转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 102 / 137 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004478 Chr07 NC_080393.1:57349281-57349295promoter 内 1762-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57343780-57347056(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCGATG
SmilChr04G001236 Chr04 NC_080390.1:19400673-19400687promoter 内 1674-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19384480-19398360(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGTTGA
SmilChr02G003950 Chr02 NC_080388.1:61668403-61668417promoter 内 1538-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61670866-61674951(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCTCTGACGTGGAG
SmilChr07G003927 Chr07 NC_080393.1:49576126-49576140promoter 内 1535-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49578592-49582525(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAAGTCGACGTGGAA
SmilChr06G001661 Chr06 NC_080392.1:18894115-18894129promoter 内 1521-1535 bp - 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18890472-18891649(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCTCTT
SmilChr01G004441 Chr01 NC_080387.1:62520210-62520224promoter 内 1502-1516 bp - 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62504638-62517725(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGAGAA
SmilChr04G000259 Chr04 NC_080390.1:2384665-2384679promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2377729-2382158(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTACGACGTGGAA
SmilChr06G002572 Chr06 NC_080392.1:36930821-36930835promoter 内 1367-1381 bp - 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36925615-36928201(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr02G001664 Chr02 NC_080388.1:30856140-30856154promoter 内 1321-1335 bp + 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30858820-30861350(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr07G003467 Chr07 NC_080393.1:38771335-38771349promoter 内 1319-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38765481-38768667(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr01G001115 Chr01 NC_080387.1:22799612-22799626promoter 内 1309-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22794412-22796934(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr04G002318 Chr04 NC_080390.1:37486208-37486222promoter 内 1304-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37481009-37483525(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr04G001269 Chr04 NC_080390.1:20190535-20190549promoter 内 1298-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20185327-20187846(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr08G004338 Chr08 NC_080394.1:53044493-53044507promoter 内 1243-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53038424-53041749(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCCACGTCGGCTAG
SmilChr04G000262 Chr04 NC_080390.1:2384665-2384679promoter 内 1220-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2387446-2388214(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGTACCA
SmilChr06G002979 Chr06 NC_080392.1:42608793-42608807promoter 内 1162-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42611632-42614009(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATTTCA
SmilChr01G001778 Chr01 NC_080387.1:32663787-32663801promoter 内 1116-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32666672-32668220(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATCCCGACGTGGAG
SmilChr04G002423 Chr04 NC_080390.1:38868826-38868840promoter 内 1109-1123 bp - 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38871718-38873046(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGATGACGTGTCT
SmilChr01G002424 Chr01 NC_080387.1:41742576-41742590promoter 内 1042-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41745535-41746849(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAAAAAT
SmilChr08G000738 Chr08 NC_080394.1:5466286-5466300promoter 内 939-953 bp - 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5469348-5471604(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGATGACGTGTAA
SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41752227-41752241promoter 内 843-857 bp + 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41755385-41756770(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGTTTC
SmilChr02G000612 Chr02 NC_080388.1:8933630-8933644promoter 内 814-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8936817-8943434(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAATCTCT
SmilChr08G002299 Chr08 NC_080394.1:21503206-21503220promoter 内 772-786 bp + 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21506435-21506827(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGACTCA
SmilChr08G001526 Chr08 NC_080394.1:12417259-12417273promoter 内 733-747 bp + 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12420527-12421409(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCTCAAAA
SmilChr04G002201 Chr04 NC_080390.1:35644529-35644543promoter 内 725-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35637814-35641267(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTAAACA
SmilChr01G005299 Chr01 NC_080387.1:70294237-70294251promoter 内 690-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70289908-70290940(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCCTGTCACGTGGCC
SmilChr01G001776 Chr01 NC_080387.1:32663787-32663801promoter 内 678-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32659813-32660478(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGGGATC
SmilChr06G002244 Chr06 NC_080392.1:31810686-31810700promoter 内 630-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31814057-31814815(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGGAGGC
SmilChr08G001291 Chr08 NC_080394.1:10284144-10284158promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10276125-10280593(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACCACGTCAGCTAT
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75231377-75231391promoter 内 374-388 bp - 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 75235004-75238347(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATACCCCACGTGGCC
SmilChr05G002818 Chr05 NC_080391.1:33172501-33172515promoter 内 342-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33176160-33179277(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGATTTA
SmilChr02G001744 Chr02 NC_080388.1:32026956-32026970promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32030639-32044341(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGACTCA
SmilChr03G001929 Chr03 NC_080389.1:27091183-27091197promoter 内 3705-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 27066717-27090901(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57587859-57587873promoter 内 3676-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 57588184-57590043(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr01G002238 Chr01 NC_080387.1:38933516-38933530promoter 内 3644-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 38926252-38933173(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGTTCTG
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