转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 118 / 156 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001019 Chr01 NC_080387.1:21357568-21357577promoter 内 1587-1596 bp - 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21359982-21363226(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr01G004106 Chr01 NC_080387.1:59570497-59570506promoter 内 1575-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59566356-59568080(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGTT
SmilChr04G002560 Chr04 NC_080390.1:40904822-40904831promoter 内 1404-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40907419-40910282(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr05G001372 Chr05 NC_080391.1:12241468-12241477promoter 内 1387-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12244082-12254511(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G000226 Chr02 NC_080388.1:2949209-2949218promoter 内 1343-1352 bp - 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2945403-2946560(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGTT
SmilChr06G000559 Chr06 NC_080392.1:4773729-4773738promoter 内 1326-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4776404-4777609(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G005088 Chr02 NC_080388.1:72480712-72480721promoter 内 1325-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 72483388-72484959(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACC
SmilChr04G002262 Chr04 NC_080390.1:36590490-36590499promoter 内 1294-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36583385-36587792(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr05G000386 Chr05 NC_080391.1:2910002-2910011promoter 内 1261-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2905327-2907271(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60156640-60156649promoter 内 1256-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr01G000832 Chr01 NC_080387.1:17937784-17937793promoter 内 1244-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 17917246-17935036(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51981040-51981049promoter 内 1240-1249 bp - 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACC
SmilChr05G001403 Chr05 NC_080391.1:12620585-12620594promoter 内 1225-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12617129-12617818(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G000748 Chr02 NC_080388.1:12148634-12148643promoter 内 1209-1218 bp + 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12151426-12151770(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr05G001624 Chr05 NC_080391.1:15140671-15140680promoter 内 1127-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15143545-15143919(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGTT
SmilChr03G001682 Chr03 NC_080389.1:22168540-22168549promoter 内 1126-1135 bp + 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 22171415-22173315(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr03G002877 Chr03 NC_080389.1:45446664-45446673promoter 内 1077-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45449588-45451248(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G005533 Chr02 NC_080388.1:75378179-75378188promoter 内 1052-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75370224-75375239(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr05G001617 Chr05 NC_080391.1:14940519-14940528promoter 内 936-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14943584-14949133(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr06G001719 Chr06 NC_080392.1:19817257-19817266promoter 内 898-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19805275-19814163(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr06G001415 Chr06 NC_080392.1:14863058-14863067promoter 内 851-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14855815-14859917(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGTT
SmilChr01G001044 Chr01 NC_080387.1:21690104-21690113promoter 内 833-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21684371-21686945(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr04G003934 Chr04 NC_080390.1:54987290-54987299promoter 内 773-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54975636-54984071(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr03G002529 Chr03 NC_080389.1:40350237-40350246promoter 内 762-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40353476-40357643(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr02G005076 Chr02 NC_080388.1:72394823-72394832promoter 内 744-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 72398080-72401174(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50219925-50219934promoter 内 691-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50212510-50216624(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr01G003471 Chr01 NC_080387.1:53248878-53248887promoter 内 683-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53252196-53253778(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACC
SmilChr06G000243 Chr06 NC_080392.1:1627742-1627751promoter 内 673-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1620473-1624423(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr03G003200 Chr03 NC_080389.1:49537734-49537743promoter 内 660-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49541075-49543951(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70385971-70385980promoter 内 627-636 bp + 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 70389345-70389935(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr01G001294 Chr01 NC_080387.1:25763483-25763492promoter 内 614-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25766870-25771005(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACC
SmilChr01G002032 Chr01 NC_080387.1:35933912-35933921promoter 内 582-591 bp + 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35927524-35930502(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36174449-36174458promoter 内 567-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36177883-36180840(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr03G003729 Chr03 NC_080389.1:56323778-56323787promoter 内 520-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56327259-56331090(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGAT
SmilChr06G001656 Chr06 NC_080392.1:18812365-18812374promoter 内 505-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18815861-18816823(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACC
SmilChr05G003398 Chr05 NC_080391.1:45018989-45018998promoter 内 493-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45022497-45023153(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACC
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SmilChr05G003840 Chr05 NC_080391.1:51856704-51856713promoter 内 3921-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 51846027-51856633(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGTG
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