转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 108 / 139 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001701 Chr05 NC_080391.1:16217535-16217548promoter 内 943-956 bp + 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 16213345-16214490(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr07G000305 Chr07 NC_080393.1:2002883-2002896promoter 内 148-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 2006736-2009766(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGCACAGG
SmilChr05G004294 Chr05 NC_080391.1:56682887-56682900promoter 内 3984-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56680717-56682883(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr03G003517 Chr03 NC_080389.1:53764847-53764860promoter 内 3905-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53764943-53765617(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATCCACCGTCGAT
SmilChr03G000582 Chr03 NC_080389.1:6493678-6493691promoter 内 3901-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6493778-6499935(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGGGACGGTGAGAG
SmilChr05G000042 Chr05 NC_080391.1:202693-202706promoter 内 3886-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 202808-205012(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGGGACGGTGAGAG
SmilChr03G002853 Chr03 NC_080389.1:45115793-45115806promoter 内 3884-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45115231-45115689(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr01G003451 Chr01 NC_080387.1:53071682-53071695promoter 内 3876-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53071807-53075069(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGTGACGGTGGGGC
SmilChr03G000732 Chr03 NC_080389.1:8223151-8223164promoter 内 3871-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8216955-8223034(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGGGACGGTGAGAG
SmilChr02G002569 Chr02 NC_080388.1:44700222-44700235promoter 内 3846-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44692150-44700080(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGTCTCCGTCCAT
SmilChr06G003154 Chr06 NC_080392.1:44540151-44540164promoter 内 3833-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44540319-44540400(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr04G002890 Chr04 NC_080390.1:45115457-45115470promoter 内 3818-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45111525-45115287(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46349405-46349418promoter 内 3817-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46349589-46352170(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTGGCGGTGGAGT
SmilChr01G001920 Chr01 NC_080387.1:34329141-34329154promoter 内 3808-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34329334-34330618(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr02G000273 Chr02 NC_080388.1:3516029-3516042promoter 内 3776-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3515075-3515817(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTGCCGGTGGAGC
SmilChr02G002406 Chr02 NC_080388.1:41973360-41973373promoter 内 3747-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41973614-42011446(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGGCGGTGGAAT
SmilChr01G005264 Chr01 NC_080387.1:70106981-70106994promoter 内 3710-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70107272-70111578(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr07G000433 Chr07 NC_080393.1:3030685-3030698promoter 内 3700-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3028622-3030397(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGGACGGAGGGAG
SmilChr01G000557 Chr01 NC_080387.1:11620672-11620685promoter 内 3645-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11619164-11620329(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr02G002018 Chr02 NC_080388.1:36383423-36383436promoter 内 3641-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36383783-36388678(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr06G002893 Chr06 NC_080392.1:41772527-41772540promoter 内 3586-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41771088-41772125(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAG
SmilChr03G001141 Chr03 NC_080389.1:13140003-13140016promoter 内 3567-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13140437-13141153(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr02G000471 Chr02 NC_080388.1:6382166-6382179promoter 内 3566-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6376046-6381744(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr01G003430 Chr01 NC_080387.1:52948355-52948368promoter 内 3447-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52944400-52947814(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr01G001255 Chr01 NC_080387.1:25191972-25191985promoter 内 3436-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25192537-25198619(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr03G002772 Chr03 NC_080389.1:44118065-44118078promoter 内 3435-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44118631-44121461(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57479805-57479818promoter 内 3421-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57480385-57485705(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGGACGGAGGAGT
SmilChr06G001365 Chr06 NC_080392.1:14257285-14257298promoter 内 3381-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14257905-14260772(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGAGAA
SmilChr01G004750 Chr01 NC_080387.1:65681605-65681618promoter 内 3312-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 65682294-65684219(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr06G001629 Chr06 NC_080392.1:18228846-18228859promoter 内 3206-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18218045-18228064(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAC
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34606429-34606442promoter 内 3200-3213 bp - 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34587467-34605641(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTGCCGGTGGAGG
SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40099515-40099528promoter 内 3187-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40097042-40098714(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
SmilChr07G001289 Chr07 NC_080393.1:9923317-9923330promoter 内 3186-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9924132-9926203(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTGCACCGTCAAC
SmilChr06G001733 Chr06 NC_080392.1:19973655-19973668promoter 内 3167-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19974489-19975753(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCACCGTCCCA
SmilChr01G004324 Chr01 NC_080387.1:61401747-61401760promoter 内 3163-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61402585-61404376(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCTCC
SmilChr05G004254 Chr05 NC_080391.1:56327275-56327288promoter 内 3089-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56328187-56331674(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAG
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