转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 115 / 147 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004829 Chr02 NC_080388.1:70394026-70394035promoter 内 1087-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70386120-70391121(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr03G002605 Chr03 NC_080389.1:41436038-41436047promoter 内 1077-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 41438962-41444298(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr04G000291 Chr04 NC_080390.1:2721756-2721765promoter 内 1026-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2716039-2718790(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr02G004503 Chr02 NC_080388.1:67554581-67554590promoter 内 991-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 67557591-67559294(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr04G000079 Chr04 NC_080390.1:715738-715747promoter 内 958-967 bp - 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 718781-719961(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72431374-72431383promoter 内 857-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGT
SmilChr02G002727 Chr02 NC_080388.1:47200911-47200920promoter 内 845-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 47190273-47197764(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr02G000736 Chr02 NC_080388.1:11928246-11928255promoter 内 839-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 11921131-11925093(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73900658-73900667promoter 内 822-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAT
SmilChr01G003415 Chr01 NC_080387.1:52793393-52793402promoter 内 801-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 52787901-52790202(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAT
SmilChr02G004270 Chr02 NC_080388.1:64915167-64915176promoter 内 797-806 bp - 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 64907854-64911972(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr03G002074 Chr03 NC_080389.1:31693508-31693517promoter 内 796-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 31696713-31698796(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr02G002698 Chr02 NC_080388.1:46749507-46749516promoter 内 761-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 46752747-46759935(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53244891-53244900promoter 内 747-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53248145-53250479(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr01G000786 Chr01 NC_080387.1:17134734-17134743promoter 内 708-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17138027-17138815(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGT
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40152298-40152307promoter 内 684-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 40144918-40148990(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr04G000187 Chr04 NC_080390.1:1651754-1651763promoter 内 678-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 1655077-1664720(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAT
SmilChr02G002570 Chr02 NC_080388.1:44712103-44712112promoter 内 665-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44715439-44715512(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr02G000162 Chr02 NC_080388.1:2107101-2107110promoter 内 662-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2110440-2110512(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr01G003480 Chr01 NC_080387.1:53361846-53361855promoter 内 661-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53356289-53358515(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAT
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57532356-57532365promoter 内 614-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr01G004466 Chr01 NC_080387.1:62751046-62751055promoter 内 608-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 62754439-62755737(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr02G005291 Chr02 NC_080388.1:73911108-73911117promoter 内 561-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 73906407-73907677(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr02G000882 Chr02 NC_080388.1:15218243-15218252promoter 内 541-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 15213888-15214792(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr03G001406 Chr03 NC_080389.1:16659527-16659536promoter 内 528-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 16663000-16664166(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr01G003209 Chr01 NC_080387.1:50861477-50861486promoter 内 524-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 50864954-50866673(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72381335-72381344promoter 内 492-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 72384844-72390199(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAA
SmilChr01G004499 Chr01 NC_080387.1:63092662-63092671promoter 内 473-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 63088160-63089143(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr02G000604 Chr02 NC_080388.1:8805988-8805997promoter 内 463-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 8809526-8811807(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr01G003964 Chr01 NC_080387.1:58062035-58062044promoter 内 354-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 58065682-58068856(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr04G000322 Chr04 NC_080390.1:2938188-2938197promoter 内 289-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2931990-2934485(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr03G002794 Chr03 NC_080389.1:44432546-44432555promoter 内 253-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44419615-44428807(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr01G003676 Chr01 NC_080387.1:55176683-55176692promoter 内 207-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55180477-55184096(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAT
SmilChr03G003299 Chr03 NC_080389.1:51095791-51095800promoter 内 196-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 51099596-51100814(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr02G005316 Chr02 NC_080388.1:74051122-74051131promoter 内 195-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 74044426-74047325(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAT
SmilChr01G002049 Chr01 NC_080387.1:36300568-36300577promoter 内 158-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 36304411-36307719(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr04G000210 Chr04 NC_080390.1:1862966-1862975promoter 内 91-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 1866876-1871753(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAA
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62605769-62605778promoter 内 59-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAT
SmilChr01G005089 Chr01 NC_080387.1:68759191-68759200promoter 内 14-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 68763178-68764269(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTG
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:359680-359689promoter 内 2159-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 361522-363400(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TCGCGACAAA
SmilChr01G005981 Chr01 NC_080387.1:75475224-75475233promoter 内 834-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 75468432-75472066(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGGC
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SmilChr03G004445 Chr03 NC_080389.1:62589679-62589688promoter 内 2196-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 62583977-62587883(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAC
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