转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 108 / 161 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24523429-24523443promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24519500-24520483(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGTCGGCTGACA
SmilChr02G005152 Chr02 NC_080388.1:72884391-72884405promoter 内 1036-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72887356-72893574(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTGTGCCGACGAAA
SmilChr01G003133 Chr01 NC_080387.1:50143584-50143598promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50146582-50147477(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATGAGCCGACAACA
SmilChr05G000421 Chr05 NC_080391.1:3193056-3193070promoter 内 993-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3189057-3190062(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGCGGCGGCAAAGG
SmilChr02G005153 Chr02 NC_080388.1:72892273-72892287promoter 内 962-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72895312-72899474(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTGTGCCGACGAAA
SmilChr06G002610 Chr06 NC_080392.1:37536478-37536492promoter 内 943-957 bp - 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37539536-37540015(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTAGCCGACAGAT
SmilChr07G000379 Chr07 NC_080393.1:2558930-2558944promoter 内 898-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2562033-2564086(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGTGTCGGCTGTTA
SmilChr07G000099 Chr07 NC_080393.1:547126-547140promoter 内 895-909 bp + 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 539750-544034(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGGGCCGACAGAT
SmilChr07G002357 Chr07 NC_080393.1:21902036-21902050promoter 内 876-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21905161-21911188(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGAAGTCGGCAGCGG
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12670810-12670824promoter 内 849-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGGCCGACAGAT
SmilChr06G000750 Chr06 NC_080392.1:6969383-6969397promoter 内 840-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6962441-6966236(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTCAGCCGACATTC
SmilChr08G003595 Chr08 NC_080394.1:38878240-38878254promoter 内 805-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38881436-38964512(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGCGTCGGCACGAC
SmilChr01G002869 Chr01 NC_080387.1:47300424-47300438promoter 内 746-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47303679-47304702(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCATTTA
SmilChr05G003040 Chr05 NC_080391.1:38155605-38155619promoter 内 728-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38142178-38152346(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCATGTCGGCTGTGA
SmilChr01G004680 Chr01 NC_080387.1:64887278-64887292promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64882647-64883991(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGTTGAGA
SmilChr03G002647 Chr03 NC_080389.1:42110968-42110982promoter 内 617-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42114352-42115532(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGCCACTG
SmilChr04G003383 Chr04 NC_080390.1:50374013-50374027promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50370020-50370616(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCGTGCCGACGCTC
SmilChr07G002356 Chr07 NC_080393.1:21902036-21902050promoter 内 577-591 bp + 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21895116-21898626(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACTTCA
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59523519-59523533promoter 内 488-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59527032-59529805(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATGTCGGCCTCGT
SmilChr02G002821 Chr02 NC_080388.1:48306390-48306404promoter 内 435-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48309956-48312817(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGTCGGCACTGC
SmilChr02G004691 Chr02 NC_080388.1:69258303-69258317promoter 内 409-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69261895-69268038(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGTGGCCGACATTA
SmilChr04G003951 Chr04 NC_080390.1:55080846-55080860promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55075070-55077258(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGGTGCCGACGGTG
SmilChr01G002532 Chr01 NC_080387.1:43323716-43323730promoter 内 373-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43327344-43329010(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCCTGCCGACTCTG
SmilChr07G001281 Chr07 NC_080393.1:9854797-9854811promoter 内 353-367 bp - 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9847514-9851163(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATATGTCGGCTGGAA
SmilChr01G000784 Chr01 NC_080387.1:17052483-17052497promoter 内 296-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17056188-17056294(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGTGTCGGCTTTGG
SmilChr03G003206 Chr03 NC_080389.1:49608467-49608481promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49602347-49604707(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCGTGCCGACGCTC
SmilChr07G001283 Chr07 NC_080393.1:9854797-9854811promoter 内 213-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9858585-9859214(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCCAGCCGACATAT
SmilChr08G003496 Chr08 NC_080394.1:37551511-37551525promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37547147-37547725(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCTTCTG
SmilChr08G002685 Chr08 NC_080394.1:26477033-26477047promoter 内 177-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26472351-26473223(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGGCCGACAGAT
SmilChr02G000410 Chr02 NC_080388.1:5152000-5152014promoter 内 170-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5155831-5158826(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGACTGCCGACGAGC
SmilChr04G000445 Chr04 NC_080390.1:4758631-4758645promoter 内 165-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4752453-4754809(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGATGCCGACGACA
SmilChr05G001620 Chr05 NC_080391.1:14973492-14973506promoter 内 115-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14977378-14978901(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTCGTCGGCATCAC
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17383963-17383977promoter 内 84-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17377904-17380060(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCTTACCGACAAGT
SmilChr01G005841 Chr01 NC_080387.1:74411914-74411928promoter 内 69-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74406422-74407996(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGAGTCGGCAGCTG
SmilChr03G002325 Chr03 NC_080389.1:36602507-36602521promoter 内 3655-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 36602853-36603350(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCTGCCGACTCTG
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SmilChr02G000729 Chr02 NC_080388.1:11840779-11840793promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 11835444-11836937(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCGTGCCGACGCAC
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SmilChr08G003844 Chr08 NC_080394.1:44792206-44792220promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 44792551-44793990(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGAGAGCCGACAACG
SmilChr03G003067 Chr03 NC_080389.1:47637753-47637767promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 47636658-47637102(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGGGTCGGCAACGG
SmilChr07G001401 Chr07 NC_080393.1:10892612-10892626promoter 内 3318-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 10893295-10896148(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTTGCCGACCCCG
SmilChr02G001521 Chr02 NC_080388.1:28318528-28318542promoter 内 3152-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 28319377-28325595(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCTGCCGACTCTG