转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 115 / 171 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002462 Chr01 NC_080387.1:42297480-42297496promoter 内 2754-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42298727-42301733(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAATTAAGGACAAAACA
SmilChr04G000644 Chr04 NC_080390.1:7293090-7293106promoter 内 2730-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7294361-7294434(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGCAGAGGACAAAAGG
SmilChr04G000645 Chr04 NC_080390.1:7293090-7293106promoter 内 2726-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7294365-7297958(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGCAGAGGACAAAAGG
SmilChr05G002201 Chr05 NC_080391.1:23466007-23466023promoter 内 2722-2738 bp - 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23461395-23464744(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GACATTACGACAAACAC
SmilChr05G002939 Chr05 NC_080391.1:35447109-35447125promoter 内 2678-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35448432-35451182(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTTGG
SmilChr06G001237 Chr06 NC_080392.1:12774194-12774210promoter 内 2612-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12750540-12772821(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGATAGAGACAAAATT
SmilChr05G002162 Chr05 NC_080391.1:22856915-22856931promoter 内 2607-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22858309-22858744(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTATAAAAGACAAAAAG
SmilChr02G003259 Chr02 NC_080388.1:53892617-53892633promoter 内 2565-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53887621-53891197(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GGTATGAAGACAAAAAA
SmilChr04G003437 Chr04 NC_080390.1:50918450-50918466promoter 内 2565-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50915997-50917030(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTAAAGACAAAACA
SmilChr07G002626 Chr07 NC_080393.1:25334791-25334807promoter 内 2555-2571 bp + 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25328561-25333361(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTTAATTA
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47320535-47320551promoter 内 2543-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47321993-47324609(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTAATT
SmilChr01G004579 Chr01 NC_080387.1:63846790-63846806promoter 内 2542-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63843623-63845347(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAATTAAGACAAAAAC
SmilChr07G003540 Chr07 NC_080393.1:40911081-40911097promoter 内 2532-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40912550-40912657(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCCTCTGGTA
SmilChr01G002442 Chr01 NC_080387.1:41998198-41998214promoter 内 2528-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41999671-42000568(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACGAAAATGACAAAATG
SmilChr06G003031 Chr06 NC_080392.1:43132901-43132917promoter 内 2521-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43134381-43140020(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGTAAATGACAAAATG
SmilChr04G003767 Chr04 NC_080390.1:53897087-53897103promoter 内 2512-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53898576-53900830(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTAAGAA
SmilChr04G003399 Chr04 NC_080390.1:50525744-50525760promoter 内 2511-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50518944-50524270(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTTTCAGC
SmilChr06G002169 Chr06 NC_080392.1:29885113-29885129promoter 内 2449-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29883471-29883577(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCCTCTGGTA
SmilChr08G002788 Chr08 NC_080394.1:27584015-27584031promoter 内 2323-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27585693-27589590(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTAAAGGACAAAAAA
SmilChr04G000765 Chr04 NC_080390.1:9319709-9319725promoter 内 2318-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9315101-9318042(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGAATCCGACAAATGT
SmilChr01G004747 Chr01 NC_080387.1:65637659-65637675promoter 内 2274-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65639386-65639457(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAATTTGTCGTTTAATT
SmilChr07G004260 Chr07 NC_080393.1:55032654-55032670promoter 内 2231-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55034424-55039508(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCCAAAATGACAAAAGT
SmilChr01G003655 Chr01 NC_080387.1:54999735-54999751promoter 内 2211-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55001525-55004715(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GATTTTGTCCCTTTCCA
SmilChr01G004243 Chr01 NC_080387.1:60742431-60742447promoter 内 2187-2203 bp + 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60739316-60740633(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATCTTTCC
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40755349-40755365promoter 内 2157-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40757193-40758131(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATCTTTCC
SmilChr08G002872 Chr08 NC_080394.1:28592015-28592031promoter 内 2131-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28593885-28595342(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACATTTGTCGTTATTCT
SmilChr08G001261 Chr08 NC_080394.1:9995008-9995024promoter 内 2058-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9987921-9993081(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTTGG
SmilChr05G003781 Chr05 NC_080391.1:51139225-51139241promoter 内 2052-2068 bp - 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51141174-51143598(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCGTATGTTT
SmilChr04G001505 Chr04 NC_080390.1:24763627-24763643promoter 内 2023-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24765605-24768768(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATTTACTT
SmilChr07G000907 Chr07 NC_080393.1:6492252-6492268promoter 内 2019-2035 bp - 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6488161-6490286(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGATGACGACAAAGTC
SmilChr05G000960 Chr05 NC_080391.1:7753833-7753849promoter 内 2016-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7750256-7751864(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGGTTTGTCGCCTTCCT
SmilChr04G002251 Chr04 NC_080390.1:36469394-36469410promoter 内 1944-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36471451-36473569(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTATTTGTCGTTAAATT
SmilChr05G002088 Chr05 NC_080391.1:21876844-21876860promoter 内 1924-1940 bp - 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21869726-21874783(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAATTAAGGACAAAACA
SmilChr04G003414 Chr04 NC_080390.1:50754906-50754922promoter 内 1921-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50756986-50759548(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATGAAAACGACGAAAGT
SmilChr08G000543 Chr08 NC_080394.1:3955532-3955548promoter 内 1884-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3957649-3962026(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTAGAAGACAAAATT
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