转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 100 / 142 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003864 Chr07 NC_080393.1:48117849-48117863promoter 内 2768-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48113538-48116630(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr05G001406 Chr05 NC_080391.1:12631241-12631255promoter 内 2745-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12632497-12639177(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G004354 Chr05 NC_080391.1:57142008-57142022promoter 内 2729-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57138695-57140750(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCGTGGTAGTTGCT
SmilChr05G000916 Chr05 NC_080391.1:7276819-7276833promoter 内 2682-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7278138-7278922(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGCAGTAGGTGTG
SmilChr05G003096 Chr05 NC_080391.1:39384066-39384080promoter 内 2616-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 39385451-39387158(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACAACCGC
SmilChr08G002009 Chr08 NC_080394.1:17852941-17852955promoter 内 2601-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17854341-17855799(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G002001 Chr07 NC_080393.1:17749346-17749360promoter 内 2588-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17750759-17752018(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr06G002437 Chr06 NC_080392.1:35116020-35116034promoter 内 2587-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35117434-35120299(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr03G002832 Chr03 NC_080389.1:44850738-44850752promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44848608-44849314(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGTTAAT
SmilChr05G001803 Chr05 NC_080391.1:17813159-17813173promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17814615-17816936(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G001703 Chr08 NC_080394.1:14247629-14247643promoter 内 2513-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14249117-14251279(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACACTAG
SmilChr05G001249 Chr05 NC_080391.1:10624469-10624483promoter 内 2499-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10625971-10630718(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTTCTC
SmilChr05G003910 Chr05 NC_080391.1:52832884-52832898promoter 内 2481-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52825024-52831378(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr03G000609 Chr03 NC_080389.1:6728063-6728077promoter 内 2480-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6729584-6730950(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G004314 Chr07 NC_080393.1:55706109-55706123promoter 内 2473-2487 bp + 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55701722-55704595(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGCAGGTAGGTACA
SmilChr02G004607 Chr02 NC_080388.1:68568114-68568128promoter 内 2455-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68569660-68579495(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr06G000792 Chr06 NC_080392.1:7455535-7455549promoter 内 2443-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7457093-7462208(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCTACTT
SmilChr01G002601 Chr01 NC_080387.1:44196685-44196699promoter 内 2431-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44194342-44195129(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr06G001877 Chr06 NC_080392.1:22298528-22298542promoter 内 2376-2390 bp + 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22294058-22296917(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGGA
SmilChr07G000400 Chr07 NC_080393.1:2761113-2761127promoter 内 2360-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2762754-2766447(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr02G005471 Chr02 NC_080388.1:74981224-74981238promoter 内 2342-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 74977964-74979579(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7498630-7498644promoter 内 2305-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCGTTT
SmilChr05G000858 Chr05 NC_080391.1:6784413-6784427promoter 内 2292-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6776998-6782718(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G002980 Chr03 NC_080389.1:46631586-46631600promoter 内 2215-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46626245-46629814(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G002474 Chr01 NC_080387.1:42482654-42482668promoter 内 2209-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42484446-42486418(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G001042 Chr08 NC_080394.1:7953357-7953371promoter 内 2208-2222 bp - 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7955150-7960735(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr06G002358 Chr06 NC_080392.1:34383150-34383164promoter 内 2198-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34376447-34381361(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTGGCGT
SmilChr01G002260 Chr01 NC_080387.1:39398222-39398236promoter 内 2152-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 39392484-39396387(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr03G000908 Chr03 NC_080389.1:10404002-10404016promoter 内 2125-2139 bp + 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10405878-10409933(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G000439 Chr01 NC_080387.1:8802773-8802787promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8800797-8800887(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G003728 Chr03 NC_080389.1:56305735-56305749promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56300804-56303849(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G000907 Chr03 NC_080389.1:10404002-10404016promoter 内 2073-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10399492-10402088(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G001190 Chr08 NC_080394.1:9530451-9530465promoter 内 2064-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9532388-9533765(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G000360 Chr08 NC_080394.1:2475420-2475434promoter 内 2057-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2477364-2482582(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr08G002886 Chr08 NC_080394.1:28738937-28738951promoter 内 1981-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28734374-28736931(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G002727 Chr02 NC_080388.1:47199783-47199797promoter 内 1968-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47190273-47197764(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGTAGTAGGTGAT
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