转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 112 / 128 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001093 Chr02 NC_080388.1:19697300-19697314promoter 内 2803-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19698498-19699654(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGCGA
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45145452-45145466promoter 内 2800-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45141055-45144265(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCCAAGG
SmilChr07G004325 Chr07 NC_080393.1:55803811-55803825promoter 内 2699-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55805113-55806140(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGCGA
SmilChr03G000360 Chr03 NC_080389.1:4039257-4039271promoter 内 2673-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4027312-4037943(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGTCT
SmilChr03G001965 Chr03 NC_080389.1:28236722-28236736promoter 内 2628-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28238095-28239268(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGCGA
SmilChr04G004072 Chr04 NC_080390.1:55812116-55812130promoter 内 2588-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55813529-55815622(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGACACGG
SmilChr05G002856 Chr05 NC_080391.1:34049840-34049854promoter 内 2443-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34051398-34051890(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCCGAGC
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5866190-5866204promoter 内 2423-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5867768-5915015(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCAG
SmilChr01G001268 Chr01 NC_080387.1:25354336-25354350promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25355931-25363173(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCTCGA
SmilChr04G002379 Chr04 NC_080390.1:38320648-38320662promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 38322268-38330598(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGCAT
SmilChr04G004141 Chr04 NC_080390.1:56180378-56180392promoter 内 2367-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56182012-56184519(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGGCACCGCCG
SmilChr06G000520 Chr06 NC_080392.1:4289324-4289338promoter 内 2339-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4287101-4287676(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTTCTCCACCGCTG
SmilChr01G003913 Chr01 NC_080387.1:57404512-57404526promoter 内 2334-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57398203-57402859(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGTGGCGGAGGTGG
SmilChr02G003087 Chr02 NC_080388.1:51761619-51761633promoter 内 2305-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51758673-51759937(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCTTCCACCGCTT
SmilChr07G001733 Chr07 NC_080393.1:14733430-14733444promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 14727904-14731737(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCTCCACCACCA
SmilChr03G001329 Chr03 NC_080389.1:15548027-15548041promoter 内 2271-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15541355-15546311(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCTTCCACCGCCA
SmilChr04G001210 Chr04 NC_080390.1:18741418-18741432promoter 内 2234-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18743185-18744051(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCCGCCGC
SmilChr04G000475 Chr04 NC_080390.1:5069924-5069938promoter 内 2196-2210 bp + 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5071729-5072562(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGGCACCACCGCCG
SmilChr01G000936 Chr01 NC_080387.1:19834744-19834758promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19836563-19837390(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGGCACCGCCG
SmilChr03G001534 Chr03 NC_080389.1:19181349-19181363promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19183170-19185531(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGCAGC
SmilChr07G002006 Chr07 NC_080393.1:17801210-17801224promoter 内 2165-2179 bp + 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17803046-17807184(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCCTCCACCGTTG
SmilChr02G001047 Chr02 NC_080388.1:18537439-18537453promoter 内 2121-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18535094-18535573(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGACCACCGCCG
SmilChr06G002719 Chr06 NC_080392.1:39265075-39265089promoter 内 2033-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39260579-39263121(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGGCCG
SmilChr06G000456 Chr06 NC_080392.1:3679300-3679314promoter 内 2014-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3681287-3682208(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCA
SmilChr01G003254 Chr01 NC_080387.1:51248934-51248948promoter 内 1930-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51244187-51246877(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCACA
SmilChr03G002090 Chr03 NC_080389.1:32188764-32188778promoter 内 1912-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32184231-32186689(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAACCCG
SmilChr04G003982 Chr04 NC_080390.1:55258466-55258480promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55260556-55264399(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCGC
SmilChr01G002149 Chr01 NC_080387.1:37477809-37477823promoter 内 1906-1920 bp - 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 37479904-37482870(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGAGGAGGTGG
SmilChr06G001547 Chr06 NC_080392.1:16771260-16771274promoter 内 1866-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16773395-16778041(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGGTGGAGGAGA
SmilChr06G001201 Chr06 NC_080392.1:12295742-12295756promoter 内 1831-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12297912-12300744(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGGCACCGCCG
SmilChr07G003641 Chr07 NC_080393.1:43158638-43158652promoter 内 1760-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43154047-43156411(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGATC
SmilChr08G003196 Chr08 NC_080394.1:32770383-32770397promoter 内 1679-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32766225-32768075(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCTCCT
SmilChr07G004377 Chr07 NC_080393.1:56308582-56308596promoter 内 1621-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56310962-56315180(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCAC
SmilChr05G001010 Chr05 NC_080391.1:8289651-8289665promoter 内 1548-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8292104-8293025(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAAGTTG
SmilChr07G001501 Chr07 NC_080393.1:11975069-11975083promoter 内 1361-1375 bp - 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 11977709-11985359(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGCTTG
SmilChr03G000652 Chr03 NC_080389.1:7243871-7243885promoter 内 1353-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7246519-7247247(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGATG
SmilChr05G002966 Chr05 NC_080391.1:35961414-35961428promoter 内 1323-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 35954385-35958750(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCA
SmilChr03G003675 Chr03 NC_080389.1:55581474-55581488promoter 内 1309-1323 bp + 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55584166-55587978(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCTTCACCGCCG
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SmilChr02G005593 Chr02 NC_080388.1:75693218-75693232promoter 内 1298-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75688723-75690529(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCTTGCGG
SmilChr05G002221 Chr05 NC_080391.1:23733011-23733025promoter 内 1292-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23735720-23736654(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACAGCGCCACCGCTT
SmilChr08G000062 Chr08 NC_080394.1:366241-366255promoter 内 1281-1295 bp - 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 360351-363535(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGATCGCCACCGCCG
SmilChr08G000685 Chr08 NC_080394.1:5095746-5095760promoter 内 1182-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5087462-5092941(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTTGTGGTGG
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SmilChr05G002784 Chr05 NC_080391.1:32543852-32543866promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32546700-32546806(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGAAGT
SmilChr03G000993 Chr03 NC_080389.1:11308615-11308629promoter 内 1100-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 11302850-11305728(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGCGA
SmilChr07G004309 Chr07 NC_080393.1:55668653-55668667promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55664455-55665738(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCAC
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SmilChr07G004671 Chr07 NC_080393.1:59647718-59647732promoter 内 1054-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 59643571-59644785(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGTGTCCACCGCCG
SmilChr04G002430 Chr04 NC_080390.1:38920719-38920733promoter 内 1032-1046 bp - 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 38923688-38940900(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGCCGT