转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 102 / 141 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003168 Chr01 NC_080387.1:50480564-50480578promoter 内 352-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50470002-50476929(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAT
SmilChr03G003482 Chr03 NC_080389.1:53382172-53382186promoter 内 325-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53375085-53378510(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCCGACCGACAGCA
SmilChr03G000074 Chr03 NC_080389.1:910911-910925promoter 内 281-295 bp + 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 914631-920110(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGCCGGCG
SmilChr05G003916 Chr05 NC_080391.1:52884269-52884283promoter 内 269-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52878754-52880551(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCGTCGGTGTCTT
SmilChr01G001669 Chr01 NC_080387.1:30782086-30782100promoter 内 264-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30785823-30786764(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AACCGACCGACACCA
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3240769-3240783promoter 内 255-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3207949-3237037(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGAGTCGGTGCCCG
SmilChr08G004672 Chr08 NC_080394.1:56213377-56213391promoter 内 253-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56217125-56219337(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGATGTCGGTGTGAG
SmilChr05G002453 Chr05 NC_080391.1:27089170-27089184promoter 内 220-234 bp - 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27084506-27085403(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGAGTCGGTGCCCG
SmilChr05G002452 Chr05 NC_080391.1:27081413-27081427promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27076740-27077637(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGAGTCGGTGCCCG
SmilChr05G002451 Chr05 NC_080391.1:27073647-27073661promoter 内 202-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27062388-27069862(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGAGTCGGTGCCCG
SmilChr03G000939 Chr03 NC_080389.1:10677027-10677041promoter 内 198-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10680830-10685763(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGTCGCGA
SmilChr04G001808 Chr04 NC_080390.1:29562207-29562221promoter 内 197-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29566011-29569111(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGTCGCAG
SmilChr04G000600 Chr04 NC_080390.1:6786327-6786341promoter 内 190-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6779158-6782530(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTATGTCGGTGATTA
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4572925-4572939promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCGCGCCGACAATT
SmilChr04G003490 Chr04 NC_080390.1:51345109-51345123promoter 内 178-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51348932-51352589(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCACCGACTGCG
SmilChr04G000924 Chr04 NC_080390.1:12064942-12064956promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12068785-12071173(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGAAG
SmilChr01G000737 Chr01 NC_080387.1:16344483-16344497promoter 内 155-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16337692-16340651(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGCGTTCC
SmilChr01G005845 Chr01 NC_080387.1:74431504-74431518promoter 内 131-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74426812-74427648(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCTGCCGACAATA
SmilChr07G002996 Chr07 NC_080393.1:30667783-30667797promoter 内 3624-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 30665231-30667420(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr02G003143 Chr02 NC_080388.1:52442552-52442566promoter 内 1728-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 52439416-52440293(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTATCACCGACGAAT
SmilChr07G003645 Chr07 NC_080393.1:43225049-43225063promoter 内 3721-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 43225329-43226439(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGACG
SmilChr05G001087 Chr05 NC_080391.1:9055760-9055774promoter 内 3687-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9056074-9058865(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr05G002266 Chr05 NC_080391.1:24363548-24363562promoter 内 3687-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 24363862-24366653(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr03G004492 Chr03 NC_080389.1:63035149-63035163promoter 内 3660-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 63034100-63034822(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr07G001842 Chr07 NC_080393.1:15880337-15880351promoter 内 3601-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 15880737-15880808(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTCATGG
SmilChr01G006045 Chr01 NC_080387.1:75960059-75960073promoter 内 3446-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 75960614-75962698(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr07G004636 Chr07 NC_080393.1:59220348-59220362promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 59210852-59219615(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGTCACCGACTACC
SmilChr05G004175 Chr05 NC_080391.1:55677449-55677463promoter 内 3022-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 55678428-55681348(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGACG
SmilChr03G003882 Chr03 NC_080389.1:57902272-57902286promoter 内 2940-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 57903333-57906932(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGGGTCGGTGGCTG
SmilChr01G006044 Chr01 NC_080387.1:75960059-75960073promoter 内 2793-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 75957755-75958865(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr05G002206 Chr05 NC_080391.1:23522058-23522072promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 23523342-23525067(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGACG
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9841954-9841968promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9836147-9840619(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCATCACCGACTCCC
SmilChr08G003471 Chr08 NC_080394.1:37332897-37332911promoter 内 2574-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 37328225-37331484(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGTCGTTG
SmilChr07G004014 Chr07 NC_080393.1:51221980-51221994promoter 内 2501-2515 bp + 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51219488-51220494(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr08G000448 Chr08 NC_080394.1:3189025-3189039promoter 内 2485-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 3190541-3191670(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGACG
SmilChr03G002613 Chr03 NC_080389.1:41533767-41533781promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 41530122-41532042(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr07G003792 Chr07 NC_080393.1:46638240-46638254promoter 内 2148-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 46640093-46643596(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCTACCGACAATT
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SmilChr08G000447 Chr08 NC_080394.1:3189025-3189039promoter 内 1830-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 3184483-3186868(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCCACCGCCGCCC
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SmilChr01G001202 Chr01 NC_080387.1:24223383-24223397promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 24217353-24219786(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG