转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 107 / 135 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001797 Chr02 NC_080388.1:32757647-32757656promoter 内 1351-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32760297-32763479(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr05G001365 Chr05 NC_080391.1:12134806-12134815promoter 内 1351-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12131198-12132165(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr05G001568 Chr05 NC_080391.1:14338941-14338950promoter 内 1262-1271 bp + 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14335564-14336211(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr02G001053 Chr02 NC_080388.1:18777926-18777935promoter 内 1255-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18780672-18786763(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr01G003838 Chr01 NC_080387.1:56736276-56736285promoter 内 1155-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 56729916-56733439(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr04G002526 Chr04 NC_080390.1:40302835-40302844promoter 内 1111-1120 bp - 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40305725-40311633(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr01G004442 Chr01 NC_080387.1:62539714-62539723promoter 内 1038-1047 bp - 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62542677-62543327(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr01G005024 Chr01 NC_080387.1:68215100-68215109promoter 内 1022-1031 bp - 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68208685-68212130(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:115993-116002promoter 内 856-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr03G001631 Chr03 NC_080389.1:21005059-21005068promoter 内 837-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21008223-21009296(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr02G003053 Chr02 NC_080388.1:51320155-51320164promoter 内 795-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51313832-51316958(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr02G001052 Chr02 NC_080388.1:18777926-18777935promoter 内 727-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18772030-18774661(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr04G002905 Chr04 NC_080390.1:45327850-45327859promoter 内 636-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45323556-45324494(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr03G000465 Chr03 NC_080389.1:4976927-4976936promoter 内 614-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4970292-4973549(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr03G003565 Chr03 NC_080389.1:54287015-54287024promoter 内 613-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54290403-54295528(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr03G002752 Chr03 NC_080389.1:43750196-43750205promoter 内 468-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43741341-43746672(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr02G001832 Chr02 NC_080388.1:33337358-33337367promoter 内 357-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33341002-33345584(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr04G000298 Chr04 NC_080390.1:2768207-2768216promoter 内 342-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2771866-2772876(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr01G003917 Chr01 NC_080387.1:57439080-57439089promoter 内 327-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57442754-57447133(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACACGTGA
SmilChr04G000755 Chr04 NC_080390.1:9238447-9238456promoter 内 281-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9242167-9242768(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr03G004688 Chr03 NC_080389.1:64276586-64276595promoter 内 212-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64270109-64272806(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62108291-62108300promoter 内 19-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTGT
SmilChr02G005071 Chr02 NC_080388.1:72374788-72374797promoter 内 3843-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 72374946-72376675(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr01G001015 Chr01 NC_080387.1:21318166-21318175promoter 内 3057-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 21319110-21321772(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr05G001775 Chr05 NC_080391.1:17467006-17467015promoter 内 2887-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 17468120-17471720(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr02G005070 Chr02 NC_080388.1:72374788-72374797promoter 内 2060-2069 bp - 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 72370778-72372856(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA
SmilChr02G005072 Chr02 NC_080388.1:72374788-72374797promoter 内 318-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 72378471-72381964(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr02G005332 Chr02 NC_080388.1:74155705-74155714promoter 内 3887-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 74153415-74155600(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr01G003024 Chr01 NC_080387.1:49297413-49297422promoter 内 3492-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 49291554-49296913(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA
SmilChr01G005821 Chr01 NC_080387.1:74211499-74211508promoter 内 3331-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 74207215-74210838(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA
SmilChr01G005575 Chr01 NC_080387.1:72496823-72496832promoter 内 2518-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 72490210-72495349(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGTG
SmilChr01G005083 Chr01 NC_080387.1:68709634-68709643promoter 内 3928-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 68709707-68710950(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr02G004733 Chr02 NC_080388.1:69565350-69565359promoter 内 3854-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 69561938-69565212(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA
SmilChr01G005683 Chr01 NC_080387.1:73097280-73097289promoter 内 3705-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 73096556-73096993(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr02G004865 Chr02 NC_080388.1:70763493-70763502promoter 内 3679-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 70763815-70766556(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACA
SmilChr02G004864 Chr02 NC_080388.1:70763493-70763502promoter 内 3583-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 70761104-70763084(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA
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SmilChr02G003657 Chr02 NC_080388.1:57958609-57958618promoter 内 2619-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 57954958-57957236(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CACCACGTGT
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6534204-6534213promoter 内 2553-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 6527470-6532765(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA
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SmilChr04G003017 Chr04 NC_080390.1:46553807-46553816promoter 内 2487-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46555321-46556903(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGTCACGTGA