转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 107 / 146 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002400 Chr08 NC_080394.1:22792262-22792280promoter 内 1679-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22783831-22789958(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TACCCAAAAAAAGAAAAGA
SmilChr03G000298 Chr03 NC_080389.1:3413067-3413085promoter 内 1650-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3409304-3410734(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCTTTTTTTGGTTG
SmilChr08G000113 Chr08 NC_080394.1:708349-708367promoter 内 1621-1639 bp + 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 710729-713875(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr04G003684 Chr04 NC_080390.1:53266779-53266797promoter 内 1620-1638 bp - 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53261147-53264416(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr04G002669 Chr04 NC_080390.1:42076981-42076999promoter 内 1616-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42070498-42074614(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1818081-1818099promoter 内 1603-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1820479-1822311(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr01G005405 Chr01 NC_080387.1:71309684-71309702promoter 内 1561-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71305825-71307262(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr07G002148 Chr07 NC_080393.1:19660145-19660163promoter 内 1535-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19662611-19664060(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr02G003233 Chr02 NC_080388.1:53604404-53604422promoter 内 1504-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53600462-53601925(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr08G004064 Chr08 NC_080394.1:49285402-49285420promoter 内 1479-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49281956-49282898(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8444064-8444082promoter 内 1453-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8446612-8447289(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr06G002327 Chr06 NC_080392.1:33671712-33671730promoter 内 1448-1466 bp + 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33662077-33669177(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACATGCTATTTTTGGAAA
SmilChr03G004657 Chr03 NC_080389.1:64062566-64062584promoter 内 1440-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64065127-64066056(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAAAGAAGAAGAAA
SmilChr01G001007 Chr01 NC_080387.1:21188387-21188405promoter 内 1428-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21190960-21191082(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr07G000230 Chr07 NC_080393.1:1489639-1489657promoter 内 1427-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1492213-1495701(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46981194-46981212promoter 内 1391-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46983804-46987494(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr05G000456 Chr05 NC_080391.1:3443409-3443427promoter 内 1365-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3446045-3448320(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTAATAAAAAAGGAAAAAT
SmilChr01G004316 Chr01 NC_080387.1:61351465-61351483promoter 内 1362-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61331580-61348844(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TACTTGCCTTTTTGGGTTC
SmilChr03G001049 Chr03 NC_080389.1:12221884-12221902promoter 内 1350-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12216912-12219251(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31012081-31012099promoter 内 1345-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31008781-31009443(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42162520-42162538promoter 内 1303-1321 bp - 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1818081-1818099promoter 内 1261-1279 bp + 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1813038-1815359(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr08G001257 Chr08 NC_080394.1:9960643-9960661promoter 内 1232-1250 bp + 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9963412-9966546(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TGGCTGAAAAAGGAAAAAA
SmilChr07G002544 Chr07 NC_080393.1:24143182-24143200promoter 内 1196-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24145987-24147906(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr02G002872 Chr02 NC_080388.1:48966447-48966465promoter 内 1170-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48957194-48963634(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACATGCTATTTTTGGAAA
SmilChr01G005462 Chr01 NC_080387.1:71638934-71638952promoter 内 1111-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71632959-71636062(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AAACTAAAAAAGGAAAACA
SmilChr07G000241 Chr07 NC_080393.1:1553617-1553635promoter 内 1074-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1556544-1561499(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTTTCCCGTTTGAGAAA
SmilChr08G000168 Chr08 NC_080394.1:1168710-1168728promoter 内 998-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1160450-1165725(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr01G003195 Chr01 NC_080387.1:50710781-50710799promoter 内 997-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50705893-50707795(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr01G005464 Chr01 NC_080387.1:71638934-71638952promoter 内 975-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71641960-71651010(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TGTTTTCCTTTTTTAGTTT
SmilChr01G005330 Chr01 NC_080387.1:70502568-70502586promoter 内 964-982 bp + 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70505605-70506920(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr07G003057 Chr07 NC_080393.1:31949145-31949163promoter 内 962-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31952184-31953882(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTGGGACG
SmilChr07G002290 Chr07 NC_080393.1:21187628-21187646promoter 内 951-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21181359-21184596(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTCTGAAAGAGGAAAAAA
SmilChr06G001827 Chr06 NC_080392.1:21453044-21453062promoter 内 946-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21456099-21459088(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCCAAAAAGGAAAGAT
SmilChr07G000009 Chr07 NC_080393.1:42421-42439promoter 内 910-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32209-39348(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TACCCAAAAAAAGAAAAGA
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