转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 115 / 142 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002201 Chr06 NC_080392.1:30544320-30544334promoter 内 1240-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30547081-30548538(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCATAAA
SmilChr01G002693 Chr01 NC_080387.1:45175796-45175810promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45178570-45190535(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTAACT
SmilChr07G002635 Chr07 NC_080393.1:25443382-25443396promoter 内 1220-1234 bp - 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25446163-25446573(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAACGGGTAGGTGTA
SmilChr01G005378 Chr01 NC_080387.1:71008083-71008097promoter 内 1217-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70999770-71005313(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAAAGTTAGGTGGG
SmilChr01G000908 Chr01 NC_080387.1:19143606-19143620promoter 内 1163-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19146444-19155447(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCATAAA
SmilChr04G003713 Chr04 NC_080390.1:53432245-53432259promoter 内 1151-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53424719-53429409(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCATATC
SmilChr06G001471 Chr06 NC_080392.1:15603003-15603017promoter 内 1146-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15605858-15613303(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGAAGTAGGTGAC
SmilChr07G002774 Chr07 NC_080393.1:27614758-27614772promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27608269-27611916(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTTAAGTAGGTGGA
SmilChr04G003592 Chr04 NC_080390.1:52359011-52359025promoter 内 1138-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52353605-52356162(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCATTAA
SmilChr07G000884 Chr07 NC_080393.1:6327496-6327510promoter 内 1126-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6320689-6324635(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAG
SmilChr05G003100 Chr05 NC_080391.1:39416685-39416699promoter 内 1118-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39410492-39413816(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCCCCCACCACCAC
SmilChr01G005158 Chr01 NC_080387.1:69355043-69355057promoter 内 1106-1120 bp - 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69347310-69352162(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTGCTGT
SmilChr07G004409 Chr07 NC_080393.1:56702770-56702784promoter 内 992-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56705779-56708376(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAAAACCCC
SmilChr06G000265 Chr06 NC_080392.1:1800628-1800642promoter 内 869-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1795068-1797510(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTAACT
SmilChr02G001394 Chr02 NC_080388.1:26487640-26487654promoter 内 839-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26482916-26484492(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCGGGTGAT
SmilChr01G003877 Chr01 NC_080387.1:57080268-57080282promoter 内 804-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57063543-57077085(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGGGGGG
SmilChr02G000312 Chr02 NC_080388.1:3943266-3943280promoter 内 749-763 bp + 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3937146-3940028(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAAGGGTAGGTGTA
SmilChr07G003697 Chr07 NC_080393.1:44558295-44558309promoter 内 691-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44561605-44564629(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGTATC
SmilChr01G003422 Chr01 NC_080387.1:52867529-52867543promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52862402-52864181(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCCGTGT
SmilChr08G004513 Chr08 NC_080394.1:54763975-54763989promoter 内 528-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54758847-54760516(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTACCGGTAGGTACA
SmilChr06G002475 Chr06 NC_080392.1:35584584-35584598promoter 内 510-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35588075-35590232(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACCTTCT
SmilChr07G004417 Chr07 NC_080393.1:56767791-56767805promoter 内 439-453 bp - 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56764123-56764243(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTAACT
SmilChr06G002599 Chr06 NC_080392.1:37361246-37361260promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37364874-37366007(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCTCTC
SmilChr03G002334 Chr03 NC_080389.1:36822964-36822978promoter 内 312-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36817041-36819289(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTGGTTAGGTGGT
SmilChr04G000738 Chr04 NC_080390.1:8947137-8947151promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8950869-8952636(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCATAAA
SmilChr01G002511 Chr01 NC_080387.1:43001909-43001923promoter 内 259-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43005651-43008379(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACAGTAGGTGGA
SmilChr01G000129 Chr01 NC_080387.1:2194838-2194852promoter 内 246-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2188602-2191097(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACAACATC
SmilChr08G000118 Chr08 NC_080394.1:729902-729916promoter 内 230-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 733673-737831(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAAGTAGGTGGA
SmilChr05G001848 Chr05 NC_080391.1:18512482-18512496promoter 内 179-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18506540-18508674(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCAAATT
SmilChr04G000334 Chr04 NC_080390.1:3090634-3090648promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3073698-3086824(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACACA
SmilChr07G003788 Chr07 NC_080393.1:46536266-46536280promoter 内 148-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46540119-46540709(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGCTAGTAGGTGAT
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2681249-2681263promoter 内 133-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2675180-2677395(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTTAAGTAGGTGGA
SmilChr02G002823 Chr02 NC_080388.1:48349832-48349846promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48342138-48345919(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGCC
SmilChr06G003109 Chr06 NC_080392.1:43949478-43949492promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43944025-43945538(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAAGGGTAGGTAGT
SmilChr02G004167 Chr02 NC_080388.1:63983514-63983528promoter 内 44-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63976250-63979571(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTCTT
SmilChr05G003711 Chr05 NC_080391.1:50203460-50203474promoter 内 20-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50197485-50199493(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTATCGA
SmilChr05G001121 Chr05 NC_080391.1:9346020-9346034promoter 内 3124-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 9346897-9355384(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr04G000610 Chr04 NC_080390.1:6896463-6896477promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 6895458-6896367(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACCACCACCAA
SmilChr06G001001 Chr06 NC_080392.1:9908087-9908101promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 9905283-9907721(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATATAGTAGGTGGA
SmilChr01G005854 Chr01 NC_080387.1:74486481-74486495promoter 内 3316-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 74487166-74489373(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACTACCACATA
SmilChr03G003588 Chr03 NC_080389.1:54543561-54543575promoter 内 3118-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 54544444-54546455(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACACTCCC
SmilChr03G001197 Chr03 NC_080389.1:13796667-13796681promoter 内 2745-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 13794904-13795425(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGAGG
SmilChr06G003161 Chr06 NC_080392.1:44564715-44564729promoter 内 2579-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 44566137-44589406(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTGCTCT
SmilChr01G000974 Chr01 NC_080387.1:20603855-20603869promoter 内 981-995 bp + 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 20596198-20600849(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACGAAGTAGGTGGA
SmilChr08G000983 Chr08 NC_080394.1:7379083-7379097promoter 内 841-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 7371848-7375937(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCTTGTTAGGTGGC
SmilChr08G001026 Chr08 NC_080394.1:7810026-7810040promoter 内 840-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 7802790-7806879(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCTTGTTAGGTGGC
SmilChr06G003244 Chr06 NC_080392.1:45139743-45139757promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 45135380-45136558(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCCCCCACCACCAC
SmilChr06G003245 Chr06 NC_080392.1:45139743-45139757promoter 内 737-751 bp - 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 45143007-45148113(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGCG
SmilChr06G003159 Chr06 NC_080392.1:44564715-44564729promoter 内 581-595 bp + 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 44560251-44561309(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGCAGTAGGTGTA
SmilChr04G002903 Chr04 NC_080390.1:45299102-45299116promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45299129-45302584(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGTGGTAGGGGGT