转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 116 / 131 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002707 Chr02 NC_080388.1:46928932-46928941promoter 内 1381-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46920805-46926321(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G002973 Chr01 NC_080387.1:48671066-48671075promoter 内 1360-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48673707-48675678(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61123186-61123195promoter 内 1345-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61115982-61120539(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G003233 Chr02 NC_080388.1:53604573-53604582promoter 内 1344-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53600462-53601925(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31084345-31084354promoter 内 1335-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31080667-31081688(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr02G004194 Chr02 NC_080388.1:64277449-64277458promoter 内 1334-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64280116-64286842(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G002555 Chr01 NC_080387.1:43680334-43680343promoter 内 1265-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43673972-43677607(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G000816 Chr02 NC_080388.1:13652677-13652686promoter 内 1264-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13655414-13658807(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G003556 Chr02 NC_080388.1:56732406-56732415promoter 内 1240-1249 bp - 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56735167-56739212(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G000103 Chr02 NC_080388.1:1319287-1319296promoter 内 1230-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1322058-1322513(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G006075 Chr01 NC_080387.1:76202148-76202157promoter 内 1219-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 76204930-76207442(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G004323 Chr02 NC_080388.1:65530795-65530804promoter 内 1219-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65533577-65539802(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr02G003864 Chr02 NC_080388.1:60601843-60601852promoter 内 1215-1224 bp + 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60604629-60606214(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9874115-9874124promoter 内 1210-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9876906-9879740(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G004597 Chr01 NC_080387.1:63950556-63950565promoter 内 1155-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63944759-63947719(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G002610 Chr01 NC_080387.1:44335241-44335250promoter 内 1153-1162 bp - 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44330640-44332402(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G003791 Chr01 NC_080387.1:56300141-56300150promoter 内 1139-1148 bp + 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56291429-56297288(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G004404 Chr02 NC_080388.1:66378627-66378636promoter 内 1129-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 66373233-66375764(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G002750 Chr02 NC_080388.1:47531132-47531141promoter 内 1123-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47534010-47538392(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr02G000224 Chr02 NC_080388.1:2906414-2906423promoter 内 1118-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2900591-2903540(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G002964 Chr01 NC_080387.1:48519343-48519352promoter 内 1106-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48522238-48524845(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G003283 Chr01 NC_080387.1:51522828-51522837promoter 内 1102-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51525727-51528253(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G005542 Chr01 NC_080387.1:72242599-72242608promoter 内 1090-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72239299-72239697(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G004515 Chr02 NC_080388.1:67686451-67686460promoter 内 1085-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67679698-67683544(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr02G000302 Chr02 NC_080388.1:3834713-3834722promoter 内 1071-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3828212-3831792(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G000578 Chr01 NC_080387.1:12096300-12096309promoter 内 1069-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12099232-12911775(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr03G000451 Chr03 NC_080389.1:4821442-4821451promoter 内 1065-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4824378-4825594(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G004719 Chr01 NC_080387.1:65393481-65393490promoter 内 1050-1059 bp + 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65396432-65398435(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G002306 Chr01 NC_080387.1:39989064-39989073promoter 内 1048-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39992017-39993315(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7681459-7681468promoter 内 1048-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G004548 Chr02 NC_080388.1:68030982-68030991promoter 内 1032-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68021422-68028022(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G003787 Chr01 NC_080387.1:56266047-56266056promoter 内 1023-1032 bp + 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56262231-56263078(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G002345 Chr02 NC_080388.1:41222157-41222166promoter 内 1021-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41225137-41228688(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
SmilChr01G001875 Chr01 NC_080387.1:33773864-33773873promoter 内 1006-1015 bp + 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 33767560-33770878(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr01G005437 Chr01 NC_080387.1:71501318-71501327promoter 内 1000-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71504319-71509382(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTT
SmilChr02G004964 Chr02 NC_080388.1:71553084-71553093promoter 内 988-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71556097-71562272(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 AAATCATAAT
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