转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 114 / 121 下载 TSV

上一页 114 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003625 Chr02 NC_080388.1:57575025-57575039promoter 内 865-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 57570021-57571903(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTATAACC
SmilChr02G000253 Chr02 NC_080388.1:3273976-3273990promoter 内 650-664 bp - 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 3265843-3270639(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTCTAGATCGGAA
SmilChr03G002518 Chr03 NC_080389.1:40116722-40116736promoter 内 638-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 40120085-40122266(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCCGATCTAGAGAT
SmilChr01G001457 Chr01 NC_080387.1:28265138-28265152promoter 内 361-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 28268778-28269917(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTATAGATCTGTT
SmilChr03G001937 Chr03 NC_080389.1:27498930-27498944promoter 内 329-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 27502602-27504582(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCAGCGC
SmilChr01G002196 Chr01 NC_080387.1:38116086-38116100promoter 内 43-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 38110169-38112142(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTAGTG
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40700943-40700957promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40680169-40700932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAGATAGATCTCAA
SmilChr02G002747 Chr02 NC_080388.1:47462181-47462195promoter 内 3959-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47462223-47464468(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAATTTA
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47321920-47321934promoter 内 3928-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47321993-47324609(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAATTTA
SmilChr02G003883 Chr02 NC_080388.1:60891197-60891211promoter 内 3923-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60886579-60891133(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCACCAC
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4294353-4294367promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr03G000838 Chr03 NC_080389.1:9586784-9586798promoter 内 3779-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9587006-9587775(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr02G000424 Chr02 NC_080388.1:5421455-5421469promoter 内 3775-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5420456-5421243(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGGTGGGATCTGAT
SmilChr04G002264 Chr04 NC_080390.1:36636595-36636609promoter 内 3728-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36635298-36636336(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTCTATCA
SmilChr01G004931 Chr01 NC_080387.1:67366344-67366358promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67366652-67368209(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCTTCGC
SmilChr05G000640 Chr05 NC_080391.1:4848974-4848988promoter 内 3674-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4849301-4850342(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAGATCTATATCC
SmilChr04G003466 Chr04 NC_080390.1:51144694-51144708promoter 内 3663-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51145032-51148939(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATGGGATCTGAA
SmilChr02G002324 Chr02 NC_080388.1:40922001-40922015promoter 内 3628-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40920720-40921642(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTACCTGG
SmilChr02G002675 Chr02 NC_080388.1:46343953-46343967promoter 内 3628-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46342933-46343594(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTACCTGG
SmilChr01G005285 Chr01 NC_080387.1:70215520-70215534promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70215899-70216693(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACGATT
SmilChr04G002265 Chr04 NC_080390.1:36636595-36636609promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36636975-36642906(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATAGAGATCTGTG
SmilChr01G005112 Chr01 NC_080387.1:68900546-68900560promoter 内 3591-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68899026-68900150(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATGAGATCTGCT
SmilChr01G005396 Chr01 NC_080387.1:71232702-71232716promoter 内 3552-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71233151-71233672(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGATTAGATCTGTA
SmilChr03G001802 Chr03 NC_080389.1:24616028-24616042promoter 内 3462-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24614628-24615503(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr05G001540 Chr05 NC_080391.1:14107054-14107068promoter 内 3415-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14099757-14106482(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATATAGATCTTGA
SmilChr05G000031 Chr05 NC_080391.1:151960-151974promoter 内 3405-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 152556-156118(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGAGATCTATAACT
SmilChr01G001855 Chr01 NC_080387.1:33499628-33499642promoter 内 3366-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33497684-33499007(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGGTTGGATCTGAC
SmilChr01G002579 Chr01 NC_080387.1:43923534-43923548promoter 内 3360-3374 bp + 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43924175-43927226(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATGTAGATCTTGT
SmilChr02G000277 Chr02 NC_080388.1:3556427-3556441promoter 内 3339-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3553646-3555779(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr03G002477 Chr03 NC_080389.1:39288483-39288497promoter 内 3339-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39289145-39290449(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTAAC
SmilChr03G001136 Chr03 NC_080389.1:13090567-13090581promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13087507-13089899(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATGAGATCTGCT
SmilChr03G003098 Chr03 NC_080389.1:48039021-48039035promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48039724-48041670(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACACTAGATCTCAT
SmilChr04G003223 Chr04 NC_080390.1:49046552-49046566promoter 内 3230-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49040326-49045795(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTATAGATCTGTT
SmilChr05G000555 Chr05 NC_080391.1:4184434-4184448promoter 内 3195-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4181326-4183642(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACTAAATCTGAA
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51218748-51218762promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51219556-51221377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAGTT
SmilChr04G000011 Chr04 NC_080390.1:178311-178325promoter 内 3161-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 173483-177485(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTAAC
SmilChr04G003586 Chr04 NC_080390.1:52290407-52290421promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52291285-52298097(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAACTAGATCTATA
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SmilChr02G003192 Chr02 NC_080388.1:53078099-53078113promoter 内 3045-3059 bp - 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53075701-53077157(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCTGAGATCTGGG
SmilChr05G001212 Chr05 NC_080391.1:10188063-10188077promoter 内 3013-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10189051-10202173(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAATCGC
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SmilChr04G002610 Chr04 NC_080390.1:41497538-41497552promoter 内 2674-2688 bp - 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41498865-41499871(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCCGACC