转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 117 / 167 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002057 Chr02 NC_080388.1:37048435-37048446promoter 内 5-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37043521-37044450(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCAAC
SmilChr05G000837 Chr05 NC_080391.1:6607483-6607494promoter 内 3318-3329 bp + 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 6605973-6606811(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGATG
SmilChr04G003546 Chr04 NC_080390.1:51818210-51818221promoter 内 3656-3667 bp + 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51811688-51817876(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGACA
SmilChr03G001946 Chr03 NC_080389.1:27771029-27771040promoter 内 2635-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 27772395-27783245(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTT
SmilChr03G001900 Chr03 NC_080389.1:26555028-26555039promoter 内 2576-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 26542767-26553614(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTT
SmilChr02G004425 Chr02 NC_080388.1:66584620-66584631promoter 内 2401-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 66586220-66589870(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTTGCGTGTTC
SmilChr05G003992 Chr05 NC_080391.1:53757053-53757064promoter 内 338-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 53760716-53761432(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTCACGCCAAA
SmilChr01G000564 Chr01 NC_080387.1:11678699-11678710promoter 内 3922-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11677945-11678631(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTT
SmilChr05G003271 Chr05 NC_080391.1:42511820-42511831promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42511926-42514773(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGGAA
SmilChr03G002427 Chr03 NC_080389.1:38565199-38565210promoter 内 3879-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 38565321-38566320(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAAC
SmilChr02G004675 Chr02 NC_080388.1:69104104-69104115promoter 内 3843-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69103412-69103957(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTCCACGCCAAA
SmilChr02G001694 Chr02 NC_080388.1:31232577-31232588promoter 内 3832-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31232746-31233429(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGAGA
SmilChr07G002371 Chr07 NC_080393.1:22017781-22017792promoter 内 3809-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22017973-22018823(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTCACGCCAAA
SmilChr01G006046 Chr01 NC_080387.1:75964564-75964575promoter 内 3803-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75964762-75967661(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAAC
SmilChr01G006045 Chr01 NC_080387.1:75960407-75960418promoter 内 3794-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75960614-75962698(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAAC
SmilChr02G003645 Chr02 NC_080388.1:57823230-57823241promoter 内 3781-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57804805-57823021(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAAC
SmilChr01G006040 Chr01 NC_080387.1:75890978-75890989promoter 内 3749-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75891230-75893857(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAAC
SmilChr05G002581 Chr05 NC_080391.1:29038105-29038116promoter 内 3694-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29037737-29037809(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGGTT
SmilChr06G001149 Chr06 NC_080392.1:11651740-11651751promoter 内 3655-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11650242-11651405(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTTGCGTGTTT
SmilChr02G001713 Chr02 NC_080388.1:31519569-31519580promoter 内 3615-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31519955-31524235(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTTGCGTGTTC
SmilChr05G000853 Chr05 NC_080391.1:6729552-6729563promoter 内 3614-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6724527-6729176(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATCACGCCAAC
SmilChr05G002830 Chr05 NC_080391.1:33596452-33596463promoter 内 3611-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33595013-33596073(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTCACGCCAAA
SmilChr02G001834 Chr02 NC_080388.1:33414154-33414165promoter 内 3593-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33408305-33413757(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAT
SmilChr03G004696 Chr03 NC_080389.1:64298302-64298313promoter 内 3593-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64298710-64304213(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTTGCGTGTTC
SmilChr04G001463 Chr04 NC_080390.1:24049507-24049518promoter 内 3581-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24049927-24051291(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAT
SmilChr04G000807 Chr04 NC_080390.1:9975180-9975191promoter 内 3563-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9971240-9974753(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATCACGCCAAG
SmilChr04G003547 Chr04 NC_080390.1:51818210-51818221promoter 内 3495-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51818716-51820269(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTCACGCCAAA
SmilChr02G003280 Chr02 NC_080388.1:54109456-54109467promoter 内 3468-3479 bp - 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54109989-54111942(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGATA
SmilChr07G001563 Chr07 NC_080393.1:12801658-12801669promoter 内 3459-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12802200-12803344(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGAGA
SmilChr07G001596 Chr07 NC_080393.1:13265211-13265222promoter 内 3451-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13260964-13264672(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAAG
SmilChr02G005467 Chr02 NC_080388.1:74962284-74962295promoter 内 3412-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 74959871-74961706(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTTGCGTGTTT
SmilChr07G001562 Chr07 NC_080393.1:12792128-12792139promoter 内 3399-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12792730-12793785(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGAGA
SmilChr01G001460 Chr01 NC_080387.1:28363039-28363050promoter 内 3374-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28360104-28362423(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAT
SmilChr05G000017 Chr05 NC_080391.1:70724-70735promoter 内 3349-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71376-74862(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGAGA
SmilChr05G003908 Chr05 NC_080391.1:52809881-52809892promoter 内 3329-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52810553-52814762(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAAC
SmilChr03G004695 Chr03 NC_080389.1:64298302-64298313promoter 内 3301-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64297541-64297613(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAT
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