预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00020790-RA_Salv |
SmilChr04G003805 |
MIKC_MADS | XP_057805691.1 |
MP00315 |
TTTCCAAAAAAGGAAAAAA |
9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 107 / 146 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G002400 |
Chr08 | NC_080394.1:22792262-22792280promoter 内 1679-1697 bp |
- | 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 22783831-22789958(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
TACCCAAAAAAAGAAAAGA |
SmilChr03G000298 |
Chr03 | NC_080389.1:3413067-3413085promoter 内 1650-1668 bp |
+ | 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 3409304-3410734(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCTTTTTTTGGTTG |
SmilChr08G000113 |
Chr08 | NC_080394.1:708349-708367promoter 内 1621-1639 bp |
+ | 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 710729-713875(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr04G003684 |
Chr04 | NC_080390.1:53266779-53266797promoter 内 1620-1638 bp |
- | 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 53261147-53264416(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr04G002669 |
Chr04 | NC_080390.1:42076981-42076999promoter 内 1616-1634 bp |
+ | 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 42070498-42074614(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr03G000166 |
Chr03 | NC_080389.1:1818081-1818099promoter 内 1603-1621 bp |
+ | 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 1820479-1822311(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr01G005405 |
Chr01 | NC_080387.1:71309684-71309702promoter 内 1561-1579 bp |
+ | 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 71305825-71307262(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr07G002148 |
Chr07 | NC_080393.1:19660145-19660163promoter 内 1535-1553 bp |
- | 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 19662611-19664060(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr02G003233 |
Chr02 | NC_080388.1:53604404-53604422promoter 内 1504-1522 bp |
+ | 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 53600462-53601925(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr08G004064 |
Chr08 | NC_080394.1:49285402-49285420promoter 内 1479-1497 bp |
+ | 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 49281956-49282898(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr02G000589 |
Chr02 | NC_080388.1:8444064-8444082promoter 内 1453-1471 bp |
+ | 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 8446612-8447289(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr06G002327 |
Chr06 | NC_080392.1:33671712-33671730promoter 内 1448-1466 bp |
+ | 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 33662077-33669177(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CACATGCTATTTTTGGAAA |
SmilChr03G004657 |
Chr03 | NC_080389.1:64062566-64062584promoter 内 1440-1458 bp |
+ | 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 64065127-64066056(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
TTTCCAAAAGAAGAAGAAA |
SmilChr01G001007 |
Chr01 | NC_080387.1:21188387-21188405promoter 内 1428-1446 bp |
+ | 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 21190960-21191082(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr07G000230 |
Chr07 | NC_080393.1:1489639-1489657promoter 内 1427-1445 bp |
+ | 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 1492213-1495701(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr02G002714 |
Chr02 | NC_080388.1:46981194-46981212promoter 内 1391-1409 bp |
- | 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 46983804-46987494(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr05G000456 |
Chr05 | NC_080391.1:3443409-3443427promoter 内 1365-1383 bp |
+ | 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 3446045-3448320(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
TTAATAAAAAAGGAAAAAT |
SmilChr01G004316 |
Chr01 | NC_080387.1:61351465-61351483promoter 内 1362-1380 bp |
+ | 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 61331580-61348844(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
TACTTGCCTTTTTGGGTTC |
SmilChr03G001049 |
Chr03 | NC_080389.1:12221884-12221902promoter 内 1350-1368 bp |
+ | 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 12216912-12219251(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr01G001681 |
Chr01 | NC_080387.1:31012081-31012099promoter 内 1345-1363 bp |
+ | 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 31008781-31009443(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr03G002650 |
Chr03 | NC_080389.1:42162520-42162538promoter 内 1303-1321 bp |
- | 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 42165218-42170027(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr03G000165 |
Chr03 | NC_080389.1:1818081-1818099promoter 内 1261-1279 bp |
+ | 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 1813038-1815359(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr08G001257 |
Chr08 | NC_080394.1:9960643-9960661promoter 内 1232-1250 bp |
+ | 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 9963412-9966546(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
TGGCTGAAAAAGGAAAAAA |
SmilChr07G002544 |
Chr07 | NC_080393.1:24143182-24143200promoter 内 1196-1214 bp |
- | 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 24145987-24147906(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
ATCTTTCCTTTTTGGGACG |
SmilChr02G002872 |
Chr02 | NC_080388.1:48966447-48966465promoter 内 1170-1188 bp |
+ | 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 48957194-48963634(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CACATGCTATTTTTGGAAA |
SmilChr01G005462 |
Chr01 | NC_080387.1:71638934-71638952promoter 内 1111-1129 bp |
- | 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 71632959-71636062(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
AAACTAAAAAAGGAAAACA |
SmilChr07G000241 |
Chr07 | NC_080393.1:1553617-1553635promoter 内 1074-1092 bp |
- | 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 1556544-1561499(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
GTTTTTCCCGTTTGAGAAA |
SmilChr08G000168 |
Chr08 | NC_080394.1:1168710-1168728promoter 内 998-1016 bp |
+ | 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 1160450-1165725(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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Chr01 | NC_080387.1:50710781-50710799promoter 内 997-1015 bp |
- | 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 50705893-50707795(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
SmilChr01G005464 |
Chr01 | NC_080387.1:71638934-71638952promoter 内 975-993 bp |
- | 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 71641960-71651010(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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Chr01 | NC_080387.1:70502568-70502586promoter 内 964-982 bp |
+ | 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 70505605-70506920(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
CGTCCCAAAAAGGAAAGAT |
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Chr07 | NC_080393.1:31949145-31949163promoter 内 962-980 bp |
- | 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 31952184-31953882(+) |
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MP00315 |
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- | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 21181359-21184596(-) |
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- | 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 32209-39348(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
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+ | 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 73462854-73465845(+) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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+ | 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 3698093-3704011(-) |
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MP00315 |
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- | 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 13100627-13104481(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
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- | 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 2123221-2126318(-) |
SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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+ | 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 1 | 8525452-8531178(-) |
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MP00315 |
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SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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SMil_00020790-RA_Salv |
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SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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SMil_00020790-RA_Salv |
MP00315 |
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SMil_00020790-RA_Salv |
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SmilChr06G001220 |
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MP00315 |
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