转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 105 / 138 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001713 Chr01 NC_080387.1:31603581-31603594promoter 内 1028-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 31598249-31600621(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTAATACA
SmilChr02G004698 Chr02 NC_080388.1:69306259-69306272promoter 内 813-826 bp + 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69299539-69303084(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATACCTACTTAC
SmilChr01G003103 Chr01 NC_080387.1:49833841-49833854promoter 内 736-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49837106-49840176(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTGTT
SmilChr01G001399 Chr01 NC_080387.1:27494648-27494661promoter 内 636-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27490289-27491296(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAGTACCTAATTGA
SmilChr01G003616 Chr01 NC_080387.1:54694389-54694402promoter 内 539-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54685594-54690940(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCGAGTAGGTATAA
SmilChr01G001493 Chr01 NC_080387.1:28733210-28733223promoter 内 390-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28736821-28737817(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGATTAGGTAATA
SmilChr01G003562 Chr01 NC_080387.1:54216304-54216317promoter 内 456-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 54219849-54224105(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGTACCTAAACAC
SmilChr02G005188 Chr02 NC_080388.1:73191072-73191085promoter 内 118-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 73184495-73187202(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTGTTAGGTTATA
SmilChr03G000604 Chr03 NC_080389.1:6689117-6689130promoter 内 3931-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 6687924-6689060(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAAACCTAACACC
SmilChr01G003239 Chr01 NC_080387.1:51131384-51131397promoter 内 2965-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 51132420-51135151(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGCTTCA
SmilChr02G000701 Chr02 NC_080388.1:11198730-11198743promoter 内 2293-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 11196324-11197035(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATACCTAATTGA
SmilChr03G000605 Chr03 NC_080389.1:6693991-6694004promoter 内 1457-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 6689380-6691460(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAAACCTAACACC
SmilChr01G003971 Chr01 NC_080387.1:58151166-58151179promoter 内 1203-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 58145638-58148381(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGTGTTAGGTCATT
SmilChr01G006012 Chr01 NC_080387.1:75695468-75695481promoter 内 1168-1181 bp - 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 75698301-75699155(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGTACCTAATTGG
SmilChr02G003497 Chr02 NC_080388.1:56198230-56198243promoter 内 893-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 56201338-56201897(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGCCACCTAACCGG
SmilChr02G004250 Chr02 NC_080388.1:64690558-64690571promoter 内 358-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 64694201-64695370(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAAACCTAACAAC
SmilChr03G000727 Chr03 NC_080389.1:8201428-8201441promoter 内 3846-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 8198009-8201286(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATAACCTAACAAA
SmilChr01G001935 Chr01 NC_080387.1:34547918-34547931promoter 内 3698-3711 bp - 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34548221-34549926(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAATTAA
SmilChr03G001202 Chr03 NC_080389.1:13861682-13861695promoter 内 3658-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13862025-13862894(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAAACCTAACACC
SmilChr03G001241 Chr03 NC_080389.1:14298179-14298192promoter 内 3658-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14296983-14297849(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAAACCTAACACC
SmilChr02G004459 Chr02 NC_080388.1:67016273-67016286promoter 内 3594-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 66989070-67015879(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATTTTAGGTAAAA
SmilChr02G005264 Chr02 NC_080388.1:73739020-73739033promoter 内 3542-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73734651-73738574(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACTACCTAATCCT
SmilChr02G004467 Chr02 NC_080388.1:67073073-67073086promoter 内 3414-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67073660-67076530(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATAGTAGGTATTA
SmilChr02G004100 Chr02 NC_080388.1:63328012-63328025promoter 内 3251-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63328762-63333191(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTATACCTAATGCA
SmilChr01G005797 Chr01 NC_080387.1:74048600-74048613promoter 内 3162-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74049439-74053234(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATACCTACTATA
SmilChr01G005119 Chr01 NC_080387.1:68988038-68988051promoter 内 2927-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 68989112-68990596(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCTATTAGGTAGGT
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40150365-40150378promoter 内 2613-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40144918-40148990(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATTTAGGTAAAA
SmilChr01G004422 Chr01 NC_080387.1:62333873-62333886promoter 内 2563-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62329403-62332448(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTGTTT
SmilChr03G000189 Chr03 NC_080389.1:2104803-2104816promoter 内 2555-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2106249-2109378(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTAATTTG
SmilChr02G000986 Chr02 NC_080388.1:17342602-17342615promoter 内 2545-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17344058-17346016(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTCGCCTAACTTT
SmilChr01G000920 Chr01 NC_080387.1:19433777-19433790promoter 内 2489-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 19430555-19432278(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGCAATC
SmilChr01G005312 Chr01 NC_080387.1:70372307-70372320promoter 内 2456-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70373852-70374457(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTGCCTAACTAA
SmilChr01G001726 Chr01 NC_080387.1:31798646-31798659promoter 内 2379-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31794900-31797037(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTCACCTAACAGA
SmilChr01G003963 Chr01 NC_080387.1:58043174-58043187promoter 内 2111-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58045064-58046042(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTGTTAGGTTATT
SmilChr01G003212 Chr01 NC_080387.1:50903130-50903143promoter 内 2100-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50894465-50901242(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAGGCCTAACTCT
SmilChr01G000745 Chr01 NC_080387.1:16470438-16470451promoter 内 2085-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16472354-16473132(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCTATTAGGTAGGT
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