转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 105 / 171 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001467 Chr01 NC_080387.1:28462463-28462479promoter 内 346-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28456924-28458824(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCTAAGAGGACAAAAAT
SmilChr05G000612 Chr05 NC_080391.1:4603851-4603867promoter 内 334-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4607518-4608783(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGCTAACGACAAAGAA
SmilChr04G000459 Chr04 NC_080390.1:4887596-4887612promoter 内 301-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4891296-4896697(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGATAAACGACAAATGG
SmilChr05G003338 Chr05 NC_080391.1:43833449-43833465promoter 内 298-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43828170-43829762(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAACAAAAGACAAAAGA
SmilChr05G003476 Chr05 NC_080391.1:46132114-46132130promoter 内 294-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46135821-46137214(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTCTTGTCGTATTCAA
SmilChr08G000193 Chr08 NC_080394.1:1305186-1305202promoter 内 292-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1294368-1301493(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GATAATAAGACAAAAGT
SmilChr06G000318 Chr06 NC_080392.1:2334415-2334431promoter 内 259-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2328391-2330689(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTAATTTC
SmilChr05G001440 Chr05 NC_080391.1:13155405-13155421promoter 内 229-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13150479-13151649(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTGGT
SmilChr02G002673 Chr02 NC_080388.1:46328188-46328204promoter 内 191-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46331998-46335353(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACATTTGTCGTCTTATC
SmilChr03G001185 Chr03 NC_080389.1:13607466-13607482promoter 内 161-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13611306-13612343(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAGCG
SmilChr05G001545 Chr05 NC_080391.1:14140946-14140962promoter 内 155-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14144792-14148924(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCAAAATGACAAAAGT
SmilChr03G004227 Chr03 NC_080389.1:60813847-60813863promoter 内 150-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60807649-60810012(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTATGTG
SmilChr08G000207 Chr08 NC_080394.1:1409956-1409972promoter 内 119-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1404517-1406090(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGGATAATGACAAAAAT
SmilChr06G000922 Chr06 NC_080392.1:8755675-8755691promoter 内 97-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8751317-8751787(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGATTTGTCGTGTAGCT
SmilChr03G000615 Chr03 NC_080389.1:6813075-6813091promoter 内 86-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6808133-6809176(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAGCG
SmilChr07G000190 Chr07 NC_080393.1:1196536-1196552promoter 内 86-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1200451-1204401(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTAATTTC
SmilChr02G004571 Chr02 NC_080388.1:68209257-68209273promoter 内 78-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68213180-68218239(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCTTTTGTCCTTATTTA
SmilChr08G000979 Chr08 NC_080394.1:7352604-7352620promoter 内 65-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7345181-7348684(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGACAAAAGACAAAAAT
SmilChr04G003065 Chr04 NC_080390.1:47195229-47195245promoter 内 16-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47199214-47201646(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTGGAAAGGACAAAACT
SmilChr01G004076 Chr01 NC_080387.1:59208298-59208314promoter 内 14-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 59201299-59204327(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGGAACATGACAAAAAA
SmilChr08G003391 Chr08 NC_080394.1:35690412-35690428promoter 内 3696-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 35690717-35696708(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTAAGAGGACAAAAAA
SmilChr06G003033 Chr06 NC_080392.1:43144868-43144884promoter 内 2322-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 43141238-43143205(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAATAGAAGACAAAATG
SmilChr05G004085 Chr05 NC_080391.1:54697331-54697347promoter 内 3975-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 54697250-54697321(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTAAAAAGACAAAATC
SmilChr02G005031 Chr02 NC_080388.1:72032444-72032460promoter 内 3623-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 72032822-72037578(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAATTAAAGACAAAACA
SmilChr04G001839 Chr04 NC_080390.1:29928061-29928077promoter 内 3583-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 29928479-29929915(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAAAGGAGACAAAAAG
SmilChr03G001590 Chr03 NC_080389.1:20163981-20163997promoter 内 3381-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 20164601-20166011(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGGATGAAGACAAAAGG
SmilChr07G000444 Chr07 NC_080393.1:3102750-3102766promoter 内 2928-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 3103823-3108034(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTTGT
SmilChr05G000767 Chr05 NC_080391.1:5964889-5964905promoter 内 2840-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 5962653-5963744(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTTACTCG
SmilChr05G003212 Chr05 NC_080391.1:41195730-41195746promoter 内 2512-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 41197219-41201463(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTGC
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8455231-8455247promoter 内 2183-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 8457049-8457720(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTGGAGAGGACAAAAAA
SmilChr01G004260 Chr01 NC_080387.1:60857596-60857612promoter 内 2114-2130 bp - 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 60859483-60860828(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCGTATTTG
SmilChr02G000926 Chr02 NC_080388.1:16101370-16101386promoter 内 2075-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 16103296-16108705(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATGTTCGTCGTTTTTTG
SmilChr06G002496 Chr06 NC_080392.1:35830359-35830375promoter 内 2051-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 35832309-35835274(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTTCATATT
SmilChr07G002193 Chr07 NC_080393.1:20147818-20147834promoter 内 1957-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 20149862-20154010(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCGGTTTAAT
SmilChr07G002194 Chr07 NC_080393.1:20147818-20147834promoter 内 1903-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 20149916-20150001(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCGGTTTAAT
SmilChr06G001732 Chr06 NC_080392.1:19940171-19940187promoter 内 1593-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 19935409-19937779(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGCTAAACGACAAGCAA
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