转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 109 / 133 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G004343 Chr02 NC_080388.1:65691383-65691392promoter 内 1907-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65693477-65704341(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAC
SmilChr01G004940 Chr01 NC_080387.1:67523701-67523710promoter 内 1837-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67513488-67521546(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr03G001337 Chr03 NC_080389.1:15607001-15607010promoter 内 1822-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15609180-15610408(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr02G004991 Chr02 NC_080388.1:71768047-71768056promoter 内 1695-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71770353-71772475(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr02G005459 Chr02 NC_080388.1:74900865-74900874promoter 内 1536-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74903330-74910479(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAG
SmilChr01G005560 Chr01 NC_080387.1:72416401-72416410promoter 内 1533-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72410811-72413942(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAC
SmilChr02G004375 Chr02 NC_080388.1:66112044-66112053promoter 内 1529-1538 bp + 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66114516-66116923(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr01G006198 Chr01 NC_080387.1:77659518-77659527promoter 内 1515-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 77662004-77666613(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr01G001513 Chr01 NC_080387.1:28963629-28963638promoter 内 1442-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28966188-28971360(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63640323-63640332promoter 内 1439-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63635851-63637770(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr01G003504 Chr01 NC_080387.1:53622317-53622326promoter 内 1379-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53617154-53619704(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr02G001059 Chr02 NC_080388.1:18833341-18833350promoter 内 1307-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18836035-18840237(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAG
SmilChr03G001756 Chr03 NC_080389.1:23887042-23887051promoter 内 1229-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23889814-23893119(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr01G004943 Chr01 NC_080387.1:67541812-67541821promoter 内 1194-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67544619-67546930(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAG
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40151826-40151835promoter 内 1156-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40144918-40148990(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr02G000046 Chr02 NC_080388.1:631860-631869promoter 内 918-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 634943-638254(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAG
SmilChr01G002301 Chr01 NC_080387.1:39857569-39857578promoter 内 822-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39853363-39854399(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr04G000886 Chr04 NC_080390.1:11331685-11331694promoter 内 711-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11334975-11335953(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr02G001434 Chr02 NC_080388.1:27034740-27034749promoter 内 474-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27038267-27040377(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr03G004691 Chr03 NC_080389.1:64282104-64282113promoter 内 431-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64285674-64285745(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAC
SmilChr03G002238 Chr03 NC_080389.1:35259161-35259170promoter 内 386-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35254596-35255555(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr01G000481 Chr01 NC_080387.1:9887629-9887638promoter 内 339-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9891291-9892341(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr03G001791 Chr03 NC_080389.1:24443565-24443574promoter 内 207-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24447359-24450249(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr03G000454 Chr03 NC_080389.1:4839458-4839467promoter 内 97-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4843362-4844382(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr02G005249 Chr02 NC_080388.1:73637374-73637383promoter 内 82-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73641293-73644615(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr03G001805 Chr03 NC_080389.1:24663056-24663065promoter 内 69-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24666988-24675013(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAG
SmilChr02G004649 Chr02 NC_080388.1:68928954-68928963promoter 内 63-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68919785-68925025(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr03G001596 Chr03 NC_080389.1:20257426-20257435promoter 内 11-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20261416-20264053(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCG
SmilChr01G003075 Chr01 NC_080387.1:49591866-49591875promoter 内 3608-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49592259-49597744(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG
SmilChr03G002099 Chr03 NC_080389.1:32453089-32453098promoter 内 1779-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 32449626-32450876(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG
SmilChr03G001937 Chr03 NC_080389.1:27500100-27500109promoter 内 1499-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 27502602-27504582(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG
SmilChr01G003043 Chr01 NC_080387.1:49416558-49416567promoter 内 704-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49409196-49413270(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr03G001826 Chr03 NC_080389.1:25014590-25014599promoter 内 596-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 25017995-25018642(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G002113 Chr01 NC_080387.1:37169577-37169586promoter 内 484-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37165997-37166069(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G002112 Chr01 NC_080387.1:37169577-37169586promoter 内 386-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37163586-37165971(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G005791 Chr01 NC_080387.1:74007263-74007272promoter 内 266-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 74010998-74014919(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G003569 Chr01 NC_080387.1:54261290-54261299promoter 内 171-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 54255327-54257469(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30836430-30836439promoter 内 3950-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30836481-30838937(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60245569-60245578promoter 内 3922-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60243987-60245499(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr03G004598 Chr03 NC_080389.1:63783282-63783291promoter 内 3903-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 63781553-63783193(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G002401 Chr01 NC_080387.1:41357111-41357120promoter 内 3821-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 41357291-41358965(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34491679-34491688promoter 内 3759-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34491921-34493051(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG
SmilChr03G002436 Chr03 NC_080389.1:38686257-38686266promoter 内 3630-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38684669-38685895(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr04G000673 Chr04 NC_080390.1:7632047-7632056promoter 内 3596-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7632452-7633045(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr01G000257 Chr01 NC_080387.1:4920683-4920692promoter 内 3357-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4921327-4923894(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG
SmilChr02G000679 Chr02 NC_080388.1:10633600-10633609promoter 内 3003-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10634598-10635767(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr02G002911 Chr02 NC_080388.1:49410240-49410249promoter 内 2724-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49411517-49415442(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG
SmilChr02G001310 Chr02 NC_080388.1:24338668-24338677promoter 内 2667-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24340002-24340595(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr03G001371 Chr03 NC_080389.1:16109262-16109271promoter 内 2552-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16096314-16107822(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCT
SmilChr04G000824 Chr04 NC_080390.1:10343859-10343868promoter 内 2107-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10332171-10341974(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGG