转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 115 / 144 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001247 Chr04 NC_080390.1:19627654-19627666promoter 内 1877-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19623626-19625542(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGCTTTGACTTGC
SmilChr01G000766 Chr01 NC_080387.1:16795343-16795355promoter 内 1841-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16797503-16798633(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTGGTTGACTCAT
SmilChr03G003842 Chr03 NC_080389.1:57543986-57543998promoter 内 1800-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57546187-57552597(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGGAGTCAACAGC
SmilChr03G003837 Chr03 NC_080389.1:57517490-57517502promoter 内 1797-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57519694-57522590(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGGAGTCAACAGC
SmilChr01G005380 Chr01 NC_080387.1:71028205-71028217promoter 内 1777-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71030429-71031319(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTGGTTGACTCAT
SmilChr01G005478 Chr01 NC_080387.1:71764909-71764921promoter 内 1764-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71767146-71770548(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATAGTTGACTGTA
SmilChr04G001094 Chr04 NC_080390.1:15651986-15651998promoter 内 1746-1758 bp + 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15654241-15656138(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAAATCT
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31267426-31267438promoter 内 1681-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATGAGTCAACCAC
SmilChr03G004638 Chr03 NC_080389.1:63990747-63990759promoter 内 1652-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63986087-63988410(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTAA
SmilChr04G002737 Chr04 NC_080390.1:43047897-43047909promoter 内 1591-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43044312-43045499(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAGGTTGACTTGA
SmilChr03G003838 Chr03 NC_080389.1:57521382-57521394promoter 内 1584-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57523799-57526567(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGGAGTCAACAGC
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4883007-4883019promoter 内 1557-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4885451-4887397(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAAACGT
SmilChr03G002848 Chr03 NC_080389.1:45042702-45042714promoter 内 1540-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45038210-45040253(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTAG
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28555375-28555387promoter 内 1468-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATGTTGACTTCA
SmilChr01G001156 Chr01 NC_080387.1:23509832-23509844promoter 内 1431-1443 bp - 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23504631-23507274(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTTG
SmilChr03G002880 Chr03 NC_080389.1:45469929-45469941promoter 内 1420-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45472510-45477828(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAAGTCAAAGAT
SmilChr03G001896 Chr03 NC_080389.1:26513879-26513891promoter 内 1405-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26498761-26511295(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAAGTCAAAGCT
SmilChr02G003405 Chr02 NC_080388.1:55229338-55229350promoter 内 1381-1393 bp - 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55223116-55226730(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAACT
SmilChr03G001598 Chr03 NC_080389.1:20308298-20308310promoter 内 1356-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20304955-20305665(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTAGTTGACTACT
SmilChr03G003839 Chr03 NC_080389.1:57525386-57525398promoter 内 1333-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57528054-57530559(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGGAGTCAACAGC
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7632549-7632561promoter 内 1318-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCATTTGACTTTT
SmilChr03G003280 Chr03 NC_080389.1:50800099-50800111promoter 内 1215-1227 bp - 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50802885-50804174(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATGTTGACTTCA
SmilChr02G000409 Chr02 NC_080388.1:5101147-5101159promoter 内 1164-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5096352-5098322(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGAGTCAACCTG
SmilChr02G004412 Chr02 NC_080388.1:66463738-66463750promoter 内 1156-1168 bp + 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66454537-66460905(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATCATTGACTTTA
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18511816-18511828promoter 内 1145-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18507736-18508972(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAGTTGACTAGC
SmilChr04G001875 Chr04 NC_080390.1:30611330-30611342promoter 内 1106-1118 bp - 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30614225-30618085(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTAG
SmilChr02G000446 Chr02 NC_080388.1:5845112-5845124promoter 内 1105-1117 bp + 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5841578-5842228(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCTTTGACTTGA
SmilChr02G003887 Chr02 NC_080388.1:60959950-60959962promoter 内 1101-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60953433-60957062(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTTGTTGACTTCA
SmilChr04G000082 Chr04 NC_080390.1:734192-734204promoter 内 1098-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 728768-731301(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTGT
SmilChr03G004699 Chr03 NC_080389.1:64313158-64313170promoter 内 1072-1084 bp - 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64308714-64310241(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATGAGTCAACTGT
SmilChr01G002762 Chr01 NC_080387.1:46024555-46024567promoter 内 1064-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46027492-46030826(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAACTC
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4156129-4156141promoter 内 918-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4150391-4153058(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAAGTCAAAGAT
SmilChr03G002231 Chr03 NC_080389.1:35219435-35219447promoter 内 895-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35215797-35216341(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTGGTTGACTACG
SmilChr02G003799 Chr02 NC_080388.1:59623853-59623865promoter 内 887-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59619165-59620751(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATGTTGACTGTG
SmilChr01G000569 Chr01 NC_080387.1:11806991-11807003promoter 内 862-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11794219-11803864(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATCATTGACTTTA
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