转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 111 / 142 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001196 Chr02 NC_080388.1:22004587-22004601promoter 内 1564-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22007024-22012627(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCAAAGGTAGGTGTA
SmilChr03G000341 Chr03 NC_080389.1:3875925-3875939promoter 内 1390-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3871001-3873328(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTAGTAGGTGAA
SmilChr05G002567 Chr05 NC_080391.1:28846186-28846200promoter 内 1369-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28848818-28849794(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCGACG
SmilChr07G001579 Chr07 NC_080393.1:13014854-13014868promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13008491-13012232(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCACCTACTTCACC
SmilChr07G002690 Chr07 NC_080393.1:26253751-26253765promoter 内 1354-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26256398-26257794(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGAAGTAGGTGGT
SmilChr08G002140 Chr08 NC_080394.1:19266039-19266053promoter 内 1238-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19261704-19263290(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAACAAGTAGGTGGA
SmilChr01G000348 Chr01 NC_080387.1:7155332-7155346promoter 内 1224-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7151706-7152569(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCTCGGA
SmilChr04G000766 Chr04 NC_080390.1:9379090-9379104promoter 内 1209-1223 bp + 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9373857-9376312(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGTGAGTAGGTGAG
SmilChr05G001194 Chr05 NC_080391.1:10005622-10005636promoter 内 1142-1156 bp - 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10000531-10002777(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTGCCA
SmilChr07G003071 Chr07 NC_080393.1:32255425-32255439promoter 内 1084-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32251387-32252522(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAAAGGTAGGTAGT
SmilChr07G004264 Chr07 NC_080393.1:55053568-55053582promoter 内 1042-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55056527-55060392(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTTTCTC
SmilChr07G003613 Chr07 NC_080393.1:42422461-42422475promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42425436-42426618(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTCAA
SmilChr05G000652 Chr05 NC_080391.1:4919254-4919268promoter 内 924-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4922331-4926878(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTCAGTAGGTGAA
SmilChr08G003493 Chr08 NC_080394.1:37535414-37535428promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 37538491-37542190(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCATTGG
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25352316-25352330promoter 内 896-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25346518-25349225(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAAAGGTAGGTGTC
SmilChr01G000080 Chr01 NC_080387.1:1460315-1460329promoter 内 888-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1457111-1457216(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCAAAGGTAGGTGTA
SmilChr02G005405 Chr02 NC_080388.1:74586124-74586138promoter 内 828-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74579314-74582965(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCATTGG
SmilChr03G004566 Chr03 NC_080389.1:63589390-63589404promoter 内 791-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63584986-63586194(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTGAG
SmilChr05G002848 Chr05 NC_080391.1:33950704-33950718promoter 内 766-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33953939-33967574(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTCCTTC
SmilChr07G004253 Chr07 NC_080393.1:54976518-54976532promoter 内 702-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54969555-54973233(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTTTCTC
SmilChr03G003515 Chr03 NC_080389.1:53745457-53745471promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53748765-53751784(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGAAGTAGGTGGT
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27666499-27666513promoter 内 679-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27659998-27663191(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGCATT
SmilChr06G000666 Chr06 NC_080392.1:5851699-5851713promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5855128-5859600(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCGAGGTAGGTACA
SmilChr08G002126 Chr08 NC_080394.1:19138868-19138882promoter 内 429-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19133340-19135310(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGTGGTAGTTACA
SmilChr01G005423 Chr01 NC_080387.1:71422035-71422049promoter 内 388-402 bp + 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71415456-71418436(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAATGGTAGGTGCT
SmilChr02G001359 Chr02 NC_080388.1:25420015-25420029promoter 内 386-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25413893-25416414(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCCGTTG
SmilChr04G003775 Chr04 NC_080390.1:53944967-53944981promoter 内 314-328 bp - 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53940086-53941294(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTGGACC
SmilChr02G005303 Chr02 NC_080388.1:73975795-73975809promoter 内 191-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73969792-73971999(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACAACCGC
SmilChr02G005417 Chr02 NC_080388.1:74635835-74635849promoter 内 191-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74626092-74632039(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCATTGG
SmilChr07G002691 Chr07 NC_080393.1:26253751-26253765promoter 内 175-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26257577-26259206(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGAAGTAGGTGGT
SmilChr03G003608 Chr03 NC_080389.1:54712501-54712515promoter 内 125-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54716377-54722312(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGTGGTAGTTACA
SmilChr04G003323 Chr04 NC_080390.1:49967923-49967937promoter 内 108-122 bp + 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49971816-49973336(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCACCTACTCCCTC
SmilChr08G000347 Chr08 NC_080394.1:2408535-2408549promoter 内 93-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2402369-2404641(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACAACCGC
SmilChr02G004656 Chr02 NC_080388.1:68971443-68971457promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68975397-68976452(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCTACTC
SmilChr02G004023 Chr02 NC_080388.1:62523067-62523081promoter 内 29-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62518392-62519109(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGTGAGTAGGTGGA
SmilChr04G001862 Chr04 NC_080390.1:30349391-30349405promoter 内 28-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 30342269-30345432(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTTTGA
SmilChr03G000275 Chr03 NC_080389.1:3133659-3133673promoter 内 3817-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 3130449-3133489(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTAAAA
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18509175-18509189promoter 内 3784-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 18507736-18508972(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGATAGGTAGGTGAT
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3068864-3068878promoter 内 3669-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 3065973-3068546(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTAAAA
SmilChr01G005590 Chr01 NC_080387.1:72562936-72562950promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 72558686-72562304(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGCAGTAGGTGGT
SmilChr03G000276 Chr03 NC_080389.1:3133659-3133673promoter 内 1724-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 3135936-3139581(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTAGGTAGGTGAT
SmilChr05G001835 Chr05 NC_080391.1:18379539-18379553promoter 内 1614-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 18381926-18384502(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGGTAGTTGTT
SmilChr07G000529 Chr07 NC_080393.1:3678173-3678187promoter 内 402-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 3681772-3683886(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGGTAGTTGTT
SmilChr08G001690 Chr08 NC_080394.1:14109690-14109704promoter 内 277-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 14113414-14116855(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGTGGTAGGTATT
SmilChr02G000673 Chr02 NC_080388.1:10401975-10401989promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10399954-10401936(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATATGGTAGGTGTC
SmilChr06G000895 Chr06 NC_080392.1:8450265-8450279promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8450346-8458321(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACTACCACAAA
SmilChr03G000076 Chr03 NC_080389.1:930166-930180promoter 内 3859-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 927039-930038(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTAAAA
SmilChr03G000120 Chr03 NC_080389.1:1322663-1322677promoter 内 3825-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1302179-1322501(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTAAAA
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1158868-1158882promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1155514-1158696(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTAAAA
SmilChr02G001948 Chr02 NC_080388.1:35119465-35119479promoter 内 3806-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 35119660-35126823(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACAATCA