转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 102 / 134 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002441 Chr04 NC_080390.1:39099166-39099180promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39096952-39098348(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCTGAAT
SmilChr02G004052 Chr02 NC_080388.1:62844103-62844117promoter 内 3154-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62844950-62847799(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATCGCCGACAATG
SmilChr05G004212 Chr05 NC_080391.1:56009609-56009623promoter 内 3141-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56010469-56012328(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCGGGCCGACAACA
SmilChr02G004707 Chr02 NC_080388.1:69356788-69356802promoter 内 3112-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69353201-69355913(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCACATG
SmilChr01G003307 Chr01 NC_080387.1:51762207-51762221promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51763182-51768870(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGCGTCGGCAGACA
SmilChr05G002234 Chr05 NC_080391.1:23913263-23913277promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23911288-23912282(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGAGTCGGCAGGGA
SmilChr08G000544 Chr08 NC_080394.1:3964451-3964465promoter 内 2950-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3965502-3967070(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCATAAA
SmilChr02G003381 Chr02 NC_080388.1:54926618-54926632promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54927687-54930592(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGGTGCCGACAACA
SmilChr01G003660 Chr01 NC_080387.1:55026501-55026515promoter 内 2915-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55020547-55025429(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGTGTCGGCAGTCG
SmilChr07G003743 Chr07 NC_080393.1:45622205-45622219promoter 内 2887-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45623319-45633964(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCAGGCCGACAAGG
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57587058-57587072promoter 内 2875-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57588184-57590043(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCACATG
SmilChr03G001929 Chr03 NC_080389.1:27092067-27092081promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27066717-27090901(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCACATG
SmilChr03G002168 Chr03 NC_080389.1:33724631-33724645promoter 内 2768-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33722564-33723412(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTGTCGGCGGCAT
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5139924-5139938promoter 内 2760-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5133232-5138697(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTATACA
SmilChr08G004428 Chr08 NC_080394.1:53957462-53957476promoter 内 2537-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53954866-53956012(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTTGCCGACGAGC
SmilChr08G002935 Chr08 NC_080394.1:29372957-29372971promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29374431-29379002(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACAACCGACATTA
SmilChr06G001101 Chr06 NC_080392.1:11070737-11070751promoter 内 2513-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11072225-11073100(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCAGGCCGACAAGG
SmilChr07G000073 Chr07 NC_080393.1:336854-336868promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 338427-346969(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTGTCGGCAGATA
SmilChr03G003706 Chr03 NC_080389.1:56006506-56006520promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56008086-56008159(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGATGCCGACAACA
SmilChr03G001583 Chr03 NC_080389.1:20039662-20039676promoter 内 2407-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20028623-20038082(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCGTCGGCACTGC
SmilChr03G002666 Chr03 NC_080389.1:42361727-42361741promoter 内 2365-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42363363-42364288(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGTAGCCGACAAAG
SmilChr07G000999 Chr07 NC_080393.1:7263968-7263982promoter 内 2344-2358 bp - 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7265625-7271014(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTTAGTC
SmilChr04G000407 Chr04 NC_080390.1:4256245-4256259promoter 内 2342-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4257904-4260921(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAGCGCCGACACGT
SmilChr02G005284 Chr02 NC_080388.1:73883625-73883639promoter 内 2325-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73881104-73881963(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGTGTA
SmilChr03G002681 Chr03 NC_080389.1:42591522-42591536promoter 内 2291-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42593232-42596144(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGTAGCCGACAAAG
SmilChr05G002486 Chr05 NC_080391.1:27528484-27528498promoter 内 2259-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27530226-27535460(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCGCAAA
SmilChr04G000406 Chr04 NC_080390.1:4242035-4242049promoter 内 2190-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4243846-4246846(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAGCGCCGACACGT
SmilChr06G003140 Chr06 NC_080392.1:44385662-44385676promoter 内 2109-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44381890-44383784(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCCTGCCGACTCCA
SmilChr01G003452 Chr01 NC_080387.1:53089207-53089221promoter 内 2062-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53086481-53087282(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCCCTCC
SmilChr01G001393 Chr01 NC_080387.1:27427279-27427293promoter 内 2007-2021 bp - 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27429273-27430251(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCTCTCC
SmilChr08G004445 Chr08 NC_080394.1:54164068-54164082promoter 内 1964-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54160297-54162045(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATGCACCGACATTT
SmilChr08G000911 Chr08 NC_080394.1:6726506-6726520promoter 内 1955-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6728552-6730956(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTATACCGACATAT
SmilChr01G001270 Chr01 NC_080387.1:25378948-25378962promoter 内 1927-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25381022-25384673(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTATGCCGACGTTT
SmilChr04G003171 Chr04 NC_080390.1:48345612-48345626promoter 内 1884-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48342003-48343509(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTATAAA
SmilChr02G003818 Chr02 NC_080388.1:59809364-59809378promoter 内 1883-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59811482-59814508(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATGTGCCGACAAGC
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