转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 10 / 140 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51982939-51982953promoter 内 2331-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 51979530-51981283(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATAATTAGGTAGAA
SmilChr01G000987 Chr01 NC_080387.1:20872489-20872503promoter 内 2160-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 20874330-20876202(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTACCATCT
SmilChr02G005264 Chr02 NC_080388.1:73740602-73740616promoter 内 1959-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 73734651-73738574(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCACCTAATACTA
SmilChr02G005028 Chr02 NC_080388.1:72017480-72017494promoter 内 1827-1841 bp - 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 72019654-72023823(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAT
SmilChr01G001124 Chr01 NC_080387.1:22847770-22847784promoter 内 1426-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 22850345-22851537(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGATGGTAGGTGAGG
SmilChr03G001834 Chr03 NC_080389.1:25180352-25180366promoter 内 1402-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 25176699-25177767(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTGAATTAGGTGGAG
SmilChr01G000985 Chr01 NC_080387.1:20872489-20872503promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 20868374-20869508(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGATGGTAGGTGAGG
SmilChr02G002029 Chr02 NC_080388.1:36516492-36516506promoter 内 543-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 36519950-36521149(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGTATTAGGTGGAA
SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3131501-3131515promoter 内 376-390 bp - 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 3135126-3138047(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTACCTAATTATC
SmilChr01G001655 Chr01 NC_080387.1:30608323-30608337promoter 内 3970-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 30608354-30613727(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAAGTAGGTGACA
SmilChr03G003454 Chr03 NC_080389.1:52905052-52905066promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52905128-52906180(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAC
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70544181-70544195promoter 内 3895-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70542168-70544089(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATAATTAGGTAAGC
SmilChr02G004832 Chr02 NC_080388.1:70435293-70435307promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70431909-70435197(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTGGCA
SmilChr02G004929 Chr02 NC_080388.1:71296121-71296135promoter 内 3879-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 71296243-71300602(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCGTGTTAGGTGAAA
SmilChr01G004957 Chr01 NC_080387.1:67668910-67668924promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 67669034-67676222(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGTCACCTAATTTTG
SmilChr01G004677 Chr01 NC_080387.1:64863621-64863635promoter 内 3765-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64860208-64863399(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAT
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69179316-69179330promoter 内 3684-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 69170025-69179013(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGTGGTAGGTGAGA
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45754961-45754975promoter 内 3657-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGTGGTAGGTGAGA
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9834588-9834602promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACCACCT
SmilChr02G003098 Chr02 NC_080388.1:51847737-51847751promoter 内 3110-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51843357-51846860(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAC
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63871526-63871540promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACCACCT
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9997858-9997872promoter 内 3041-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTTACCTAATTTGT
SmilChr02G002028 Chr02 NC_080388.1:36516492-36516506promoter 内 3037-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 36517456-36518394(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGTATTAGGTGGAA
SmilChr02G002568 Chr02 NC_080388.1:44681495-44681509promoter 内 2689-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 44676486-44680197(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAC
SmilChr03G003858 Chr03 NC_080389.1:57671672-57671686promoter 内 2676-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 57672997-57674764(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAT
SmilChr01G002802 Chr01 NC_080387.1:46550517-46550531promoter 内 2483-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46552035-46552168(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTTTT
SmilChr01G004522 Chr01 NC_080387.1:63347584-63347598promoter 内 2449-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63342734-63346046(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACCACCT
SmilChr02G002671 Chr02 NC_080388.1:46288104-46288118promoter 内 2367-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46289738-46291631(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTCACCTACTTTTA
SmilChr02G005326 Chr02 NC_080388.1:74122959-74122973promoter 内 2327-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 74118531-74121299(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAT
SmilChr03G003363 Chr03 NC_080389.1:51975626-51975640promoter 内 2161-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51977466-51980894(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTATGGTAGGTGAAA
SmilChr03G001913 Chr03 NC_080389.1:26783276-26783290promoter 内 1774-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26778138-26781063(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAACTTCA
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76010306-76010320promoter 内 1522-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 76012785-76016993(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACCACCT
SmilChr01G000920 Chr01 NC_080387.1:19434781-19434795promoter 内 1484-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 19430555-19432278(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCATAC
SmilChr03G001522 Chr03 NC_080389.1:18661155-18661169promoter 内 1411-1425 bp + 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18657009-18658579(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAACTTCA
SmilChr03G002784 Chr03 NC_080389.1:44301820-44301834promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 44304416-44305113(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGATGTTAGGTGAGA
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SmilChr02G003927 Chr02 NC_080388.1:61345928-61345942promoter 内 3824-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 61346105-61348946(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT