转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 101 / 153 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003283 Chr05 NC_080391.1:42826596-42826606promoter 内 881-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 42829716-42832894(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12436835-12436845promoter 内 880-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 12431552-12433724(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr02G003870 Chr02 NC_080388.1:60707100-60707110promoter 内 876-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 60710225-60712683(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGCAGTACAAT
SmilChr02G001546 Chr02 NC_080388.1:28723269-28723279promoter 内 863-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28726407-28730706(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr05G003512 Chr05 NC_080391.1:46900581-46900591promoter 内 862-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46903720-46907655(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8527636-8527646promoter 内 850-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8523336-8524495(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCA
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29641202-29641212promoter 内 836-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29635032-29638047(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCT
SmilChr05G001448 Chr05 NC_080391.1:13216021-13216031promoter 内 833-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13219189-13220127(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr03G002483 Chr03 NC_080389.1:39470589-39470599promoter 内 825-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 39466613-39467423(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGAAA
SmilChr03G002301 Chr03 NC_080389.1:36229188-36229198promoter 内 821-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36221533-36226018(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGAAA
SmilChr01G004286 Chr01 NC_080387.1:61074177-61074187promoter 内 815-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61077363-61166893(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACAGTACAAT
SmilChr03G002446 Chr03 NC_080389.1:38860828-38860838promoter 内 812-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 38853887-38857649(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACAGTACAAT
SmilChr05G003038 Chr05 NC_080391.1:38126849-38126859promoter 内 804-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 38130046-38135401(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr04G002274 Chr04 NC_080390.1:36920850-36920860promoter 内 798-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36924053-36927670(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACAGTACAAT
SmilChr03G002641 Chr03 NC_080389.1:42013335-42013345promoter 内 796-806 bp - 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 42016540-42016929(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr01G004743 Chr01 NC_080387.1:65608494-65608504promoter 内 792-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 65611703-65613208(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCT
SmilChr05G002931 Chr05 NC_080391.1:35356495-35356505promoter 内 760-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35351421-35353264(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52404188-52404198promoter 内 734-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52395274-52400931(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr05G003059 Chr05 NC_080391.1:38414960-38414970promoter 内 725-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 38407476-38411694(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr02G003998 Chr02 NC_080388.1:62312732-62312742promoter 内 713-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 62303822-62309454(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACAGTACAAT
SmilChr04G000571 Chr04 NC_080390.1:6368800-6368810promoter 内 694-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6372107-6373089(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGCAGTACAAT
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1430692-1430702promoter 内 692-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15846212-15846222promoter 内 683-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr05G003574 Chr05 NC_080391.1:47736573-47736583promoter 内 682-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47739892-47740701(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr01G001464 Chr01 NC_080387.1:28443962-28443972promoter 内 651-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28438186-28440622(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCT
SmilChr03G002109 Chr03 NC_080389.1:32814442-32814452promoter 内 643-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 32807897-32811094(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTCGTACAAG
SmilChr02G002952 Chr02 NC_080388.1:50067794-50067804promoter 内 628-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50062262-50064431(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGAAA
SmilChr04G002053 Chr04 NC_080390.1:33263199-33263209promoter 内 628-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 33258386-33259836(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGTA
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37867776-37867786promoter 内 601-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr05G000487 Chr05 NC_080391.1:3818973-3818983promoter 内 599-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3808255-3815581(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTCGTACAAC
SmilChr02G000738 Chr02 NC_080388.1:11959093-11959103promoter 内 597-607 bp - 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11952330-11955699(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47512564-47512574promoter 内 582-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47515983-47517462(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr03G003223 Chr03 NC_080389.1:49903891-49903901promoter 内 542-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49899621-49900442(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr05G003183 Chr05 NC_080391.1:40737379-40737389promoter 内 526-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40740854-40741900(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGAAG
SmilChr03G004755 Chr03 NC_080389.1:64651532-64651542promoter 内 517-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64633916-64648058(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCCGTACACT
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52994883-52994893promoter 内 507-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52988922-52991399(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGGT
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