907677(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCTGTACGGAT
SmilChr04G003665 Chr04 NC_080390.1:53102472-53102482promoter 内 219-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 53095125-53098700(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTC
SmilChr04G000582 Chr04 NC_080390.1:6474020-6474030promoter 内 40-50 bp - 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 6466383-6470069(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGCC
SmilChr03G001069 Chr03 NC_080389.1:12396821-12396831promoter 内 22-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 12391736-12392852(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACAAA
SmilChr03G004666 Chr03 NC_080389.1:64122464-64122474promoter 内 3972-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 64116213-64122445(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACAGA
SmilChr01G004415 Chr01 NC_080387.1:62297451-62297461promoter 内 3165-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 62298287-62300829(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr01G000210 Chr01 NC_080387.1:3705159-3705169promoter 内 3051-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3706109-3707727(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACAGA
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39141284-39141294promoter 内 2551-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 39136070-39139844(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACACT
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18113862-18113872promoter 内 2370-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 18104236-18112241(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTC
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51665117-51665127promoter 内 2365-2375 bp + 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 51666753-51674549(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr02G005562 Chr02 NC_080388.1:75547759-75547769promoter 内 2305-2315 bp + 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 75549455-75554805(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGCC
SmilChr02G004747 Chr02 NC_080388.1:69681343-69681353promoter 内 2261-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 69674212-69679613(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACACT
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30156272-30156282promoter 内 2178-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 30158095-30162904(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCTGTACGGAT
SmilChr01G004131 Chr01 NC_080387.1:59824791-59824801promoter 内 2165-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 59822460-59822965(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr05G000428 Chr05 NC_080391.1:3217664-3217674promoter 内 2041-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3219624-3221114(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGCC
SmilChr01G005700 Chr01 NC_080387.1:73258421-73258431promoter 内 1984-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 73256342-73256414(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACAAA
SmilChr04G004095 Chr04 NC_080390.1:55942946-55942956promoter 内 1869-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 55938388-55940824(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr05G003006 Chr05 NC_080391.1:37267853-37267863promoter 内 1761-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 37263089-37265623(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTC
SmilChr01G002877 Chr01 NC_080387.1:47354334-47354344promoter 内 1548-1558 bp + 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 47356787-47358080(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGTC
SmilChr05G001576 Chr05 NC_080391.1:14430275-14430285promoter 内 1483-1493 bp + 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 14432793-14434284(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTC
SmilChr04G001505 Chr04 NC_080390.1:24763069-24763079promoter 内 1465-1475 bp + 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 24765605-24768768(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74849840-74849850promoter 内 1349-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GCTGTACGGTC
SmilChr04G000595 Chr04 NC_080390.1:6667669-6667679promoter 内 1259-1269 bp - 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 6662870-6664937(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGAA
SmilChr04G000596 Chr04 NC_080390.1:6667669-6667679promoter 内 821-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 6670849-6671805(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACAAA
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70476945-70476955promoter 内 680-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 70480266-70483251(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACAAA
SmilChr02G005156 Chr02 NC_080388.1:72926619-72926629promoter 内 635-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 72920166-72923263(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACACT
SmilChr03G001742 Chr03 NC_080389.1:23507929-23507939promoter 内 552-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23511378-23515094(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGTC
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SmilChr02G004232 Chr02 NC_080388.1:64506604-64506614promoter 内 3565-3575 bp - 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 64507040-64508217(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTCCGTACGGA
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SmilChr04G003962 Chr04 NC_080390.1:55125825-55125835promoter 内 2012-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 55127814-55127886(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCCGTACGGAC
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