转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 103 / 128 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003843 Chr04 NC_080390.1:54459713-54459727promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54455889-54456840(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGGGC
SmilChr08G000679 Chr08 NC_080394.1:5056770-5056784promoter 内 1105-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5052606-5053888(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGCCCA
SmilChr03G002371 Chr03 NC_080389.1:37339775-37339789promoter 内 1099-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37334565-37336887(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGGCGGAGGTGA
SmilChr01G000392 Chr01 NC_080387.1:8060301-8060315promoter 内 936-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8063366-8067583(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCGGC
SmilChr02G005203 Chr02 NC_080388.1:73284178-73284192promoter 内 930-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73287249-73289952(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGGAGCGG
SmilChr06G001278 Chr06 NC_080392.1:13374540-13374554promoter 内 929-943 bp + 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13368658-13371482(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGAGGG
SmilChr04G000565 Chr04 NC_080390.1:6304857-6304871promoter 内 880-894 bp - 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6300158-6301750(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTGACCACCGCCT
SmilChr05G001060 Chr05 NC_080391.1:8769491-8769505promoter 内 824-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8762514-8766328(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCTCCACCGGCG
SmilChr04G002313 Chr04 NC_080390.1:37435702-37435716promoter 内 790-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37438913-37443356(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGAGCCACCGCCG
SmilChr02G005477 Chr02 NC_080388.1:74999034-74999048promoter 内 734-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75002301-75004018(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCACTG
SmilChr04G002617 Chr04 NC_080390.1:41580043-41580057promoter 内 654-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41583390-41583962(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACACACCACCGCCG
SmilChr01G003662 Chr01 NC_080387.1:55055575-55055589promoter 内 595-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55046452-55052183(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCACGTG
SmilChr01G005350 Chr01 NC_080387.1:70756523-70756537promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70748580-70753126(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGTGGAGGAGG
SmilChr01G005596 Chr01 NC_080387.1:72586310-72586324promoter 内 458-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72580274-72582781(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGATGGCGGAGGTGG
SmilChr07G001874 Chr07 NC_080393.1:16221859-16221873promoter 内 397-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16214956-16218269(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCTTCACCGCCG
SmilChr03G003951 Chr03 NC_080389.1:58568114-58568128promoter 内 291-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58571824-58575211(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGAGCG
SmilChr01G003454 Chr01 NC_080387.1:53115645-53115659promoter 内 290-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53119356-53121561(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTTGAGGTGG
SmilChr02G002737 Chr02 NC_080388.1:47300671-47300685promoter 内 242-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47304430-47306172(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAACAG
SmilChr02G002133 Chr02 NC_080388.1:38390684-38390698promoter 内 240-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38384804-38386937(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGGCGCCACCGCCG
SmilChr08G002549 Chr08 NC_080394.1:24780424-24780438promoter 内 220-234 bp - 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24784205-24788507(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCATC
SmilChr01G002810 Chr01 NC_080387.1:46658767-46658781promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46650825-46654975(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGAGCCACCGCCG
SmilChr06G002932 Chr06 NC_080392.1:42164355-42164369promoter 内 161-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42168195-42168665(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAAAACCACCGCCA
SmilChr05G004267 Chr05 NC_080391.1:56452410-56452424promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56456261-56459762(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGAGGCCG
SmilChr08G002400 Chr08 NC_080394.1:22793807-22793821promoter 内 138-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22783831-22789958(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGATTG
SmilChr01G002261 Chr01 NC_080387.1:39425526-39425540promoter 内 122-136 bp + 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39417632-39421661(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAATTG
SmilChr04G003995 Chr04 NC_080390.1:55336818-55336832promoter 内 105-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55330438-55332936(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATGCGCCACCGCCA
SmilChr04G004119 Chr04 NC_080390.1:56067312-56067326promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 4 56068209-56070531(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCGCCACCGCGA
SmilChr04G004117 Chr04 NC_080390.1:56067312-56067326promoter 内 786-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 4 56060212-56064111(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGCGGTCG
SmilChr05G003828 Chr05 NC_080391.1:51679570-51679584promoter 内 3086-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 51680485-51681503(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGTCCG
SmilChr05G000167 Chr05 NC_080391.1:1325603-1325617promoter 内 3074-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 1326530-1330586(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGAGG
SmilChr02G003478 Chr02 NC_080388.1:56079889-56079903promoter 内 2907-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 56080983-56081068(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCGCA
SmilChr02G003479 Chr02 NC_080388.1:56079889-56079903promoter 内 2732-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 56081158-56081237(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCGCA
SmilChr02G003480 Chr02 NC_080388.1:56079889-56079903promoter 内 2259-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 56081631-56081721(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCGCA
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72567396-72567410promoter 内 2189-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 72569208-72572399(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGAGGTTG
SmilChr07G004278 Chr07 NC_080393.1:55322975-55322989promoter 内 1181-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 55314244-55320169(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCTCCA
SmilChr01G005591 Chr01 NC_080387.1:72567396-72567410promoter 内 1098-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 72563606-72564507(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCTCCACCGCAG
SmilChr01G002251 Chr01 NC_080387.1:39129132-39129146promoter 内 1015-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 39132118-39133736(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTCCTGCCACCGCCA
SmilChr02G003283 Chr02 NC_080388.1:54136893-54136907promoter 内 3977-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54136917-54140515(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCAACCACCGCCT
SmilChr01G002330 Chr01 NC_080387.1:40456255-40456269promoter 内 3963-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40456293-40457039(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACGTGCCACCGCCA
SmilChr06G002749 Chr06 NC_080392.1:39999314-39999328promoter 内 3963-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39997884-39999290(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGGGTC
SmilChr05G002382 Chr05 NC_080391.1:26252382-26252396promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26250891-26252325(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTTCAGG
SmilChr02G001835 Chr02 NC_080388.1:33439616-33439630promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33436143-33439547(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATTT
SmilChr03G000001 Chr03 NC_080389.1:42777-42791promoter 内 3831-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40523-42621(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCTCCACCGTCA
SmilChr01G004183 Chr01 NC_080387.1:60275108-60275122promoter 内 3720-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60274033-60274841(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGGGTC
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SmilChr04G002795 Chr04 NC_080390.1:43810053-43810067promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43810361-43814888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTGAG
SmilChr05G001853 Chr05 NC_080391.1:18555716-18555730promoter 内 3593-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18556124-18557642(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GACCCGCCACCGCTT
SmilChr01G004527 Chr01 NC_080387.1:63463948-63463962promoter 内 3583-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63464366-63467673(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCTGCCACCGCCG
SmilChr02G004997 Chr02 NC_080388.1:71800557-71800571promoter 内 3516-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71801042-71803192(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGCGGAGGTGA
SmilChr03G001517 Chr03 NC_080389.1:18595624-18595638promoter 内 3431-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18596194-18596810(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCACCT