转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 105 / 160 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G001304 Chr04 NC_080390.1:20750933-20750943promoter 内 807-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 20754127-20755558(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr05G003201 Chr05 NC_080391.1:40952396-40952406promoter 内 767-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 40945498-40949172(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTT
SmilChr08G001273 Chr08 NC_080394.1:10142616-10142626promoter 内 758-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 10145859-10147993(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr01G002866 Chr01 NC_080387.1:47269165-47269175promoter 内 750-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 47272416-47277854(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G001442 Chr03 NC_080389.1:17196633-17196643promoter 内 745-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 17190121-17193387(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr05G003624 Chr05 NC_080391.1:48517270-48517280promoter 内 742-752 bp - 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 48520529-48527121(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G001715 Chr01 NC_080387.1:31629223-31629233promoter 内 716-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 31624550-31625948(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr04G001564 Chr04 NC_080390.1:25938505-25938515promoter 内 711-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 25941795-25944399(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr05G001330 Chr05 NC_080391.1:11581092-11581102promoter 内 618-628 bp - 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 11575943-11577719(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr05G001325 Chr05 NC_080391.1:11414846-11414856promoter 内 611-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 11418236-11421906(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G001853 Chr03 NC_080389.1:25521482-25521492promoter 内 592-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 25513957-25518083(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42631750-42631760promoter 内 548-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42635203-42639344(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42394231-42394241promoter 内 503-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42397729-42404320(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr04G004018 Chr04 NC_080390.1:55438706-55438716promoter 内 498-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 55434285-55435213(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTT
SmilChr01G004991 Chr01 NC_080387.1:67936317-67936327promoter 内 483-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 67939835-67943482(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr05G002563 Chr05 NC_080391.1:28793328-28793338promoter 内 452-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 28796877-28798817(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr04G003119 Chr04 NC_080390.1:47753253-47753263promoter 内 433-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 47756821-47758790(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr07G002013 Chr07 NC_080393.1:17952910-17952920promoter 内 423-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 17956488-17964827(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G002166 Chr03 NC_080389.1:33705550-33705560promoter 内 416-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33695972-33701975(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr05G001818 Chr05 NC_080391.1:18196869-18196879promoter 内 396-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18191762-18193274(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTT
SmilChr05G002208 Chr05 NC_080391.1:23535987-23535997promoter 内 313-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 23539675-23540631(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTGTT
SmilChr07G004406 Chr07 NC_080393.1:56688466-56688476promoter 内 276-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 56692191-56695804(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G000564 Chr02 NC_080388.1:7971632-7971642promoter 内 197-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 7961432-7967838(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTT
SmilChr07G001665 Chr07 NC_080393.1:14116892-14116902promoter 内 148-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 14109813-14113049(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr07G000477 Chr07 NC_080393.1:3338953-3338963promoter 内 114-124 bp + 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3332716-3335076(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr06G000845 Chr06 NC_080392.1:7993072-7993082promoter 内 107-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 7985661-7989188(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr06G000403 Chr06 NC_080392.1:3261625-3261635promoter 内 11-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3255736-3257645(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr04G003410 Chr04 NC_080390.1:50721409-50721419promoter 内 3990-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 50718730-50721408(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr04G001986 Chr04 NC_080390.1:32156901-32156911promoter 内 3989-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 32154517-32156899(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAAT
SmilChr07G003363 Chr07 NC_080393.1:36215598-36215608promoter 内 3987-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 36215612-36216713(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAATT
SmilChr07G004009 Chr07 NC_080393.1:51128703-51128713promoter 内 3980-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51128724-51131222(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATGAACGGTTA
SmilChr06G002944 Chr06 NC_080392.1:42266127-42266137promoter 内 3975-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42265081-42266111(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATGAACGGTTA
SmilChr02G001867 Chr02 NC_080388.1:33928943-33928953promoter 内 3974-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33927216-33928926(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTCTACGGTTA
SmilChr05G004048 Chr05 NC_080391.1:54449750-54449760promoter 内 3971-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54447100-54449730(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAATT
SmilChr04G002467 Chr04 NC_080390.1:39498763-39498773promoter 内 3935-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 39498829-39500814(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTGTT
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